針對我國事業單位財務分析存在的問題，筆者認為應在如下幾個方面有所改進。
事業單位的管理者及財務負責人應結合本單位實際情況制定適合本單位的財務分析管理制度。明確規定主管財務分析工作的執行部門、工作程序、財務分析方法和指標、財務分析報告的內容以及格式、財務報告報送的時間等，并加強監督檢查的力度，用健全的制度來保證財務分析人員及時編制和報送財務分析報告。
應轉變傳統理財觀念，使財務分析報告與單位業務發展更加緊密地結合起來，充分發揮財務分析報告的重要作用。財務分析一定要與單位的業務緊密結合，要深刻領會財務數據背后的業務背景，切實揭示業務過程中存在的問題。為了更好地做好財務分析工作，單位的管理者要盡可能地學習財務管理知識，讀懂、用好財務分析報告所提供的信息；財務人員在做好財務工作的同時，也應對單位的業務現狀、問題和今后的發展方向有一個全面的了解，使編寫出的分析報告更加客觀、翔實。
應不斷完善事業單位財務分析指標體系，使之更能適應財政改革的需要。針對國庫集中收付制度改革以來全額撥款事業單位、差額撥款事業單位與自收自支事業單位在財務管理上 的區別，筆者建議將行政單位會計報表分析的指標如支出增長率、人均開支水平、專項支出占總支出的比重、人員經費占總支出的比重及人車比例等引入全額撥款事業單位的財務分析指標體系中，以便更客觀地評價其財務開支及預算執行情況。
相關人員還應積極靈活地使用財務分析的各種方法，做好事業單位財務分析。事業單位財務分析的常用方法有：比較分析法（與本期計劃數相比、與歷史同期相比、與同類單位先進水平相比）、因素分析法、差額分析法等。一般情況下，應對單位的收支情況、支出結構等實際指標與其各項計劃指標進行橫向與縱向的對比分析，并與上年同期各項指標采用絕對數與相對數指標相結合的方法進行對比分析，分析各項指標的執行情況、存在問題。為使財務分析報告清晰明了，還可結合相關圖表進行分析。根據分析的目的，將會計報表及有關財務資料，經過科學分類、組合，適當補充資料，配以分析計算項目，簡明扼要地表達資料各項目之間的內在聯系，清晰地顯示出各指標之間的差異及變動趨勢，使財務分析更形象、具體。
認真寫作財務分析報告也是不可忽視的主要環節。這是財務分析工作的最后一環，財務分析報告質量的高低，關系到整個財務分析工作的成敗。
