1.進項購進不實的疑點。該公司財務科長解釋，2008年2月購進了一批礦山配件，貨款12550元，當月未付款，掛的應付賬款。該公司主要經營煤炭購銷業務，煤炭的購進大多是現款交易。但在其經營范圍內，有時也經營其他業務，例如礦山配件、五金配件等。這些配件大多是當月到貨，下月付款，不存在購進不實的問題。
2.運費發票占比過高問題。該公司財務科長解釋，主要是集中結算運費、集中開具運費發票所致。2008年2月的運費發票主要是2007年從山西購進的煤炭，運輸是從山西運往河北，再從河北運往棗莊。
針對該公司的解釋，評估人員認為不足以排除疑點，需要深入企業進行核查，如果有必要可到承運單位進行外調。
實地核查
評估人員按照評估程序送達《稅務事項通知書》后，深入到企業進行實地核查。
1.了解真實的購進情況。經查，2008年1月~2月，該公司未購進煤炭。2008年2月購進一批五金材料，不含稅10726.5元，抵扣進項稅1823.5元。2008年2月不存在購進不實的問題。
2.核實運費發票的真實性、合法性。2007年該公司從山西購進2萬噸煤炭，銷往河北9437噸，銷往棗莊8695噸。該公司只與新泰市某運輸隊一家運輸單位簽訂了運輸合同，運費款項通過銀行匯到其賬號上。
該公司舍近求遠，認定距山西千里之外的新泰市某運輸隊為其運輸。這家運輸隊有幾部車、是否具備營運能力都值得懷疑。且該公司提供不出所運煤炭的過磅單，無法核實車輛的車牌號、車主身份。如果有山西當地的車參與了運輸，該公司應該有通過銀行向山西車輛支付運費的資金匯款。通過實地核查，評估人員懷疑新泰市某運輸隊無實際的承運能力，可能涉嫌違規daikan運費發票。
經到新泰市某運輸隊實地調查，該運輸隊是個人企業，沒有賬簿，賬務不健全。只有一部車輛，憑自身的運力根本無法完成運費發票所記載的較大數額的運輸業務量。該運輸隊負責人喬某說，給某物資貿易有限公司運輸的山西煤炭的車輛具體包括新泰的、蒙陰的，也有山西、河北的車輛，這些車輛掛靠在他的運輸隊，由他統一開發票。
同時，評估人員還檢查了新泰市某運輸隊的銀行結算賬戶。首先，某物資貿易有限公司將所謂的運輸費通過電匯匯到新泰市某運輸隊的賬戶上，然后新泰市某運輸隊又將部分資金分別電匯到連某、張某、楊某所持有的銀行卡中，另有部分資金直接電匯到某物資貿易有限公司的銀行賬戶上。經進一步調查，連某、張某、楊某都是該公司職工，說明這部分資金又回到了某物資貿易有限公司。
經檢查，新泰市某運輸隊的銀行結算賬戶沒有發現一筆與山西、河北的資金往來。這明顯不符合國稅發〔2003〕121號文件中關于“掛靠方的經營收支全部納入被掛靠方的財務會計核算”的規定。
通過以上的內查外調，評估人員進一步向該公司說明疑點，可能存在外地車輛運煤不開票，違規通過新泰市某運輸隊開票的問題。在評估人員的政策攻心下，該公司承認了相關問題：在山西、河北搞運輸的車輛大多是當地的個體車輛，他們無法開發票，于是就違規找到新泰市某運輸隊，把這部分發票daikan出來，造成違規取得運輸發票，涉及抵扣運費進項59958.4元，應做進項轉出，補繳增值稅59958.4元。
評估處理
在山西、河北從事運輸業務的車輛，不符合掛靠新泰市某運輸隊的條件，因此，新泰市某運輸隊為山西、河北的車輛daikan發票的行為是違規行為。
經核實，新泰市某運輸隊不負擔山西車輛的任何費用，也無相關的資金往來關系，新泰市某運輸隊也沒有賬簿，更沒有財務會計核算，明顯不符合國稅發〔2003〕121號文件的規定。
