所得稅會計差異即會計利潤與應納稅所得額之間的差異額。它分為永久性差異和暫時性差異兩類。本文所涉及的幾種特殊收入的計稅差異即屬于永久性差異。
永久性差異是指某一會計期間，由于會計準則，制度和稅法在計算收益、費用和損失時的口徑不同，標準不同，所產生的稅前會計利潤與應稅所得額之間的差異，這種差異不影響其它會計報告期，也不會在其它期間得到彌補。
一、售后回購的會計處理及納稅調整
企業會計準則規定，對于售后回購一般情況下不應當確認為收入，企業銷售商品在附有回購協議的方式下，發出商品的實際成本與銷售價格以及相關稅費之間的差額，在待轉庫存商品差價科目核算，不確認收入。若回購價格大于原售價的，應在銷售與回購期間內按期計提利息費用，計提的利息費用直接計入當期財務費用。企業日后重新購回該項商品時，按購入物資處理，并將與該購回商品有關的待轉庫存商品差價科目的余額沖減或增加購回商品的成本。但稅法規定，售后回購業務應視為銷售、購入兩項業務，應對銷售收入征收企業所得稅和增值稅。
[例1]甲、乙企業簽署了一項售后回購協議，2005年1月1日，甲企業將商品銷售給乙企業，銷售價格為400萬元，增值稅68萬元，商品成本300萬元。根據協議，甲企業在12月31日以420萬元（不含增值稅）的價格購回了該批商品。假設甲、乙企業增值稅稅率為17％，企業所得稅稅率為33％，暫不考慮其它稅費，甲企業2005年利潤總額200萬元。
根據會計規定，甲企業在2005年年末應計提利息費用20萬元，購入商品的增值稅進項稅額=420×17％=71.4（萬元），但稅法上視售后回購業務為銷售、購入兩項經濟業務。所以，甲企業2005年應調增應納稅所得為400-300=100（萬元）。應納稅所得額；200+100=300（萬元），應交所得稅=300×33％=99（萬元）。甲企業相關會計處理如下：
2005年1月1日甲企業向乙企業銷售時：
借：銀行存款 4680000
貸：庫存商品 3000000
應交稅費——應交增值稅（銷項稅額） 680000
待轉庫存商品差價 1000000
2005年計提利息費用時：
借：財務費用 200000
貸：待轉商品進銷差價 200000
2005年12月31日甲企業向乙企業回購時：
借：庫存商品 3000000
應交稅費——應交增值稅（進項稅額） 714000
待轉商品進銷差價 1200000
貸：銀行存款 4914000
二、在建工程試運行收入的會計與納稅處理
企業會計準則規定，工程達到預定可使用狀態前因進行試運行多發生的凈支出，計入工程成本。企業的在建工程項目在達到預定可使用狀態前所取得的試運行過程中形成的、能夠對外銷售的產品，其發生的成本，計入在建工程成本；銷售或轉為庫存商品時，按實際銷售收入或預計售價沖減工程成本。但稅法規定，企業在建工程發生的試運行收入，不能直接沖減在建工程成本，而應并入總收入予以征稅。
[例2]甲企業一在建工程試投產運行期間共生產出產品1000件，總成本為20萬元，銷售產品后取得款項29.25萬元。甲企業當年利潤總額為100萬元。設甲企業所得稅稅率為33％。
甲企業試運行階段取得銷售收入29.25萬元，其中不合增值稅的價格29.25÷（1+17％）= 25（萬元）。根據會則規定，這25萬元應沖減在建工程成本，并且生產這批產品發生的總成本20萬元應計入在建工程成本。但稅法規定，甲企業在建工程的試運行收入不能直接沖減在建工程成本，所以其應調增的應納稅所得額：25-20=5（萬元），應納稅所得額：100+5=105（萬元），應交所得稅=105=33％=34.65（萬元），所以，甲企業相關會計處理如下：
借：在建工程 200000
貸：銀行存款 200000
借：銀行存款 292500
貸：在建工程 250000
應交稅費——應交增值稅（銷項稅額） 425000
借：所得稅費用——當期所得稅費用 346500
貸：應交稅費——應交所得稅 346500
三、補貼收入的納稅調整及會計處理
企業會計準則規定，企業實際收到即征即退、先征后退、先征稅后返還的增值稅，借記銀行存款，貸記補貼收入.但稅法規定，自2000年6月24日起至2010年以前，對增值稅納稅人銷售其自行開發生產的軟件產品，按17％的法定稅率征收增值稅后，對其實際稅負超過3％的部分實行即征即退的政策、所得稅款由企業用于研究開發軟件產品和擴大再生產的，不作為企業所得稅應稅收入，不征收企業所得稅。
[例3]某企業2005年12月獲得軟件產品增值稅超負返還款5萬元，2005年利潤總額100萬元。
根據企業會計準則規定，該企業在獲得軟件產品增值稅超稅負還款5萬元時，在會計上計入補貼收入科目。但稅法規定。若所退稅款由企業用于研究開發軟件產品和擴大再生產的，不作為企業所得稅應稅收入，不征收企業所得稅。所以，在計算交納企業所得稅時，應調減應納稅所得額5萬元，應納稅所得額=100-5=95（萬元），應交所得稅=95×33％=31.35（萬元），甲企業的會計處理如下：
借：銀行存款 50000
貸：補貼收入 50000
借：所得稅費用——當期所得稅費用 313500
貸：應交稅費——應交所得稅 313500
