一、醫療保險基金財務管理存在的問題
（一）基金管理程序復雜
首先，醫保基金在征繳的過程中就存在很多復雜程序，影響力基金財務的有效管理。例如：對于欠繳醫保費及醫保費不連續人員的信息變更，須先由申請方補繳醫保費，否則不予進行人員信息變更業務受理。其次，醫療保險基金管理、發放過程中涉及人社、財政、定點醫療機構、零售藥店、金融、審計等多部門、多環節，由于管理工作缺乏協調，信息資源共享不足，使得基金財務管理工作的難度增加。這種狀況形成的原因是因為：電子政務信息橫向流動動力不足；電子政務信息部門壟斷，這種“部門私有”的資源歸屬格局，導致了在跨部門的大型電子政務信息資源建設項目中，信息互聯互通缺乏硬性規定，許多政府部門在建設過程中強化部門利益。應用系統的縱向部署，其建設任務大部分依自上而下體制下達，強調上下對口，對外保密。這樣的情況下，基金管理工作過于復雜，無法統一部署就會直接導致醫保基金收、支、管工作流程不順暢，加大了醫保基金的管理難度。
（二）基金管控制度不健全
第一，醫保基金相關業務科室分工、權責不明確。對于醫保基金來講，權責不對等的，所承擔的責任與擁有的權力不是相對同一標的，這就不是真正的權責明晰。加上當前的醫療保險基金管控制度的管理工作比較繁雜，工作量比較大，責權不明晰自然就導致，工作沒有分工，導致工作拖延，干不好工作，推動工作無力。
第二，醫療保險組織內部的審計工作得不到重視。具體表現在：內部審計機構設置隸屬關系不清，獨立性不強，醫療機構出于自身利益考慮，往往會給患者多檢查、多開藥、多治療，提供過度的醫療服務，甚至存在拖延出院、虛假使用等行為。內部審計同單位財務會計機構之間不協調的問題，對項目全程暴露的問題缺少總結、對策；對項目成員缺少指導、或不予指導，內部審計絕不是只靠“悟”就能做好的。對內部審計的認識和定位不到位，對內部審計認識的存在偏差，甚至認為是可有可無的部門，使內部審計的生存和發展很迷惘和痛苦，審計工作難以開展，重審計而輕整改仍是普遙存在的問題；領導對內部審計的重視不夠。
第三，醫保卡使用缺乏約束機制。當前的現實是醫保卡不單單可以買到藥品，還可以買到洗發水、牙膏等生活用品，醫保卡儼然成了購物卡，走進藥店對于一些不屬于醫保報銷范圍內的藥品，營業員說都可以刷醫保卡來購買。從表面上看，參保人員可以套取卡內閑置資金，好像是獲利的一方。實際上，這不僅導致醫保金流失，影響醫保改革的平穩運行，還會因資金被挪用而對醫療保障和救急產生影響，最終損害的還是參保者的利益。
二、完善醫保基金財務管理的措施
（一）建立統一財務管理體制
首先將醫療保險基金財務管理工作的關聯程序整合起來，進行統一的財務管理，從而推動各部各員養成積極主動發現問題，解決問題的良好習慣，進而引導各部各員在醫保制度、規范的框架內組織工作，進入比較理想的管理狀態。其次，要實現信息關聯。為了解決管理工作缺乏協調，信息資源共享不足等問題，必須要通過相互兼容的信息技術手段進行銜接，實現醫療信息數據實時共享，提高風險管控能力和健康服務水平，運用科技手段優化運行流程、管控醫療風險、監督醫療質量，并通過對參保人就診和健康數據的分析，實施有針對性的健康干預方案。另外，控制醫療信息的安全性所以要必須合理設置用戶訪問權限，用戶要訪問這些機器的共享資源，必須賦予相應的權限才行。如：使用Guest賬號訪問該機器的CPCW共享文件夾，至少要賦予“讀取”和“列出文件夾目錄”權限。
（二）加強醫保基金監管
首先，要完善內部審計。內部審計工作要對醫保基金的資產保值增值、安全、完善進行監督，對基金的資產負債及損益情況的真實性、合法性進行審查，從中找出薄弱環節和存在問題，幫助醫保基金完善內部控制制度，嚴禁亂擠亂攤成本，狠剎鋪張浪費之風。全面加強醫療保險基金的經濟活動、經營發展中的關鍵環節，突出審計重點，使內部審計能夠在醫保基金經濟活動中起到保駕護航、鋪路搭橋的作用。而要實現這個目標就要以經濟效益為中心開展內審工作， 重視醫保基金財務狀況外，更多的是醫保基金的獲利能力及經營前景的管控，當好醫保整體財務管理工作的助手。其次，外部審計工作也要及時監督，解決醫保卡使用缺乏約束機制的問題，例如：對“雙定”醫藥店，審計組織要要求他們堅持數據備份工作，保證網絡安全通暢；準確做好醫保數據對帳匯總工作，月終按照上傳總額結回費用；確保及時上傳增、減項目，確保目錄維護工作準確無誤。加強醫保基金的監管就要重視全面的管理控制，實現內外部全部監管自然就能夠解決套取醫保資金的問題發生。
綜上所述，完善醫保基金財務管理的措施最好建立統一財務管理體制，加強醫保基金監管，確保社會醫療保險基金的財務管理能夠長期平穩，安全運行，規避風險，切實為人民群眾服務。
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