一、當前行政事業單位科研項目中專項經費支出管理問題分析
(一)行政事業單位有關科研項目經費支出中的預算意識存在一定問題
當前，在我國經濟體制變革作用不斷深化的形勢下，國家對于行政事業單位中項目專項經費的使用工作給予了格外關注，科研項目所獲取的建設成果也在重點關注范圍之內。這使得行政事業單位科研專項經費總額逐年呈現出上升趨勢，各級行政事業單位組織機構都對項目專項經費加強了管理執行力度，但是改進成效卻相對緩慢，同時在項目科研經費預算管理事宜的處理手段上總能看到舊體制的影子，最終導致行政事業單位經費管理成效不佳與人員責任意識不足。受相關制度協調性缺失問題的影響，行政事業單位在涉及到科研項目專項經費支出問題上的財務制度并為有所改變，這直接導致了科研項目預算對于科研項目成本的覆蓋不夠全面。不僅如此，經費預算管理部門錯誤的認為行政事業單位當中的科研項目工作人員已經由專門渠道獲取了財政撥款，進而預算管理部門在下發科研項目經費時大多剔除掉了這部分成本構成。這些問題歸根結底都是有事業單位預算意識局限性所引起的。
(二)行政事業單位有關科研專項經費支出中的預算管理執行工作存在一定問題
上文中所提到的行政事業單位在科研項目專向經費中預算意識的缺乏一樣，這種預算意識的缺乏直接導致了預算管理工作的執行力度不夠。這一問題突出表現在以下幾個方面：首先，行政事業單位科研人員缺乏預算法律知識，對科研專項經費項目中的財務管理及管理制度的認識均不徹底。這使得他們在涉及到專項經費項目的預算執行工作中始終無法統一變更預算開支標準，預算管理執行力度有所缺乏；其次，行政事業單位一部分科研人員對于預算執行工作的認識度不夠，錯誤的認為預算項目編制的最終目的即為獲取科研經費，科研經費一旦到位，該怎么使用就已經不再重要了。這一錯誤觀念使得行政事業單位一部分科研項目經費無法嚴格按照預算計劃執行，科研項目與預算管理嚴重脫軌；最后，成本效益相關原則在大部分行政事業單位科研項目專項經費管理中難以體現，即多數單位往往對專項經費總額十分看重，但是對項目全過程經費管理的細節不能有效控制。如會計信息保真程度較低，常常出現專項經費支出總額超出總預算成本的現象，或有的是課題間經費混用，甚至用超支的基本支出擠占項目經費。
(三)行政事業單位科研專項經費預算支出缺乏全程管理及其監督效能
對行政事業單位經費管理而言，項目科研經費的全程管理及監督效能發揮至關重要。但目前行政事業單位經費預算支出普遍存在全程內控機制約束力度不高、預算支出管理執行力度較低的現象，經費預算內部控制體系機制尚處于不健全狀態，無法真正保證科研經費的預算合理支出與科學管理。科研經費監管不力，使用不透明，審計不到位的問題比較突出。
二、進一步強化行政事業單位科研經費管理應采取的措施
(一)行政事業單位需要進一步強化有關科研經費支出預算管理的意識
簡單來說，相關工作人員應當以正確的預算管理意識為基本原則，對科研項目專項經費給予規范化的管理與控制。與此同時，預算管理內控制度的逐步完善來進一步強化事業單位科研經費中的支出項目預算管理。換句話來說，只有從思想上認識到了科研經費項目預算管理工作的重要性，預算管理工作才能在實踐過程中發揮相應的預算管理職能，進而確保科研項目預算資金的高效應用
(二)行政事業單位需要進一步強化專項科研經費支出中協調管理工作力度
我們需要明確一點：行政事業單位有關科研專項經費支出項目需要嚴格控制項目申報經費的預算范圍當中。與此同時，相關科研部門要及時與財務部門進行溝通與交流，并要清楚各自的工作任務且能相互理解，在符合規定的前提下，協調管理科研經費。
(三)行政事業單位需要進一步強化科研項目經費管理及監督工作的全過程效能
科研項目經費管理工作需要貫穿于整個科研活動的全過程當中，并要高度重視全程經費支出與管理。也就是說，受科研項目性質的差異性影響，行政事業單位需要根據科研項目立項申請、支出預算以及監管階段的考核指標對整個科研活動及其科研成果進行綜合驗收。詳細來說，科研項目經費管理及監督工作的全過程效能就是指從項目質量、科研進度以及資本資金支出這三個方面入手，展開較為詳細的追蹤與管理，確保科研項目活動全過程當中各項科研經費的專款專用。這對于行政事業單位資金資產高效使用來說也有著不可小覷的作用。
1、項目中期階段評價分析
從行政事業單位科研經費的全過程管理工作角度來說，相關工作人員需要格外關注自身責任意識的提升，正確認識項目中期階段評價工作中立項評審以及結題驗收工作的重要意義，進而更好的指導工作。與此同時，在會計電算化不斷與科研經費項目管理相融合的過程中，大部分行政事業單位的科研經費就能夠及時且全面的反映出來。這也就是說，科研活動項目管理工作人員能夠就這些數據資料同財務會計工作人員展開必要的溝通與交流，與科研項目相關的會計信息能夠更好的為預算管理而服務。
2、科研項目成本核算的強化需要從相關制度建設方面入手
從現階段行政事業單位科研項目成本核算管理工作角度來說，對這部分內容的完善應當從日常成本費用支出登記的完善化方向入手，以此確保科研項目能夠獲取較為均衡的成本奮勇均攤。同時，還要更新現有專項經費管理制度，對尚未制定預算管理制度的專項經費及時制定制度并加以完善，對已制定的預算管理制度要注意實際執行效果和執行過程中的修訂事宜。
3、強化固定資產管理
行政事業單位科研項目專用經費形成的固定資產，從配置、使用到處置，既要依照政府科研項目固定資產相關的規定進行管理，也要遵守行政事業單位固定資產管理的規定，因此要特別關注到固定資產項目包括購置、入賬、使用、報廢及轉移等在內的資產基本體系管理制度的構建。行政事業單位自有固定資產需要展開相應的優化與控制，以高質量的固定資產統籌結構獲取整個資產結構的高效配置。
4、督促項目經費及時且高效的應用
這一工作的順利開展需要經費劃撥部門與科研項目相關執行負責部門協調配合。對于課題經費下達一段時間（比如半年或9個月）未見行動，研究基地、設備、方案及研究人員不落實，或無充足理由不按計劃進度要求進行或完成科研課題，要采取懲罰措施，應中止或暫停該課題科研經費使用，并在以后兩年內拒絕受理該課題主持人申報的各類科研課題。
5、做好專項經費投資績效評價工作，建立問責機制，加強經費管理的監督
為了保證項目的價值和效益，應對其追蹤問效，進行績效評價工作；評價結果可做為項目主持人申請下一個項目的參考依據；科研經費目前大多數實行課題負責制，既賦予了課題負責人相當的科研自主權，同時也賦予了他監管經費使用的責任，對于科研經費，相關機構和審計部門都有監管的職責。課題負責人如挪用或濫用科研經費就應當承擔失職的責任，有關部門應當對課題負責人進行問責。
