1、思想認識偏差。觀念是行為的向導，現階段，稅收信息化建設存在認識誤區：一是認識片面化，重“物件”輕 “人件”， 把工作寄托于幾件信息設備更新和一些軟件的應用上，忽視了人的內因主導和征管改革對稅收信息化的加速推進作用；二是思維表層化，對信息化發展規律了解不夠，其特殊性認識不足，習慣于用傳統的思維模式指導知識經濟，難以適應 “以人為本”的信息化內在發展要求；三是期望夸大化，突出地表現在“重內輕外”，既夸大了信息化的外因從動作用，也過高估計了系統內部的信息化支撐作用。
2、投入結構失衡。一方面，信息化建設在投資結構及選擇趨向上過分強調專業化，缺乏整體系統性，存在著“重建輕管”、“重硬輕軟”、“重網絡輕資源”等結構投入誤區，使信息系統建設、維護更新與信息資源開發利用難以協調發展；另一方面，具有社會系統功能的稅收信息化建設，受部門聯動缺失及資金“瓶頸”制約，工作推進呈“內熱外冷”、單兵獨進情勢，難以形成部門互動。加之，投資渠道單一，信息收集、存儲缺乏足夠資金保障和強大的社會基礎支持功能。
3、主體素質欠佳。從內部看，大量、有效的涉稅信息因“外網”的缺失難以導入稅收“數據庫”中 ，信息運行阻斷，而短缺的融法律、稅收、信息為一身的復合型人才又淡化了科技的推進作用。就外部言，稅收信息化是在稅務部門積極倡導和社會各部門自覺跟進的互動中一步一步實現的。而目前，除金融、電信外，企業及政府各部門的信息化建設明顯滯后，這種信息占有和運用的不對稱以及參差不齊的網絡辦稅客體形成了稅收信息化負面沖擊。
4、技術利用矮化。盡管近年來稅務部門不斷加大信息化建設，但利用狀況仍不樂觀，一是范圍較窄?，F行稅收征、管、查各業務模塊分工還難以實現科學的職責界定，“機管”還難以替代“人管”。二是水平較低。現階段，無論是“金稅工程”、CTAIS系統模塊的運作，還是辦公自動化工作，都還存在著“兩條腿”走路，“兩只手”運行的狀況。三是層面較淺。受人員觀念、素質和技能等因素影響，縣（市）級稅收信息化利用多停留于前臺征管層次，后臺監督整體利用水平偏低、效果也不夠理想。
5、制度運轉不暢。制度是生產力，更是稅收信息化的保障手段。一方面手段軟化，目前國家所倡導的“政府上網”工程和“企業信息化”工程整體推進不夠理想，稅收信息化建設單靠鼓動性宣傳和部門強制性推動，而缺乏政策性引導和產業性導向，后續保證能力不足；另一方面制度約束不力，新出臺的稅收“征管法” 雖然對信息化作了原則性規定，但應當性條款多，約束性懲戒條款少，目前稅收與社會各部門的信息協作辦法和制度尚處于醞釀階段，形成制度空缺。
6、配套支持不力。首先，信息源不完整。表現在與稅收監管密切關聯的工商登記信息、企業編碼、銀行帳號、個人身份證明等技術標準受現行行業體制和部門法規的制約，既不規范也不統一，既難獲取又無法得到利用；其次，信息系統不配套。表現為稅收信息化公共支撐環境建設滯后于應用系統開發，內部各業務操作層面與技術應用層面結合不夠，造成信息缺乏溝通、系統不能集成、資源不能共享，形成許多“信息孤島”。
