農業專項資金是國家用于解決農村安全飲水和以提高農村土地質量為目的土地整理、土地治理等專項資金，涉及部門有農業、林業、水利和國土資源等部門，具有項目管理單位多、項目資金使用區域廣、項目金額大等特點，管好用好這部分資金，對農民增產增收和提高農民生活水平有著重要的作用。在近幾年的農業專項資金審計實踐中，從以下幾方面開展審計，達到了預期效果。
一、 項目工程招投標審計
主要是對工程項目計劃、工程招標資料和工程施工合同進行審查核實，看是否按照工程實施方案進行公開招投標，有無以議標代替公開招標；有無只對材料單價進行公開招標，將項目直接委托施工單位建設；有無將項目肢解，分成多個小項目，規避招標；有無將項目分成多個項目，一個項目招標，其他部分一并施工等問題。
二、項目施工現場實地勘查審計
主要是到項目施工現場，采用實地堪丈、記錄、計算、分析等方法，審計項目是否按照設計全部完成，有無擅自減少工程項目，完成部分工程項目或擅自變更工程項目，變更項目是否經有關部門和原設計單位許可。
三、項目資金審計
通過對工程資金收支憑證、賬簿、銀行對賬單等資料進行核對分析，審計中央、省、市、縣財政資金是否按計劃足額到位，有無以項目區群眾自籌資金代替地方財政配套資金；是否按照專項資金管理辦法支付資金，有無用甲項目資金支付乙項目工程款，有無不按工程進度隨意支付資金，有無截留、挪用資金；是否有同等金額而且時間相近的一收一支，看其是否有專款資金先撥付、后以其他名目轉回的現象；有無項目主管單位與施工單位串通，以加大工程合同承包價的手段，從施工單位套取專項資金，私設“小金庫”，用于單位的不正當開支，或者從施工單位套取工程材料等用于單位其他項目建設。
四、項目工程決算審計
實行項目資金收支審計和項目計劃、設計及實際完成情況審計相結合。首先，核對資金收支憑證、賬簿等會計資料決算數與項目計劃數和實際完成數是否一致；核對工程項目實施記錄和工程監理記錄，計算材料實際用量與賬面材料實際支出數量是否相符，看是否有高估冒算或材料實際使用量小于決算量的現象。其次，結合實際勘查和核實，看是否有工程實際完成數量小于決算數量的現象。
五、 項目工程不可預見費審計
由于有些農業建設項目設計與計劃批準和施工之間時間跨度比較長，有的甚至相差幾年，給項目實施帶來了一定的難度，增加了不可預見費用支出。對這部分審計，首先，要將發生費用與工程施工合同核對，有無這方面的條款；其次，到工程施工現場進行實際調查了解，要將發生費用與工程設計核對，是否與設計一致，有無這部分支出預算。
六、項目區隨機走訪審計
在項目建設審計中要隨機抽查走訪有關項目區村、組和農戶，座談了解有關農業專項資金項目工程的施工過程，資金的運用、材料的采購、撥付和群眾自籌資金的使用情況，有無專項資金不到位和向項目主管單位交付管理費用等問題。對以人數為基數補助發放的農機具補助等專項資金，在對提供資料分析、核對、歸納的基礎上，要深入基層，走訪有關村、組和農戶，辨別其真實性，防止弄虛作假等問題發生。
