一、我國支持企業自主創新的現行稅收政策分析
我國支持企業自主創新的稅收政策，主要體現在現行的促進技術進步稅收優惠政策方面。特別是新的企業所得稅法頒布后，針對企業自主創新的稅收優惠政策有所強化，這些政策主要有：
（一）鼓勵企業研發投入的稅收優惠政策
1.自2001年1月1日起至2010年底，一般納稅人銷售其自行開發生產的計算機軟件產品，可按17％的法定稅率征收增值稅，但對實際稅負超過3％的部分實行即征即退。所退稅款由企業用于研究開發軟件產品和擴
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大再生產，不征收企業所得稅。
2.企業為開發新技術、新產品、新工藝發生的研究開發費用，未形成無形資產計入當期損益的，在按照規定據實扣除的基礎上，按照研究開發費用的50%加計扣除；形成無形資產的，按照無形資產成本的150%攤銷。
3.企業發生的職工教育經費支出，不超過工資薪金總額2.5%的部分，準予扣除；超過部分，準予在以后納稅年度結轉扣除。軟件生產企業的職工培訓費用可據實扣除。
4.由于技術進步，產品更新換代較快的固定資產可以加速折舊。
5.創業投資企業采取股權投資方式投資于未上市的中小高新技術企業2年以上的，可以按照其投資額的70%在股權持有滿2年的當年抵扣該創業投資企業的應納稅所得額；當年不足抵扣的，可以在以后納稅年度結轉抵扣。
6.企業進口直接用于科學研究、科學實驗的儀器設備，免征進口環節增值稅和關稅。
（二）鼓勵高新技術產業發展的稅收優惠政策
對國家需要重點扶持的高新技術企業，減按15％的稅率征收企業所得稅。
（三）鼓勵科研成果轉化的稅收優惠政策
1.單位和個人從事技術轉讓、技術開發業務以及與之相關聯的技術咨詢、技術服務業務取得的收入，免征營業稅。
2.居民企業在一個納稅年度內，技術轉讓所得不超過500萬元的部分，免征企業所得稅；超過500萬元的部分，減半征收企業所得稅。
二、我國促進企業自主創新稅收政策存在的問題
（一）對政府促進自主創新理論有模糊認識
建設創新性國家需要全社會的共同努力，作為自主創新主體的個人、企業和政府，有著各自的職責和范圍。企業主要是通過市場配置資源，政府主要是通過財政、稅收等多種手段進行資源配置和調節。市場是自主技術創新資源配置的主體，財政支出是重要手段，稅收重在調節和引導，要正確處理好市場配置和稅收調節的關系。目前由于對企業、財政、稅收各自職責及發揮作用的領域和力度認識不清，加之我國有關稅收優惠政策的分析、評估制度尚未建立，對各種優惠政策效果難以準確掌握，導致制定和執行政策準確性不夠，出現缺位和越位情況。
（二）宏觀上促進企業自主創新的稅收政策不科學
1.稅收優惠政策與現行稅制結構不對稱。現行稅制以流轉稅為主，而科技稅收優惠政策卻主要以所得稅為主。這雖與國際上稅收優惠的通行做法一致，但由于我國的稅制結構不合理，使優惠政策起不到預期的作用，企業從優惠措施上得到的好處不多，使優惠政策失去刺激力度。特別是國有企業效益普遍不佳，虧損、微利企業大量存在的情況下，以所得稅為主的優惠措施，對大多數企業來說形同虛設。
2.稅收優惠環節選擇不合理，重點不夠突出。目前稅收優惠主要集中于對已形成科技實力的高新技術企業、高新技術的引進以及已享有科研成果的技術性收入實施優惠，側重于研發創新成功企業的終端環節。而對正在進行科技開發活動，特別是對研究與開發、設備更新、風險投資和孵化器等重點環節的稅收支持力度不夠大，優惠政策格局不合理，重點不突出。
（三）微觀上促進企業自主創新的稅收政策不完善
1.增值稅方面。首先，生產型增值稅造成高新技術企業稅負過重。由于高新技術產業資本有機構成高，所使用的生產設備和勞動工具技術含量高，成本價值大，而且更新快。按現行的生產型增值稅規定，購進固定資產的進項稅額不能抵扣，使產品成本中包含了固定資產轉移價值的進項稅金，加重了高新技術企業的稅負，不利于科技產品在市場上特別是在國際市場上的競爭。其次，增值稅征稅范圍過窄，其相關費用所含稅款無法抵扣。由于高新技術產業的迅猛發展，新技術、新工藝的不斷采用，科技產品成本結構發生了根本性的變化，直接材料成本所占比例不斷降低，間接費用的比例大大增加，大量研究開發費用、技術轉讓費用等無形資產以及科技咨詢費用等往往大于有形資產的投入，這些開支目前都不屬于抵扣進項稅額的范圍；新產品的上市，需要大量的宣傳廣告費用，這些費用也不抵扣進項稅額，使高新技術企業的實際稅負偏高。
2.所得稅方面。現行的科技稅收優惠主要是針對科技應用單位、科研成果，而不是針對具體的科技研究開發活動及項目。這使稅收優惠缺乏針對性，只是對已形成科技實力的高新技術企業及已擁有科研成果的技術收入實行優惠，而對技術落后，急需進行技術更新改造的大批傳統產業、老企業進行科技開發缺少鼓勵，極易造成企業只關心科技的應用，而不注重對科技開發的投入，這種把科技稅收優惠對象定位于“應用”而非“研發”的不合理的優惠格局，將導致經濟建設偏重于新建項目走外延式發展的道路。
3.個人所得稅方面。我國現行的稅收政策中對高科技人才的收入并沒有真正的個人所得稅優惠，致使高科技行業對人才的吸引力不夠，也使得大量人才流向海外，尤其是對高科技人才的創新發明所獲收入更是缺乏稅收優惠，對高科技人才的技術入股、股票期權的個人所得稅征收等問題也沒有得力的稅收措施，不利于調動科技人才的積極性。
三、構建促進企業自主創新稅收政策的思考
（一）明確稅收在企業自主創新中的作用和職責
自主創新作為國家發展戰略，需要調動各方面因素，發揮各自的職能作用。根據財政、稅收各自特點以及現行各項政策的執行情況，企業、財政、稅收在自主創新方面應明確以下職責范圍：對于引進設備與技術、加大研發費用投入等應由企業主導，發揮好市場機制的作用，不宜通過財政支出安排或實施減免稅；對于基礎研究、戰略高技術，共性的關鍵技術以及節能、環保等促進經濟社會可持續發展的公共產品或服務的自主技術創新，應主要通過規范的財政支出予以安排；稅收優惠的作用空間應主要放在激勵和引導方面，政策手段的選擇上盡可能采用加速折舊、費用加計扣除等間接優惠方式，引導企業建立健全自主創新機制等。
（二）改革和完善現行稅制，形成自主創新的制度性稅收激勵機制
1.改革增值稅，體現自主創新稅收優惠
（1）加速增值稅的轉型，實行消費型增值稅。如前所述，我國現行的生產型增值稅限制了高新技術企業固定資產投資的積極性。解決這一問題的根本措施是加速增值稅的轉型。首先擴大增值稅轉型的試點范圍，可以考慮實行地區與行業相結合的辦法，即在東北和中部地區試點的基礎上擴大到高新技術產業；然后待條件成熟時再逐步推廣到其他行業。（2）擴大增值稅征收范圍。現行增值稅并非全面征收，還有大量行業未實行增值稅，其相關費用開支不能取得增值稅專用發票抵扣稅款。要解決科研開發環節的“鏈條”銜接問題，其根本措施是擴大增值稅的征收范圍，實行全面征收。作為過渡措施，可允許對技術轉讓費、研究開發費、新產品試制費和宣傳廣告費，比照運輸費用按7％的扣除率計算進項稅額；對專利權、非專利技術轉讓，按其實際所含的營業稅予以扣除。
2.進一步完善企業所得稅的科技稅收政策
企業所得稅的科技稅收政策在新稅法實施的基礎上，應在以下方面加以完善：（1）稅收優惠對象的重心應從產業鏈下游向上游轉移。在制定促進科技創新的稅收政策時，應重點針對企業科研開發的投入，從目前生產銷售環節向研究開發環節轉移，逐步確立研發環節稅收激勵在整個稅收體系中的核心地位。（2）設立準備金在所得稅前扣除。準許高新技術企業按照銷售或營業收入的一定比例設立規定特定用途的準備金，如風險準備金、技術開發準備金、新產品試制準備金以及虧損準備金等，將這些準備金在所得稅前據實扣除，對逾期不用或挪作他用的，應補繳稅款并加罰滯納金。（3）自主創新稅收優惠應與國家產業政策、國家科技發展計劃保持一致。主要是在保持對高科技產業技術創新給予稅收優惠的同時，應加大對傳統產業技術改造和創新的稅收優惠力度，對符合條件的企業（組織）進行傳統技術改造應享受與高科技產業技術創新相同的優惠政策。
3.改革和完善個人所得稅制，加大對科技人員的稅收優惠力度
我國現行稅法，幾乎沒有針對高科技人才的稅收優惠政策，這就使“以知識為本”、“以人才為本”的高新技術企業在實際企業發展中缺乏必要的人才激勵機制。強化對高科技人才的優惠主要體現在個人所得稅方面，具體可采取以下措施：一是放寬應稅工資的扣除額，提高高科技人才個人所得稅的免征額。二是對高科技人員在技術成果和技術服務方面的收入，可比照稿酬所得，按應納所得稅額減征30%.三是對科研人員從事研究開發取得特殊成績獲得各類獎勵津貼，免征個人所得稅。四是對從事科研開發人員以技術入股而獲得股權收益，定期免征個人所得稅。
（三）實施促進企業自主創新優惠政策立法，提高稅收優惠政策效果
為了解決現行促進企業自主創新稅收優惠的繁雜、零散、混亂等問題，應借鑒許多發達國家的做法，制定出臺一個獨立、集中的稅收優惠特別法，在全國頒布實施。稅收優惠特別法應當對國家和地方稅收優惠權限，范圍和產業支持重點有明確規定。制定稅收優惠特別法的目的在于提高稅收優惠法律的權威性，消除支持提高企業自主創新能力的稅收法律之間的重復和改變當前各地區自行出臺多種低效率的支持提高企業自主創新能力的稅收優惠政策的混亂局面，確保稅收政策內在的規范、統一，體現促進自主技術創新政策的系統性、嚴肅性和穩定性，加大稅收支持提高企業自主創新能力的宏觀調控力度。
