國家有關部門近期組成調研組赴吉林、上海、浙江、山東、北京等地，對《民辦教育促進法》的實施情況進行了調研。全國人大常委會教科文衛委員會教育室原主任侯小娟參與了這次調研。
她撰文指出，《民辦教育促進法》實施幾年來，民辦教育有了較大發展，取得了可喜的成績，但還存在不少問題需要研究和解決。其中之一是民辦學校享受不到平等的稅收優惠政策。
據她介紹，《民辦教育促進法》規定，民辦學校與公辦學校具有同等的法律地位，享有國家規定的稅收優惠政策。當前，很多民辦學校舉辦的是高自考助學、技能培訓等非學歷教育，其收入沒有納入財政預算管理或財政預算外資金專戶管理，一些地方稅務部門就依照《關于教育稅收政策的通知》的規定，向民辦學校征收營業稅和企業所得稅。對要求取得合理回報的民辦學校的稅收優惠政策遲遲沒有出臺，使民辦學校出資人在是否要求取得合理回報上處于兩難境地，不利于吸引民間資金舉辦民辦教育。另外，對民辦教育的其他扶持措施也沒有落實到位，如民辦學校在用地、信貸、用水用電、招生等方面，都享受不到與公辦學校同等的權利和優惠政策。
她認為，造成目前對民辦學校的稅收優惠政策不到位和國家為鼓勵舉辦者出資辦學而制定的“合理回報”政策未能得到很好落實的一個重要原因是相關政策、法規不配套。為此，她建議制定和完善有關民辦學校的稅收優惠政策，使國家促進民辦教育發展的措施具有可操作性。
一是制定對出資人要求取得“合理回報”的民辦學校的稅收優惠政策。由于這項規定沒有出臺，使對出資人要求取得“合理回報”的民辦學校的稅收政策無法可依，直接導致法律規定的有關“合理回報”的政策無法操作。
二是完善對民辦學校的企業所得稅減免辦法。由于目前對企業所得稅的征免以收費是否經批準并納入財政預算管理或財政預算外資金專戶管理為依據，一些地方的稅務部門便以民辦學校的收費沒有納入財政預算外資金專戶管理為由，對所有民辦學校征收企業所得稅，挫傷了民辦學校出資人、舉辦者和教職員工的積極性。民辦教育是公益性事業，在稅收方面應享有一定優惠，為此，建議將民辦學校的收費納入財政預算外資金專戶管理，從而使民辦學校享有與公辦學校同等的企業所得稅減免優惠。
三是建議制定專門針對民辦學校的會計制度。按照有關規定，民辦學校應采用《民間非營利組織會計制度》。但民辦學校出資人對其出資部分享有所有權和允許從辦學結余中提取“合理回報”的政策都與《民間非營利組織會計制度》中的有關規定不符。由于沒有專門的會計制度，執行中，民辦學校的會計制度比較混亂，導致有關部門對民辦學校的財務管理難以到位，不利于對民辦學校資金管理、使用的監管。
