財務分析是根據會計核算所形成的各種數據資料及其他有關資料，對事業單位一定時期內預算執行情況和財務計劃的完成情況進行全面、系統分析比較的一種方法。針對事業單位的財務分析，可以解釋各項目變化及其產生的原因，分析、衡量當前的財務狀況，預測未來的發展趨勢，并將大量的報表數據轉換為對管理者決策有用的信息。
在筆者看來，真實、客觀的財務分析，不但能夠對提高單位資金使用效率、堵塞日常工作漏洞、防止腐敗、建立健全內部控制制度起到積極作用，還能改進財務管理，提高經濟效益和社會效益，促進事業的發展。而我國事業單位財務分析現存問題的癥結在于，缺乏對理論和方法、財務分析指標、財務分析程序、評價標準等方面的研究。
首先，缺乏對財務分析重要性的認識，表現為事業單位財務分析管理制度不健全。例如，事業單位普遍缺乏適合本單位實際情況的財務分析管理制度，往往用季度會計報表或年終決算報表的編報說明來替代財務分析報告。而有些單位季度會計報表的編報說明也只有寥寥幾百字，不能客觀、深入地反映單位的財務收支狀況及存在的問題。
其次，表現為財務分析人員參與管理的意識不強，對本單位業務流程和發展趨勢了解不足，財務分析報告的質量不高。這種問題在基層預算單位表現得尤為突出，導致財務人員在進行財務分析時，只能根據已經發生的經濟業務，從單純會計核算的角度 進行分析，不能從單位業務發展全局來看待財務收支的合理性。基于上述原因，相關人員做出的財務分析勢必因脫離實際業務情況而具有較大的主觀性和片面性，找不準問題的要害，難以為決策者提供有效的財務信息依據。
再次，目前我國事業單位財務分析指標體系還欠完備。按照《事業單位會計通則》的規定，目前事業單位運用的財務分析指標體系包括經費自給率、資產負債率、人員支出與公用支出占事業支出的比率等指標。但是，由于事業單位按照財政撥款占總經費的一定比例又分為全額撥款事業單位、差額撥款事業單位及自收自支事業單位。
雖然同屬事業單位，但這些分析指標體系對不同性質的事業單位的作用卻是不同的。筆者認為，“經費自給率”、“資產負債率”這兩個財務分析指標更適宜于差額撥款事業單位及自收自支事業單位。而對全額撥款事業單位來說，分析的重點應在預算的執行情況、事業支出結構是否合理及支出項目是否正確等方面，現行事業單位財務分析指標體系中對這部分沒有予以體現。
最后，對財務分析方法的運用不靈活、財務分析報告形式單一，也是我國事業單位財務分析方面存在的主要問題。不能靈活使用財務分析的各種方法，肯定會影響財務分析報告的質量。同時，事業單位現存的“一篇財務分析報告走天下”的狀況（即不管報告的閱讀對象是誰，也不了解閱讀對象所需要的財務信息，只提供一種模式的財務分析報告），也會使報告閱讀者往往得不到他們真正想要了解的財務信息。
