完善的審計內部問責機制有利于使紀律、法律形成相互銜接、互相補充的監督體系，強化對審計干部的監督管理；審計內部問責機制還有利于規范審計行為，督促有關責任人嚴格履行職責，增強責任心，推動干部能上能下的優選機制。對于審計機關來說，建立完善內部問責機制應該依據審計特點，當前的審計重點開展。
首先，審計機關建立規范的內部問責機制應該是全方位的問責機制。審計內部問責應在審計管理的各個方面實施問責制，以此加強審計機關的內部監管，規范審計行為，提高審計的執行力以及工作效率，提高審計形象。從橫向管理來說，應該建立問責制的方面應該包括審計管理、審計執法、財務管理等各個方面。
其次，審計機關內部問責制的前提是對崗位職責的明確劃分。被問責者應該是負有明確責任的主體，對出現的問題在哪個方面、多大程度上負有責任應該是明確的，因此，對每個崗位的權力、責任、義務進行明確的界定，對相鄰崗位的職責進行明確的劃定是實施內部問責制的基礎，而現實中，在這方面的工作還存在很多不足，由于職責不夠清楚、權限不夠明確，權力、義務相互交叉重疊的情況比較常見，這就容易導致在出現問題，追究責任時相關責任人互相扯皮、互相推諉的情況。鑒于此，審計機關在完善內部問責制的時候，首先應該將崗位責任的細分、責權利的劃分理清楚，增強有關責任人的責任心、積極性。
再次，審計機關內部問責制的實施離不開問責程序的規范化。問責制度關系到審計事業的健康穩定協調發展，因此，一是應該做到公平、公正，是制度就要有嚴肅性，有說服力；二是問責機制應該常態化，作為一項長效機制，避免隨意性；三是應該有相應的救濟渠道，避免出現不當的問責。對此，審計機關開展內部問責就應該完善并規范問責程序。正當、規范的程序是任何制度完善并得以更好貫徹所必備的要素，是問責制沿著正常的軌道規范運轉、防止隨意性、人為操作的保證。
1、無論哪一級審計機關，要想建立真正的內部問責制度，并有效地運轉，就必須建立規章制度，這既是規范問責程序的前提，也是避免隨意性，提高操作性，使有關責任人清楚自己的責任，認清不履行職責或者履行不當的后果的要求。
2、要推動責任追究的程序化。概括來說，依照問責的過程，問責程序涉及到三個方面，首先是責任的認定程序，就是說比照責任的劃分，按照一定的規章，如何認定責任的歸屬、嚴重程度等；其次，如何啟動問責程序，由哪個部門負責，具體如何操作，如何界定責任的大小，應該承擔的不利后果有哪些等等；再次，補救程序，就是應該給當事人一個解釋的、自我澄清的機會，避免被錯誤地追究責任或者當替罪羊。此外，完善問責程序，應該完善信息公開制度，避免暗箱操作，使制度透明。
