會計科目的變化
《小企業會計準則》對企業發生的資產損失（包括現金短款）列支科目，不再區分使用管理費用、投資收益、營業外支出或資產減值損失等會計科目，統一使用營業外支出科目。
對存貨盤盈，不再沖減管理費用，而是直接計入營業外收入科目。對固定資產盤盈，不再要求作為以前年度差錯，不調整以前年度未分配利潤，而是作為營業外收入處理。
《小企業會計準則》要求小企業在清查財產過程中發生的各種財產盤盈、盤虧和毀損，應當查明原因，在年末結賬前處理完畢，處理后待處理財產損溢科目應無余額。
沿襲原制度使用短期投資、長期債券投資等概念，未使用《企業會計準則》中的交易性金融資產、持有至到期投資以及可供出售金融資產等概念。
備用金作為其他貨幣資金核算和列報，不再作為其他應收款。
單設周轉材料科目，核算不符合固定資產標準的低值易耗品等。規定小企業在建工程試運轉過程中形成的產品、副產品或試車收入沖減在建工程成本。
存貨
在發出存貨的計價方面，《小企業會計準則》取消了發出存貨的后進先出法，允許小企業采用先進先出法、加權平均法或者個別計價法確定發出存貨的實際成本，計價方法一經采用，不得隨意變更。
對于性質和用途相似的存貨，應當采用相同的成本計算方法確定發出存貨的成本。對于不能替代使用的存貨、為特定項目專門購入或制造的存貨以及提供的勞務，采用個別計價法確定發出存貨的成本。
在借款費用資本化方面，對經過一年期以上的制造才能達到預定可銷售狀態的存貨發生的借款費用，也計入存貨的成本。
所謂借款費用，是指小企業因借款而發生的利息及其他相關成本，包括借款利息、輔助費用以及因外幣借款而發生的匯兌差額等。
長期債券投資和長期股權投資
對小企業的長期債券投資不再要求按照公允價值入賬，而是要求按照成本（購買價款加上相關稅費減去實際支付價款中包含的已到付息期但尚未領取的債券利息）入賬。
對長期債券投資的利息收入不再要求在債務人應付利息日按照其攤余成本和實際利率計算，而是要求在債務人應付利息日按照債券本金和票面利率計算應收未收利息收入，確認為投資收益。在長期債券投資（或持有至到期投資）中的債券折價或者溢價的攤銷方面，《小企業會計準則》規定，債券的折價或者溢價在債券存續期間內于確認相關債券利息收入時采用直線法進行攤銷。
長期股權投資應當采用成本法進行會計處理，而不再采用權益法進行會計處理。在長期股權投資持有期間，被投資單位宣告分派的現金股利或者利潤，應當按照分得的金額確認為投資收益。
固定資產
對小企業融資租入的固定資產成本，應當按照租賃合同約定的付款總額和在簽訂租賃合同過程中發生的相關稅費等確定，不再要求按照租賃開始日租賃資產公允價值與最低租賃付款額現值兩者中較低者作為會計計量基礎。
《小企業會計準則》要求小企業應當根據固定資產的性質和使用情況，并考慮稅法的規定，合理確定固定資產的使用壽命和預計凈殘值。對折舊年限的規定與企業所得稅法一致，需要提醒企業注意的是，如果企業的固定資產由于技術進步等原因，確需加速折舊的，可以縮短折舊年限。采用縮短折舊年限方法的，最低折舊年限不得低于上述規定的折舊年限的60%；根據國稅發〔2009〕81號文件，企業確需對固定資產采取縮短折舊年限或加速折舊方法的，應當在取得該固定資產后1個月內，向其企業所得稅主管稅務機關備案；對集成電路生產企業的生產性設備，經主管稅務機關批準，其折舊年限可以適當縮短，最短可為三年；根據財稅〔2008〕1號文件，企業購進軟件，凡符合固定資產或無形資產確認條件的，可以按照固定資產或者無形資產進行核算，經主管稅務機關批準，其折舊或攤銷年限可以適當縮短，最短可為兩年。
無形資產
《小企業會計準則》一是規定土地使用權應與建筑物分別進行處理；二是增加了自行開發的無形資產，并單設了“研發支出”科目；三是增加“累計攤銷”科目核算無形資產攤銷；四是無形資產攤銷根據受益對象計入成本費用，部分無形資產攤銷可以計入“制造費用”科目，而不是全部計入“管理費用”科目。
對無形資產的攤銷期限問題，《企業會計準則》規定，企業應當于取得無形資產時分析判斷其使用壽命；使用壽命有限的無形資產，應攤銷金額應當在使用壽命內系統合理攤銷；企業攤銷無形資產，應當自無形資產可供使用時起，至不再作為無形資產確認時止。
而《小企業會計準則》規定，無形資產的攤銷期自其可供使用時開始至停止使用或出售時止；有關法律規定或合同約定了使用年限的，可以按照規定或約定的使用年限分期攤銷；小企業不能可靠估計無形資產使用壽命的，攤銷期不得低于10年。
長期待攤費用處理
《小企業會計準則》對長期待攤費用的核算內容、攤銷期限均與《企業所得稅法》及其實施條例的規定完全一致?！缎∑髽I會計準則》規定，小企業的長期待攤費用包括已提足折舊的固定資產的改建支出、經營租入固定資產的改建支出、固定資產的大修理支出和其他長期待攤費用等；長期待攤費用應當在其攤銷期限內采用年限平均法進行攤銷。
負債和資本公積
對小企業的負債不再要求按照公允價值入賬，而是要求按照實際發生額入賬；對小企業借款利息不再要求按照借款攤余成本和借款實際利率計算，而是要求按照借款本金和借款合同利率計算。同時，明確應付職工薪酬是“小企業為獲得職工提供的服務而應付給職工的各種形式的報酬以及其他相關支出”，相關規定與《企業會計準則》完全趨同。這樣有利于真實核算小企業成本，增強大企業與小企業成本信息的可比性。
《企業會計準則》規定，資本公積包括資本溢價（或股本溢價）和其他資本公積。而《小企業會計準則》規定，資本公積僅包括資本溢價（或股本溢價），即小企業收到的投資者出資額超過其在注冊資本或股本中所占份額的部分，明確規定資本公積不得彌補虧損。
