一、滯納金制度的稅務稽查中運用的現狀：
新舊《征管法》施行后執行強度不一樣。舊《征管法》施行后，由于有些稅收違法案件檢查時間長，而且偷稅項目多，計算較為復雜，各地在稅務檢查中基本上都沒有執行滯納金制度，只是征收部門在征收查補稅款時，從《稅務處理決定》送達之日起，至納稅人實際繳納稅款之日止，這一段時間加收了滯納金。在新《征管法》施行后，國家稅務總局頒發了關于貫徹實施《中華人民共和國稅收征收管理法》有關問題的通知，其第四項規定：滯納金分兩段計征（新《征管法》第三十二條），2001年4月30日前按照千分之二計算，從2001年5月1日起按照萬分之五計算，累計后征收。各地才正式引起高度重視，對稅務稽查案件的處理才按日加收滯納金。但在出具《稅務處理決定書》時，對其滯納期限的確定又有所不同。
1.偷稅行為存在連續狀態的，滯納期限的起算日為：偷稅行為的最后一個月的次月11日，止算日為：《檢查通知書》下發之日。
2.惡意接受虛開增值稅專用發票的，滯納期限的起算日為：惡意接受虛開增值稅專用發票的的次月11日，止算日為：《檢查通知書》下發之日。善意接受，因其只補稅不罰款，故不加收滯納金。
征收部門在征收查補稅款時，就按《稅務處理決定書》所列滯納稅金的金額進行計征。
二、現狀分析：
1.目前，在稅務稽查中雖然加收了滯納金，但上述兩種對滯納金的計算明顯不對，受行政處罰的影響較深，將“加收滯納金”這種征收方式在理解上同“罰款”這種行政處罰方式相互混淆。“連續狀態”的規定，是在行政處罰時對偷稅行為是否超過法定期限所進行的規定用語，其適用于滯納金的征收是錯誤的。對進行處罰的惡意接受行為加收滯納金，對不進行處罰的善意接受行為不加收滯納金，更是和行政處罰混為一談。
2.“起算日”統一規定為“次月11日”的做法不正確。稅法規定：對偷稅行為加收滯納金的計算起止時間為，從稅款當期應當繳納或者解繳的期限界滿的次日起，至實際繳納或者解繳之日止。在稅務檢查中，如果納稅人當月有進項稅額留抵，則其“應當繳納稅款的期限”應為“加上查補稅額后實現應繳稅金的次月11日”。這里還要考慮順延問題，《中華人民共和國稅收征收管理法實施細則》第一百零九條規定：稅收征管法及本細則所規定期限的最后一日是法定休假日的，以休假日期滿的次日為期限的最后一日；在期限內有連續3日以上法定休假日的，按休假日天數順延。
3.“止算日”的規定也不正確。現行的“止算日”是考慮到有的稅務違法案件檢查期間較長，在檢查期間，不允許被查納稅人補申報已經查出的偷稅稅款，因稅務檢查的原因，造成納稅人在檢查期間需支付的滯納金，不應由納稅人自己承擔。雖然這種說法是有道理的，但“理”、“法”是兩回事，現實的情況是稅法沒有減少征收滯納金的此項規定。
三、滯納金制度的稅務稽查中如何適用
1.滯納稅款的確定：
由于增值稅一般納稅人進項稅額的調節，對“滯納稅款”不能簡單理解為“查補稅款”或“偷稅額”。
國稅發「1998」第066號（國家稅務總局關于增值稅一般納稅人發生偷稅行為如何確定偷稅數額和補稅罰款的通知）第一條規定：一、關于偷稅數額的確定 （一）由于現行增值稅制采取購進扣稅法計稅，一般納稅人有偷稅行為，其不報、少報的銷項稅額或者多報的進項稅額，即是其不繳或少繳的應納增值稅額。因此，偷稅數額應當按銷項稅額的不報、少報部分或者進項稅額的多報部分確定。如果銷項、進項均查有偷稅問題，其偷稅數額應當為兩項偷稅數額之和。
其第二條規定：二、關于稅款的補征 偷稅款的補征入庫，應當視納稅人不同情況處理，即：根據檢查核實后一般納稅人當期全部的銷項稅額與進項稅額（包括當期留抵稅額），重新計算當期全部應納稅額，若應納稅額為正數，應當作補稅處理，若應納稅額為負數，應當核減期末留抵稅額。 n
如：稅務機關2005年4月某企業進行增值稅檢查，當月留抵3萬元，檢查出2003年2月該企業少提銷項稅額7萬元，當月留抵2萬元，則偷稅數額為7萬元，應補增值稅4萬元，滯納稅款5萬元。 2.滯納天數的確定：
總體規定：對偷稅行為加收滯納金的計算起止時間為，從稅款當期應當繳納或者解繳的期限界滿的次日起，至實際繳納或者解繳之日止。 實際操作：“起算日”為，“加上查補稅額后實現應繳稅金的次月11日”（考慮順延）：“止算日”為，出具《稅務處理決定書》之日，在《稅務處理決定書》中列明：偷稅數額、查補稅額、滯納稅款及到出具《稅務處理決定書》之日應加收的滯納金數額，以便征收機關從出具《稅務處理決定書》次日起至實際繳納之日止分段計算加收。
