國家稅務總局下發《關于外貿企業丟失增值稅專用發票抵扣聯出口退稅有關問題的通知》（國稅函〔2010〕162號）分兩類情況進行了明確。
一是發票聯與抵扣聯全部丟失時。根據文件規定，外貿企業丟失已開具增值稅專用發票聯和抵扣聯的，在增值稅專用發票認證相符后，可憑增值稅專用發票記賬聯復印件及銷售方所在地主管稅務機關出具的《丟失增值稅專用發票已報稅證明單》，經購買方主管稅務機關審核同意后，向主管出口退稅的稅務機關申報出口退稅。文件首次明確在丟失已開具增值稅專用發票聯和抵扣聯的情況下，通過認證相符記賬聯可以作為外貿企業申報并計算出口退稅的依據。
二是有發票聯但抵扣聯丟失時。根據文件規定，外貿企業只丟失已開具增值稅專用發票抵扣聯的，在增值稅專用發票認證相符后，可憑增值稅專用發票發票聯復印件向主管出口退稅的稅務機關申報出口退稅。
另外，有兩點需要注意。
一是根據《國家稅務總局關于調整增值稅抵扣憑證抵扣期限有關問題的通知》（國稅函〔2009〕617號），自2010年1月1日起，增值稅專用發票等抵扣憑證抵扣期限，由90天調整為180天。那么，外貿企業只丟失已開具增值稅專用發票（發票聯或抵扣聯），如還未認證的應在規定期限的180天內及時進行認證，并按上述兩類情況的要求辦理出口退稅的有關事宜。二是對于各地主管出口退稅的稅務機關為了加強出口退稅審核與管理，在增值稅專用發票信息比對無誤的情況下，才能按按現行出口退稅規定辦理外貿企業丟失已開具增值稅專用發票的出口退稅事宜。
《國家稅務總局關于項目運營方利用信托資金融資過程中增值稅進項稅額抵扣問題的公告》（國家稅務總局公告2010年第8號）規定，自2010年10月1日起，項目運營方利用信托資金融資進行項目建設開發經營模式下項目運營方在項目建設期內取得的增值稅專用發票和其他抵扣憑證，允許其按現行增值稅有關規定予以抵扣。此前未抵扣的允許抵扣，已抵扣的不做進項稅轉出。
特別提醒：生產企業通過融資租賃方式進行采購，增值稅視同一般的采購處理，其進項稅按現行增值稅有關規定予以抵扣而無須轉出，且允許追溯調整。該政策是2010年3月發布的《財政部、海關總署、國家稅務總局關于在天津市開展融資租賃船舶出口退稅試點的通知》（財稅〔2010〕24號）和《國家稅務總局融資租賃船舶出口退稅管理辦法》（國稅發〔2010〕52號）的并列從寬規定。
《國家稅務總局關于折扣額抵減增值稅應稅銷售額問題的通知》（國稅函〔2010〕56號）明確，納稅人采取折扣方式銷售貨物，銷售額和折扣額在同一張發票上分別注明是指銷售額和折扣額在同一張發票上的“金額”欄分別注明的，可按折扣后的銷售額征收增值稅。未在同一張發票“金額”欄注明折扣額，而僅在發票的“備注”欄注明折扣額的，折扣額不得從銷售額中減除。
特別提醒：增值稅發票實行防偽稅控系統認證，其金額、稅額等數據均顯示在防偽稅控系統中，若將折扣額填寫在備注欄中，認證時增值稅發票的折扣額信息不能被讀取，在系統中顯示的銷售額為折扣前的金額，企業賬務處理按照折扣后的金額入賬，造成增值稅納稅申報時報表數據和賬務數據不一致，因此國稅函〔2010〕56號文件規定僅在備注欄注明折扣額的，折扣額不得從銷售額中減除。
