多年來，我國建成了部門預算、政府采購、國庫集中支付制度三位一體的公共財政框架。2006年財政部門提出了部門預算，提高了預算的透明度和管理水平，也在相當程度上對政府、財政及部門的行為起到了規范和制約作用。為了更好推進公立醫院改革，進一步完善醫改“十二五”規劃，2012年是新的《醫院財務制度》和《醫院會計制度》實施工作的第一年，又是新舊會計制度銜接的一年，如何做好醫療機構部門預算管理意義非凡。
一、目前我國醫療機構預算管理存在的問題
（一）部門預算編制與預算執行脫軌，主觀隨意性很強
部門預算編制經過“三上”“三下” “一上”從8月開始到“三上”12月下旬，人代會審查批準政府預算后1個月內，省財政廳批復省級各部門預算（“三下”）。應該有充分的時間細化完善提高部門預算的完整性和準確性。但在實際工作中,一些科室對采購需求不認真的填列購置計劃，局限填完應付了事，導致在編列年度采購計劃時沒有考慮其需求,可是在預算期內又突然提出臨時購置要求,打亂了預算計劃，考慮急需不得不予安排資金,而有的科室在預算中填列了購置計劃，中途更換設備，主觀隨意性很強，從而導致盲目的采購，達不到部門預算目標。
（二）編制政策、資料依據掌握不全不準
安排預算時必須依照法律、政策編制預算，但不少部門對政策法規的掌握不是特別清楚、準確、全面，個別重視不夠，基礎數據不實，例如對于人員經費開支規定，工資性支出中在職人員工資和臨時工工資有什么區別，由于現行體制醫院人員類別有多種，有編制內人員、 有聘用的臨時專業技術人員、還有招聘的長期合同工、臨時工、返聘的退休人員等，人員經費支出預算填列口徑五花八門，更有甚者擴大開資范圍，影響了部門預算執行的合理性。
（三）很多部門未設預算管理機構、設預算管理機構的預算制度形同虛設
預算管理機構應設在財務科，以財務科為核心負責部門預算管理、組織、協調工作, 自上而下各相關職能部門對預算實行歸口管理, 責任到人。但在實際工作中很多部門沒有設預算管理機構，設的也形同虛設, 制度建設相對健全、完善，但有章不循、制度落實不到位的現象也時有發生，預算管理機構只是設在財務科, 沒有提升為全院管理行為，對預算資金相應的事件進行事后監管，及時處理的時效性差，起不到實質性作用。
（四）部門預算與實際發生偏差,失去了預算管理的嚴肅性
有些部門預算安排仍然采用估算，合理性差，導致部門預算與實際發生有偏差。目前招待費按公務費2%編制，不能滿足需要，隨著部門間跨地域的業務交流活動的增多，招待費需求加大，為兼顧標準一些單位多采取在會議費、培訓費中列支，造成核算不實，存在隨意性，失去了預算管理的嚴肅性。
（五）人大對部門預算做不到的有力的監督
由于人大審議部門預算的時間有限，要想認真、逐項地審議部門預算很難做到，只能對預算進行總體性、一般性審查，最終流于形式上的程序性監督。在預算的執行過程中難以開展經常性的監督，難以對預算的執行情況進行全方位的跟蹤監督。
（六）沒有建立對部門預算編制質量和項目績效的考核機制
盡管2006年部門預算在全國各醫院已經推開，但部門預算的編制質量差，部門決算同年初部門預算的差異程度多大，同時，部門預算特別是項目支出預算尚沒有建立起有效的績效考評、追蹤問效機制，在具體編制過程中，由于項目缺乏可比性，可行性論證也不夠充分，難以做到分清輕重緩急。
二、完善醫療機構部門預算管理制度
（一）做好年終決算編審工作
做好年終決算編審是預算的有效手段，各醫院經營狀況、資產情況、人員信息等等是部門預算的真實情況反映，通過年終決算 發現預算中不足，不斷強化預算，真實、完整、可靠把所有預算全公開。
（二）控制支出，堅持用績效預算來優化基本支出預算，優先安排重點建設項目預算
預算控制要求醫療機構加強部門預算編制、執行、分析、考核等環節的管理,明確預算項目,建立預算標準,規范預算的編制、審定、下達和執行程序, 及時分析和控制預算差異, 采取改進措施,確保預算的執行,遵循統籌兼顧、積極穩妥的原則,充分合理考慮醫療機構的實際情況、資金狀況,在資金安排上要對重點建設、 發展的項目給予優先,對不合理的支出結構要進行調整,以實現醫療資源的科學配置。
（三）預算編制必須要細化到具體部門、具體項目，責任到人
預算編制涉及部門醫院信息科、人事科、設備科、總務科、病案室等需要協調溝通，建立分工明確、協調配合的工作，責任到人。
（四）建立完備的編制政策、資料數據庫，合理測算標準定額
各部門要根據國家現有的經濟開支政策和規定，測算部門預算支出，要按照預算年度所有因素和事項，分別輕重緩急測算每一級科目的支出需求。尤其對項目支出，要進行項目論證，測定支出概算，制定并執行滾動項目計劃。
（五）建立健全人大預算監督制度
人大的預算審查要在做深做細上下功夫，努力做到由程序性審查逐步變為實質性審查，要采用監督的經常性與突擊性相結合，加強預算執行監管。建立重要財經情況報告備案制度和重大支出行為的審查批準制度，結合對預算執行的檢查，落實對預算違法行為的法律制裁，增強預算的約束力。
（六）建立激勵機制，預算資金與部門工作績效直接掛鉤，推行績效預算
對發展性項目支出，部門預算編制到具體項目，采用成本―效益分析方法，開展科學的項目可行性論證，編制項目概算，確保有限的預算資金用于最有價值的項目和用途上；同時制定績效指標體系，將部門經費與績效直接掛鉤，能獲得更多的預算撥款，最終實現了預算資金的有效配置。
