一、企業層面：自身矛盾不斷累積，生存面臨巨大困境
具體來看，這些廠辦集體企業生存發展與轉制面臨諸多難題：
1.產權難以界定、負債責任主體不清，導致部分地區改革進展緩慢。廠辦集體企業一般資產形成情況復雜，由于集體企業與主辦國有企業之間的資產互相占用，債務互相擔保，企業土地、房產、設備等資產產權不清同時早期會計核算不完善、長期經營嚴重不景氣、人員變動頻繁等種種因素作用下，導致相應的權責主體不易厘定，主辦企業不愿碰這些麻煩問題，屬地政府也缺乏協調解決的激勵機制。
2.高負債、資產質量低下。廠辦大集體90%以上是長期停產企業甚至是空殼企業，但背負市場債務、銀行債務、拖欠稅款、滯納金，以及正常經營時期具有勞動關系的職工的負債（解除勞動合同關系經濟補償金、拖欠職工工資、集資款、醫療費等債務和欠繳的各項社會保險費用）。雖然大多資不抵債，但如果要按照目前的《破產法》走司法破產，各方債務安排及核銷將是繁瑣冗長的過程，而且按照法律規定的償債優先順序，職工負債未必能確保清償。
3.市場競爭力普遍嚴重喪失。廠辦集體企業長期依賴于主體，為主體服務，沒有正常市場競爭的歷練，絕大多數存在技術落后、技術力量不足、產品開發動力不強，與行業內其他企業相比嚴重缺乏核心技術，這是企業發展中最致命的薄弱環節。所以，一些業務嚴重依賴于主辦廠而經營業績尚可的廠辦大集體，希望主辦廠的扶持繼續維持下去，害怕獨立面對激烈的市場競爭，這也增加了改革實施的難度。
二、職工層面：生活極度困難，對社會穩定構成嚴峻挑戰
廠辦大集體企業多數停產關閉，企業職工離崗失業，在技能單一、年齡偏大、再就業困難的情況下，這些職工的日常生活已陷入難以維持的境地。最直觀的體現，就是職工“斷保”現象十分嚴重。從2011年相關部門統計數據看，地方廠辦大集體參加養老保險的職工斷保率達到75%，參加醫療保險職工斷保率達到56%。生活的極度困難，必然對社會穩定構成挑戰，特別是在國家出臺文件明確要求自2011年開始用3-5年時間完成廠辦大集體改革任務的情況下，如果不能妥善對這部分職工加以安置解決，必然會出現由希望到失望的強烈情緒，群體性上訪事件將難以避免。
三、政府層面：改革成本數額巨大，地方財政難以負擔
雖然中央財政和省級財政可以承擔大集體職工解除勞動關系經濟補償金的絕大部分，但職工解除勞動關系的經濟補償金僅占全部改革成本的小部分(大約24%)，大部分改革成本需要地方財政和主辦國有企業承擔。如遼寧預估僅拖欠職工債務135.1億元、拖欠社會保險總額160.7億元，兩項合計就高達341.8億元。由于改革成本缺口大，而經濟下行形勢下，遼寧省本級財政資金籌措困難，主辦企業經營困難，職工就業形勢嚴峻，在一定程度上影響了地方政府、主辦國有企業推進改革的進度。
