一、設置會計科目及輔項信息
首先，應明確科研課題經費核算涉及的總賬科目、明細科目有哪些，如“撥入專款”科目可根據經費來源的不同，設置“財政撥款”、“上級撥款”和“其他撥款（核算其他部門撥款及自籌資金）”3個明細科目。“專款支出”科目可根據所承擔課題的經費開支范圍設置明細科目，可在“專款支出”科目下，設置“設備費”、“材料費”、“測試化驗加工費”、“燃料動力費”、“差旅費”、“會議費”、“國際合作與交流費”、“出版／文獻／信息傳播／知識產權事務費”、“勞務費”、“專家咨詢費”、“管理費”等。“撥出專款”核算撥付給課題合作單位的經費，可以不設置明細科目。其次，將設置好的會計科目，通過自定義輔助核算項“課題核算”建立關聯。會計科目信息見表１論文下載。
二、在賬套中增加自定義輔助核算項類別
在建立會計科目之前，先增加自定義輔助核算項類別，這樣，在建立會計科目時，［編輯會計科目］窗口的輔項信息會在原有“部門核算”、“項目核算”的基礎上再增加一項“課題核算”可選項。財務系統路徑：功能—基礎資料—自定義輔助核算項，單擊［類別］進入“自定義輔助核算項類別”窗口，單擊［增加］，輸入“課題核算”，設置好分級方案（例如３－２－２），單擊［確定］即可增加自定義輔助核算項類別。“課題核算”類別中具體的每一個課題項目名稱在賬務處理的過程中隨時增加，與“項目核算”中增加項目名稱相同，不再贅述。
三、按照會計科目信息表建立會計科目
根據表１列示課題經費所涉及的相關會計科目信息，建立會計科目。財務系統路徑：功能—基礎資料—建立會計科目，輸入會計科目內容的同時，在輔項信息中選“課題核算”。
四、利用“自定義輔助核算”功能做好科研課題經費的賬務處理
做好以上基礎準備工作后，課題經費賬務處理功能設置基本完成，下面以實例來演示賬務處理過程。
（1）省財政廳２００８年２月撥來科技支撐計劃課題經費１００萬元，其中：土遺址保護課題經費４０萬元，文物出土現場保護課題經費４０萬元，古代壁畫脫鹽課題經費２０萬元。
編制會計分錄之前，先增加自定義輔助核算項，即具體的課題項目名稱：土遺址保護課題、文物出土現場保護課題、古代壁畫脫鹽課題。財務系統路徑：功能—基礎資料—自定義輔助核算項，在“輔項類別”中選“課題核算”， 再單擊［增加］，依次輸入００１土遺址保護課題、００２文物出土現場保護課題、００３古代壁畫脫鹽課題即可，００１、００２和００３為課題代碼。
會計分錄：
借：銀行存款１ ０００ ０００
貸：撥入專款——財政撥款（４０４０１）４００ ０００
——財政撥款（４０４０１）４００ ０００
——財政撥款（４０４０１）２００ ０００
錄入“４０４０１”科目時，同時彈出“課題核算”框，選擇對應的課題代碼，輸入貸方金額。
（2）２００８年３月，單位自籌土遺址保護課題經費１０萬元，會計分錄：
借：銀行存款 １００ ０００
貸：撥入專款——其他撥款（４０４０３）１００ ０００
錄入“４０４０３”科目時，同時彈出“課題核算”框，選擇對應的課題代碼，輸入貸方金額。
（3）２００８年３月，土遺址保護課題支出材料費３０ ０００元，文物出土現場保護課題支出設備費６０ ０００元，古代壁畫脫鹽課題支出測試費２０ ０００元，會計分錄：
借：專款支出（５０３０２） ３０ ０００
貸：銀行存款 ３０ ０００
借：專款支出（５０３０１）６０ ０００
貸：銀行存款６０ ０００
借：專款支出（５０３０３） ２０ ０００
貸：銀行存款 ２０ ０００
錄入“５０３０２”“５０３０１”“５０３０３”科目時，同時彈出“課題核算”框，選擇對應的課題代碼，輸入借方金額。
（4）２００８年４月，從土遺址保護課題經費中向某課題合作單位撥付經費５０ ０００元，從文物出土現場保護課題經費中向某課題合作單位撥付經費４０ ０００元，從古代壁畫脫鹽課題經費中向某課題合作單位撥付經費３０ ０００元，會計分錄：
借：撥出專款（５０２）５０ ０００
