一、我國現行促進企業自主創新的稅收政策存在的問題
從公共財政和新公共管理的角度看，企業自主創新進程中的稅收政策設計仍然存在著兩個方面的缺陷：一是宏觀稅收環境不適宜；二是微觀稅收環境缺乏針對性，致使企業自主創新中稅收政策的有效性差。具體體現在以下幾個方面：
（一）企業自主創新稅收政策環境不適宜
1、企業自主創新主體缺乏
（1）國有企業不是真正意義上的企業，缺乏自主創新的動力
在我國，國有經濟不僅規模依然十分龐大，而且享受著政府的壟斷政策保護，政府與國有企業之間仍然存在著難以割除的“臍帶聯系”，國有企業仍然可以依賴政府的政策保護維持生存，因而，缺乏自主創新的外在壓力。同時由于國有產權的存在，決定了國有企業領導人并不是真正的企業家，而只能是政府官員在企業的存在，其行為目標不是追求創新利潤最大化，而是在職任期利益最大化，包括任期內消費享受最大化及可以迎合政府領導人的意識的任期政績最大化，其行動不是服從市場而是聽命于市長，這就使得國有企業發展嚴重依賴于粗放式規模擴張而不是集約式技術進步，從而使國有企業缺乏自主創新的內在動力。這樣，自主創新稅收政策對國有企業就很難發揮出有效的激勵作用。
（2）民營企業雖然有自主創新、追求創新利潤的強烈內在動力，但是，由于民營企業起步較晚，且一直受到政府來自產業準入、金融信貸、進出口、人才等方面的嚴格限制，使得民營經濟總體實力比較弱小，中小民營企業居多，缺乏自主創新的能力，自主創新稅收政策的激勵效應也難以發揮。
（3）外資企業一直處于各級政府的特別保護中，各級政府一直把引進外資的多少作為重要的績效考核指標，引進外資重數量而不是質量，外資企業享受著遠較內資企業多的政策優惠，使得外資企業不用進行風險大的自主創新，也能夠維持很高的利潤水平，降低了外資企業自主創新的積極性。同時，外資企業技術上普遍為外資方所控制，外資方更愿意把在國外已經成熟的技術拿過來，獲取專利技術使用費，而不愿意在合資企業內進行技術創新而與中方共享創新利潤，這可以從我國汽車產業全面合資經營多年卻難以創立自主品牌中得到最有力證明。這就使得自主創新稅收政策也難以對外資企業發揮激勵效應。
2、為企業自主創新服務的市場發育不成熟
我國市場經濟歷史較短，總體上仍然處于市場發育不成熟階段，為企業自主創新提供服務的市場發育更加不成熟，加大了企業自主創新的難度。包括為企業自主創新提供融資服務的風險資本市場，為企業自主創新提供人力資源服務的人才市場、為企業自主創新提供服務的各種技術創新服務機構、技術評估機構以及技術經紀機構等中介市場總體上還是出于起步階段，難以為企業自主創新活動提供各種專門服務，加大了企業自主創新的交易成本，降低了企業自主創新活動的積極性，抑制了企業自主創新稅收政策的激勵效應。
3、宏觀稅收效率低、政府公共服務環境不盡人意
宏觀稅收效率是政府為全體納稅人提供的公共產品和服務與政府實際消耗的資源的比例。宏觀稅收效率高，則納稅人只需付出較少的代價即可享受到所需的良好的公共產品和服務；宏觀稅收效率低，則是納稅人付出了很大的代價而享受到的公共產品和服務卻很差。改革開放以來，我國宏觀稅收效率雖然有所提高，但是從總體看，宏觀稅收效率還是很低的。一是如下面分析的實際宏觀稅收負擔重，納稅人為享受公共產品和服務付出的代價大，二是政府財政資源利用效率低，政府財政資源配置沒有體現納稅人對公共產品和服務的偏好，“越位”與“缺位”并存，政府公共部門利用財政資源生產公共產品和服務過程中的浪費大，公共產品和服務質量差，納稅人不僅享受不到所需的公共產品和服務，相反，還受到政府公共部門的刁難與壓制。比如對企業應有的產權保護不夠，而對企業管制苛刻。為企業提供公共服務不熱心，而熱衷于對企業進行評比檢查。由于宏觀稅收效率低，企業自主創新中所必需由政府提供的公共產品和服務得不到很好保證，不可避免地阻礙企業自主創新的積極性。
（二）宏觀稅收政策不適宜
1、宏觀稅收政策目標定位不當
改革開放以來，促進經濟快速增長一直是政府的頭等大事，導致我國宏觀稅收政策總體上是以激勵投資規模擴大、促進經濟增長為主要目標，而不是以技術進步為目標，以區域發展而非產業升級為主要目標、以吸收外國資本而不是引進先進技術為主要目標。這樣，不合理的宏觀稅收政策目標定位，使得企業自主創新稅收政策的激勵效應被宏觀稅收政策的抑制效應抵消掉了，極大地降低了企業自主創新稅收政策的激勵效應。
2、實際宏觀稅收負擔重
表面上看來，改革開放至1990年代中期，名義上我國國民經濟整體稅收負擔逐漸下降，稅收占GDP比重1996下降至最低點10%左右，1997年后國民經濟整體稅收負擔逐年回升，至2006年稅收占GDP比重上升至18%左右，與發達市場經濟國家稅收占GDP比重相比，似乎比較低。但是發達市場經濟國家人均GDP在2萬美元以上，而我國人均GDP還不足2千美元，因此相對于我國國民經濟發展水平來看，我國名義上宏觀稅收負擔水平并不是很低。進一步分析，西方發達市場經濟國家由于公共財政收入制度很規范，稅收以外的收費占GDP比重很低，政府財政收入基本就是稅收收入，因此國民經濟整體財政負擔也基本上就是宏觀稅收負擔，而我國財政收入制度不規范，政府從國民經濟中汲取的資源不僅包括稅收收入，而且包括大量的稅外收費，而且費比稅重，從而使得我國實際宏觀稅收負擔大大超出名義宏觀稅收負擔，這樣如果把政府稅外收費計入稅收收入中，以此計算稅費占GDP比重，目前大量研究證明，這一比重在30%以上。這就表明我國實際宏觀稅收負擔水平與發達市場經濟國家相差并不是很多，而我國國民經濟發展水平遠遠低于發達國家，因此相對于我國國民經濟發展水平來說，我國實際宏觀稅收負擔太高。由于實際宏觀稅收負擔重，企業的實際稅收負擔也不可能很輕，這就會制約企業自主創新能力。
3、稅收法治環境差
我國稅收立法層次總體上不高，稅收制度除了《征管法》、《個人所得稅法》、和《外商投資企業所得稅法》由人大立法外，其他稅種都是國務院制定的暫行條例，因此從根本上看，我國缺乏一種嚴肅的稅收法治環境。政府過度依賴相機抉擇的稅收政策的調節，而不是著力于穩定的稅收制度的內在自動調節。從企業自主創新稅收政策來看，在人大的法律、國務院的法規中規定的較少，主要的稅收激勵政策都是財政部、國家稅務總局制定的具體規定在起作用，這就導致企業自主創新過度依賴于稅收政策的相機調節，使企業自主創新的稅收政策穩定性、連續性差，不能為企業自主創新提供一種穩定的政策環境的預期，加大了企業自主創新的政策風險。此外，在一些地方稅收行政執法環境受到沖擊，包括完成上級稅務機關下達的稅收收入任務的沖擊和同級政府領導意識的沖擊，使得自主創新的稅收政策難以有效實施。
（三）自主創新稅收政策自身設計不合理，稅收政策缺乏針對性，政策效果差
企業自主創新的基本特征是投資風險大，因此稅收政策的著力點應該在于降低企業自主創新投資風險，而不是在對企業所得稅的減免。通俗地說企業自主創新稅收政策應該是“雪中送炭”而非“錦上添花”，而從我國促進企業自主創新的稅收政策來看，著力于“雪中送炭”即著力于降低企業自主創新投資風險的稅收政策措施不足，而“錦上添花”即對企業所得稅的減免政策則較多，從而稅收政策的效果大打折扣。實際上按照公共財政的基本要求，如果企業自主創新投資開發成功，有盈利，依法繳納所得稅正是稅收公平的要求，也是企業的應盡職責，相反企業自主創新投資開發失敗，則投資損失政府應與企業共擔，政府應從企業已納稅收中返還一部分，以承擔企業自主創新投資開發失敗的部分損失。總體看來，現行針對企業自主創新的微觀稅收激勵政策措施缺陷體現在下面幾個方面：
1、稅收政策的制度性缺陷，減弱了政策優惠的力度。包括生產型增值稅對高科技企業發展的抑制作用，內外有別的企業所得稅對國內企業創新活動的長期壓制等。
2、稅收激勵政策沒有從科技創新的特點出發形成健全的政策體系，稅收激勵政策缺乏系統性、導向性、前瞻性。現行稅收激勵政策是1993年來，國家稅務總局十幾次發文件形成的。這樣散亂的稅收激勵政策難以發揮政策的協同效果，難以起到長期的激勵效應。每一項稅收激勵政策都是針對單一環節、單一問題、單一取向而獨立存在的，并沒有從科技創新活動所要經歷的運行機制形成環環相扣、相互銜接的激勵機制。每一個單向政策很好，但是，單兵作戰，成效就很低，甚至在激勵創新的同時，又產生了對自身效力的抑制作用。
3、稅收激勵政策沒有從各個稅種之間的內在聯系和稅收優惠形式特點形成科學的激勵機制。由于現行國家稅務局按稅種分設不同的政策管理機構，分別管理不同稅種的稅收政策，導致不同稅種中的稅收激勵政策各自為政，缺乏內在有機協調，一個稅種少征，往往是另一個稅種多征，各稅種之間政策效力相互抵消。
4、臨時性、針對性、限制性、特惠性的稅收激勵政策多，制度性、全面性、開放性、普惠性的稅收激勵政策少。現行稅收激勵政策多為針對科技發展中的具體情況而出臺的解決個案問題，指向特定企業措施，而且許多稅收激勵政策都附加限制性條件，且標準不一，重視身份特征，忽視內在屬性，不能使所有的科技項目，所有的創新活動普遍得到扶持，也沒有形成長期有效的制度化規定，往往是一時有效，長期則作用弱化，激勵不足。
5、稅收激勵政策設置身份限制。技術是經濟總量參數，不涉及經濟結構調整，政策范圍應涵蓋所有企業。技術作為生產要素，對所有的企業而言，其取得成本應該相同，而因企業身份不同而異的稅收政策，客觀上扭曲了技術進步的發生成本。我國目前的技術進步稅收激勵政策只有國產設備投資抵免少數的政策對企業自身條件沒有更多的要求，其他條款則依據企業經濟性質、組織形式、盈利狀況、行業歸屬設立了諸多限制，具體來說側重于國有企業和民營企業、中小企業和新辦企業、盈利性企業和高新技術產業開發區內的企業。比如研究開發費用從應納稅所得額中的扣除，是自2003年才從國有、集體企業擴展到不分經濟性質的所有企業。稅率降低和稅額減免多集中在高新技術企業和新辦企業，稅收抵免和扣除多要求企業當年盈利，并且抵免余額不能向以后年度結轉。這種針對企業主體資格而不是技術先進性和適用性出發的稅收政策是不合理的。導致的結果是，得到優惠的企業技術未必先進，引進先進技術的企業和急需技術改造的虧損企業因主體身份的不符合被排除在政策之外，抑制了企業自主創新活動。
6、稅收激勵政策環節選擇不當。我國稅收對企業技術進步的重點放在技術成果的使用。比如對高科技企業的優惠，是在認定企業的資格后，對已有技術進行優惠。對高新技術企業利潤的減免，是在企業技術開發成功、取得銷售收入后優惠。而對那些技術落后急需進行改造和正在研究開發的項目支持不夠。對風險投資缺乏激勵，使得企業成長時期技術創新過程得不到風險投資資本的支持，不利于分散企業技術開發風險，加大了企業自主創新的難度，阻礙了創新企業的成長，降低了現有企業自主創新的積極性。
7、稅收激勵政策方式運用不當。
（1）優惠對象不科學。現行的稅收優惠主要是對單位（如高新技術企業、科研院所）、科研成果，而不是針對具體的科技研究開發活動及其項目。只是對已形成科技實力的高新技術企業以及已享有科研成果的技術性收入實行優惠，而對技術落后、急需進行技術更新的企業以及正在進行科技開發的活動缺少鼓勵措施。同時，促使企業只關心科技成果的應用，而不注重對科技開發的投入。
（2）優惠方式單調。對科技的稅收優惠限于稅率優惠和稅額的定期減免，沒有采取像國外已普遍使用的加速折舊、投資抵免、技術開發基金等方面的措施。在我國企業所得稅法和企業財務制度中，雖也規定企業可以申請實行加速折舊，但有較多限制，且并不直接針對技術進步方面的設備。
（3）優惠效果欠佳。新辦的高科技企業生產產品要經過研究開發、試制、改進、生產等多個環節，周期長，投產的前兩年內利潤很少，甚至虧損。從投產年度開始兩年內免征所得稅沒有實際意義，有違利用優惠政策扶植高科技企業發展的初衷。
（4）不同時期批準成立的高新技術開發區稅收優惠政策有所不同，造成政策性差異。對開發區內的企業只規定減稅開始日期，不規定減稅停止日期，將會形成保護落后、限制進步的負作用。
8、稅收激勵政策監管較弱，缺乏跟蹤問效機制。
目前，稅務部門在對享受優惠政策的企業審批時，對企業經營年限和投資額度的限制不夠明確，使得一批企業鉆政策的空子，以獲得免稅或低稅的待遇。這種審批不僅帶來了國家稅收的流失，而且形成了大量的投資規模偏小的簡單加工和勞動密集型企業。從企業數量上看高新技術企業數量在不斷增加，然而企業高新技術含量不高，質量很低，這種所謂的高新技術企業不但不能為經濟發展做出貢獻，反而加大了資本的投機性，制約了經濟的良好發展。優惠政策制定的合理是加速高新技術企業發展的根本，而優惠資金使用是發展高新技術產業的關鍵。我國稅收政策實踐中多年來存在的一個較為突出的問題是，對實施前的稅收政策的研究和制定比較重視，而對實施后的稅收政策的跟蹤管理、效益評價、目標考核等管理和研究工作卻較為忽視，技術進步稅收激勵政策也不例外。從管理的角度來看，目前對技術進步優惠政策的管理還主要停留在對優惠對象是否符合優惠條件的審核這一環節，對受惠對象在受惠后的目標考核等環節的管理較弱。企業享受的減免稅款的使用和監督管理沒有跟上，導致一些企業使用上的隨意性，沒有將有限的資金投到技術進步和技術創新方面，而是被用于個人分配，參與了集體福利支出，失去了優惠政策的真正意義。
9、稅收管理思想和方法不適應高科技企業發展
高科技企業人員素質高，管理比較先進和規范，發展潛力大，有意偷逃稅的現象少，用管理一般企業的思想和方法來管理高科技企業，在制定稅收政策時忽略高科技企業的特殊性，在具體稅收征管中不考慮企業實際情況，生搬硬套文件規定，也在一定程度上阻礙了高新技術產業的發展。
（1）一般納稅人認定標準“一刀切”。工業企業要獲得一般納稅人資格，其年銷售額需達到100萬元以上，一部分高科技企業因產品開發周期長，在其試制或小批量生產階段就達不到一般納稅人標準，無法取得和使用專用發票，不能直接與一般納稅人企業交易，到稅務機關按17%代開專用發票，需承擔占銷售收入20%多的稅負（代開時按17%繳稅，不準抵減應交增值稅），嚴重阻礙了中、小型高科技企業的發展。
（2）申報納稅的審核過于繁瑣。對“三表兩帳”申報時稅務人員逐張審核抵扣憑證，憑“已申報抵扣”章抵扣，沒有給企業一個自行申報的空間，稽查發現抵扣憑證存在問題，也難以分清責任，不僅加大了稅收征管工作的難度，而且讓企業沒有自覺申報納稅的責任感，不利于培養和強化企業的納稅意識。
（3）檢查過于頻繁，稽查、征管、發票、法規等部門多頭進駐，重復檢查，影響了企業的生產經營。
以我國出口退稅為例，企業在辦理出口退稅時必須提供“兩票兩單”。即：購進出口貨物的增值稅專用發票或普通發票、出口貨物銷售發票、蓋有海關驗訖章的出口貨物報關單和出口收匯核銷單。由于各有關部門為防止騙稅，都要對出口退稅單證的合法性、真實性、準確性和關聯性進行審核，而各部門之間在出口退稅管理工作中又表現出“各自為戰”的半封閉狀態，因此很難把好出口退稅“關”。一方面很難杜絕出口騙稅，另一方面又很難提高出口退稅的時效。
二、公共財政下促進企業自主創新的稅收政策選擇
（一）從根本上著力于營造企業自主創新稅收政策環境
1、轉變政府觀念
（1）轉變經濟發展思路，根除急功近利為增長而增長的短期行為。切實按照中央要求把企業自主創新作為促進經濟增長的關鍵來抓，走新型工業化道路，摒棄簡單的投資規模擴大的粗放式經濟增長模式，牢固樹立依靠技術進步的集約式經濟增長模式。
（2）堅決克服以市場換技術，以合資方式引進技術作為技術進步的思想。真正的先進技術是不可能引進來的，不僅外國政府不容允許，即使是外國企業也不會把自己真正的先進技術拿來與你合資的。要拋棄盲目數量型引進外資，引進外資愈多愈好的觀念，著力于從技術先進上引進外資，必須走自主創新的道路才能實現從制造業大國、大省向制造業強國、強省轉變，才能改變技術上受制于人造成的億萬國人替外國“打工”僅賺得微薄的加工費還經常遭到“反傾銷調查”的局面。
（3）要有自主創新的的緊迫感，克服坐等企業自主創新，以為企業自主創新投入大，風險大，現在沒有實力進行自主創新，要等到未來經濟實力更加強大了再來搞自主創新的消極思想。自主創新是全方位的，經濟發展水平高時可以搞，經濟發展水平較低時同樣可以搞。大企業可以搞，小企業也可以搞，而且很多企業都是依靠自主創新從小企業成長為大企業的，60%的專利技術也是由小企業創造的。
（4）樹立只有民營經濟才是自主創新的真正主體，才有自主創新的永恒動力的思想，把民營經濟作為自主創新的真正主體來培養。改革開放近30年的經濟增長奇跡可以說是民營經濟創造的。而且如果沒有政府政策管制，沒有民營經濟不能從事的經濟活動。因此，要拋棄政府主導經濟增長、國有經濟控制國民經濟命脈的思想，樹立市場主導經濟增長、民營經濟是國民經濟支柱的思想。
2、著力于營造適宜的宏觀稅收政策環境
（1）要確定一個合理的宏觀稅收負擔水平，使國民經濟整體稅收負擔水平與國民經濟發展水平相適宜，不超過國民經濟發展的承受能力。目前我國17%左右的名義宏觀稅收負擔水平與國民經濟發展水平是基本相適應的，但是超過30%的實際宏觀稅收負擔水平則遠遠超出了國民經濟發展的承受能力。因此必須深化公共財政收入制度改革，根除企業不合理的稅外負擔，使名義宏觀稅收負擔水平與實際宏觀稅收負擔水平一致，把實際宏觀稅收負擔水平降至20%左右，從而把更多的資源留給企業，從根本上降低企業負擔。為此，必須根據“以支定收”的公共財政理論思想，結合我國國民經濟發展水平，以人大立法的形式將我國實際宏觀稅收負擔水平確定在20%左右的水平，以此作為各個具體稅種稅負確定的依據，各個具體稅種稅負之和不得超過宏觀稅收負擔水平20%的控制線。必須深化財政收入制度改革，建立以稅收收入為主的公共財政收入制度。人大要制定政府《公共收入基本法》，以法律的形式徹底取消政府部門以公共權力收費的制度安排，將政府財政收入征收權集中到政府財稅部門，一些少量的行政經費的征收必須經過各級人大審議批準，從而使名義宏觀稅收負擔水平與實際宏觀稅收負擔水平一致，徹底根除政府各部門稅外收費加重企業負擔的現象，為企業創造一個透明、規范的稅收負擔環境。
（2）取消現行“基數加增長”的預算資金分配方式，實行績效預算制度。根據政府各部門的績效來配置預算資金，實現財政資源在政府部門間的合理配置，確保財政資源能夠按社會公眾對公共產品與服務的偏好進行配置，消除現行政府職責中存在的“越位”與“缺位”，實現政府職責的合理歸位。根據績效預算的內在要求，強化政府公共部門生產公共產品與服務過程的績效考評，只有符合績效標準的政府部門才能得到預算撥款，達不到績效標準的政府部門則得不到預算撥款，確保以最低資源消耗，生產出符合社會公眾要求的公共產品與服務，從而迫使政府部門提供更好的公共服務，為市場機制有效運行創造良好的公共產品與服務環境。
（3）放松政府管制，強化政府公共服務。在市場經濟體制下，必要的政府管制是不可少的，但過多過亂的政府管制必然扼殺企業自主創新活力，特別是對高科技企業來說，政府過多的管制，對企業創新行為的危害更大。因此必須轉變政府公共治理思路，強化政府公共服務職責，盡可能減少對市場經濟活動不必要的干預。要通過立法規定，凡是法律沒有明確禁止的活動都是可以自由進行的經濟活動，企業可以根據自身情況決定從事什么樣的經濟活動，而不需政府審批、許可，只需到政府備案、登記就行了，由于民營經濟是我國創新活力最強的部門，因此特別是要徹底取消對民營經濟的過多過亂的管制，為民營經濟創新活動創造自由的政策環境。
（4）政府公共支出政策措施與企業自主創新的具體稅收激勵政策措施有機結合。政府公共支出中用于支持企業自主創新的資金應公平合理競爭，而不能政府部門指定安排給國有企業。全面落實《政府采購法》，按照政府采購法的要求，政府采購項目應優先在國內招標，政府采購支出中應優先采購國內企業自主創新的產品而不能盲目崇洋媚外隨意從國外進口。對盲目進口外國產品，財政預算中不予安排資金。對用預算資金隨意進口外國產品的，財政部門應追回預算資金，停止對該采購項目的資金支付。政府成立的風險投資基金應主要面向民營企業提供風險投資，而不是只向國有企業提供風險投資。
（5）重新定位稅收政策目標。稅收政策目標應定位在激勵所有企業自主創新、走內涵式集約型經濟增長道路上來，摒棄著眼于區域優先發展、吸引外資、大規模投資的稅收政策目標。取消已經過時的特區及開發區稅收優惠政策、吸引外資的稅收優惠政策及一般企業新投資的稅收優惠政策，迫使所有企業都只能走自主創新之路才能享受稅收優惠政策，才能取得超額利潤。
（6）切實推進依法治稅進程，強化稅收立法，提高稅收立法層次，增強自主創新稅收政策的穩定性與連續性。一是將目前多數由國務院頒布的稅收暫行條例提交全國人民代表大會立法，以法律的形式頒布出來，營造依法治稅的基礎平臺。二是將目前國務院、科技部、財政部、稅務總局等部門頒布的有關自主創新的財政、稅收、金融、進出口等政策文件進行系統梳理，廣泛調研，深入研究，全面評估的基礎上形成企業自主創新的公共政策激勵法草案，提交全國人民代表大會立法，全國人大通過后頒布實施，形成《企業自主創新的公共政策激勵法》。通過立法，根除政府各部門在企業自主創新政策上的各自為政，減少政府各部門利用政策多變尋租的空間，降低企業自主創新政策的交易成本，既增強企業自主創新公共激勵政策的穩定性與連續性，又可以形成公共政策的合力，提高企業自主創新公共激勵政策的激勵效果。
3、營造企業自主創新的微觀稅收政策環境
（1）營造自主創新的企業主體
一是把國有企業塑造成自主創新的企業主體。由于相對于民營企業而言，國有企業總體上缺乏自主創新的動力。為此必須繼續大力推進國有經濟戰略性改組，加快國有經濟退出不需要政策壟斷的行業，為民營經濟發展提供新空間。對必需繼續保留的政策性壟斷行業的國有企業，要推進市場化方向的改革。按照現代規范的公司治理制度的要求，完善國有企業的治理結構，嚴格界定政府與企業的關系，切斷政府與企業的臍帶聯系，使國有企業真正走向市場化運作，國有企業領導人要成為真正的企業職業經理人，而不再是政府官員的延伸，對其經營行為真正承擔起經濟責任，經營效果好，可以獲取更多個人收入，而不是調任提拔到政府做官，經營效果差，就要被企業職業經理市場淘汰。從而，把國有企業領導人塑造成真正的企業家，把必須保留的國有企業塑造成自主創新的企業主體，使國有企業依靠自主創新謀求生存與發展。二是把民營企業塑造成自主創新的企業主體。強化對自主創新產權的保護，堅決嚴厲打擊侵犯知識產權的行為。嚴厲打擊商業賄賂等不正當競爭行為。強化環境保護、勞動保護、社會保障等方面的國家法律、政府政策法規在民營企業的執行，有效根除部分民營企業依靠不履行國家法律、政府政策法規規定的法定責任來謀生存現象。迫使所有民營企業都只能依靠自主創新而不是非法經營來謀發展。
（2）推進為企業自主創新提供專門服務的市場體系建設。
一是加快建設為企業自主創新提供融資服務的風險資本市場，激勵風險投資基金公司的發展，建立為中小科技企業上市融資的證券市場。二是加快建設為企業自主創新提供人力資源服務的人才市場、為企業自主創新提供服務的各種技術創新服務機構、技術評估機構以及技術經紀機構等中介市場，為企業自主創新提供高效率的市場服務平臺。
（二）有效改進企業自主創新的具體稅收激勵政策
1、公平企業自主創新的稅收激勵政策
統一內外資企業稅制、取消企業自主創新稅收激勵政策的身份限制、行業限制、大小限制、區域限制，實行無論外資還是企業、無論國有還是民營企業、無論傳統產業還是新興產業、無論大企業還是小企業、無論特區、開發區還是一般地區，只要是自主創新活動，都可以平等享受企業自主創新稅收激勵政策。
2、優化稅收激勵政策手段
將自主創新稅收優惠政策從直接優惠方式轉向間接的稅收優惠方式，從減低稅率轉向采用加速折舊、研究發展費用稅前列支等稅基減免方式，從主要對創新成果的優惠轉向主要對創新過程的優惠，從而，企業只要是進行了自主創新投入，無論創新是成功還是失敗，其自主創新投入行為就可以得到稅收政策激勵，形成政府與企業共同承擔創新風險的格局，使企業切實感受到加大自主創新投入的稅收優惠，激勵企業加大自主創新投入。
3、完善企業自主創新的具體稅收激勵政策
針對企業自主創新的微觀稅收激勵政策措施必須著力于投資過程的激勵，通過投資過程稅收激勵政策，實現政府與企業共擔投資風險，可從企業自主創新設備購進、企業自主創新產品開發、專業技術購買、企業自主創新人才的引進與培訓等方面的稅收政策著手改進。
（1）用稅收優惠鼓勵科技投入
科技投入尤其是企業科技投入不足已成為影響我國企業自主創新的重要因素。除受財力限制外，企業自主創新投入高、風險大、預期收益率低是企業自主創新投入不足的主要原因。此外，缺乏風險投資也是一條重要原因。
一是運用稅收優惠鼓勵企業加大科技投入、降低開發風險，提高收益率。借鑒發達國家經驗，針對我國的實際情況，可實行以下優惠措施：實行“科技開發準備金”制度。允許相關企業按一定比例提取科技開發準備金，用于技術開發、技術培訓、技術革新和引進研究設施等；對企業的R&D費用準予當年稅前列支，對比上年新增的R&D費用給予一定的稅額扣除；允許科技虧損企業結轉，可規定一定期限的向前結轉和向后結轉；科技投資稅收抵免優惠政策。
二是運用稅收優惠鼓勵科技風險投資。風險投資介入科技開發主要取決于成本、風險、預期收益率，同樣可運用R&D費用稅前扣除等優惠方式降低成本，提高風險資本的收益，鼓勵風險投資的介入。其次，國家可允許企業在完成相應的稅收收入的前提下，提取一定比例的增長額創建科技風險投資基金，用于企業的科技研究與開發。
（3）運用稅收優惠扶持企業科研開發活動
一是扶持企業的基礎性研究開發。主要采取事前扶持的辦法，除對R&D費用的優惠政策外，可采取對中試產品免稅、加速設備折舊等措施。
二是扶持企業的應用性開發研究。主要以事后鼓勵為主，體現在對收益的優惠上，稅種上以所得稅優惠為主。
（4）開征低技術污染稅。一是取消企業現行過多過亂的一般稅收優惠政策，企業稅收優惠政策以激勵企業自主創新為主，對長期存在的與自主創新無關的稅收優惠政策堅決廢除；二是對使用低技術，導致廢水、廢氣、廢渣排放過多，消耗能源和不可再生資源過多，超過了同行業平均水平的企業開征低技術污染稅，加大企業使用低技術的成本，迫使企業不斷創新，提高技術水平。
2、運用稅收優惠鼓勵科研成果轉化
（1）對科研成果擁有者轉讓科研成果給予所得稅等方面的優惠。具體地說，一是對“四技”即技術轉讓及與技術轉讓有關的技術咨詢、技術服務、技術培訓收入免征營業稅和企業所得稅，對個人轉讓技術取得的收入給予個人所得稅優惠。
（2）對科研成果的購買者給予稅收優惠。對購買科研成果的費用允許增值稅抵扣，對應用購買的科研成果取得的收益給予所得稅優惠。
3、運用稅收優惠鼓勵高新技術產業的發展
（1）注重公平原則。服從國家產業政策，不分地區、資金來源，只要是高新技術企業，即可享受相應的稅收優惠。（2）對高新技術企業實施全方位稅收優惠：減免高新技術產品增值稅、給予出口退稅、所得稅優惠、從業人員的個人所得稅優惠、進口先進機器設備免征關稅和增值稅。
（3）注重對高新技術企業的認定和管理。由相應的認定機構隔一定時限對高新技術企業進行認定，符合條件者保留優惠政策并給予相應的引導。
4、運用稅收優惠鼓勵企業高新技術改造和科技創新
鼓勵企業的技術進步，一方面是對高新技術企業的鼓勵，另一方面是對企業更新改造原有技術、實施技術創新和技術升級的鼓勵。采取的稅收優惠政策可以包括：技術改造投入的稅前扣除、稅額抵免；對先進設備的進口給予減免進口環節關稅和增值稅優惠；加速先進設備的折舊；對新產品的銷售降低銷售環節的稅收；對企業引進先進技術支付的技術轉讓費給予稅收優惠；對向企業轉讓先進技術、提供技術服務者，不分國別，給予一定的個人所得稅優惠。
5、運用稅收優惠鼓勵企業自主創新人才的引進與培訓。一是在個人所得稅制中規定納稅人本人及家庭成員支付的教育學費、進修培訓等教育費用允許作為可扣除費用在個人所得稅前全額列支。二是對企業引進自主創新人才的支出允許企業所得稅前全額列支，對企業職工教育培訓支出允許企業所得稅前全額列支。三是對企業研發人員工資允許企業所得稅前全額列支。
6、運用稅收優惠鼓勵中小民營企業的創新活動
中小民營企業經營機制靈活，對高新技術的吸納與應用比較主動、快捷。扶持中小民營企業的發展已成為稅收優惠政策的重要目標，世界上許多國家制定了相應的稅收優惠政策，扶持中小企業的創辦、鼓勵其發展，對我們制定自己的政策有諸多借鑒之處。
（1）運用稅收優惠鼓勵創辦中小民營企業。創辦初期，中小民營企業實力較弱，通過相應年限的減免稅、投資抵免等稅收優惠措施對其進行扶持，隨著企業的發展壯大逐步減少優惠。
（2）運用稅收優惠鼓勵中小民營企業技術創新。通過對R&D費用抵免、先進設備的加速折舊、技術轉讓收入的所得稅優惠等鼓勵企業技術創新。
（3）運用稅收優惠鼓勵對中小民營企業投資。通過制定投資抵免、虧損、結轉、減免所得稅等措施，降低成本和風險，增加收益，鼓勵對中小民營企業投資。
（1）放寬中小民營高科技企業增值稅一般納稅人的認定標準，只要是被認定為高科技企業，無論規模大小，都可以認定為增值稅一般納稅人。
（2）消除中小民營高科技企業創業者的雙重征稅。中小民營高科技企業一般是個人獨資企業或者是合伙企業，對中小民營高科技企業征收企業所得稅后，對創業者又征收個人所得稅，導致了中小民營高科技企業創業者的雙重征稅。因此，可以允許中小民營高科技企業繳納的企業所得稅抵扣創業者繳納的個人所得稅。
（3）對中小民營高科技企業給予更好的所得稅優惠政策。一是允許中小民營高科技企業科技人才的工資福利可以全部計入企業人工成本；二是允許中小民營高科技企業自主開發無形資產及購買無形資產的費用一次性計入企業管理費用；三是允許中小民營高科技企業適用10%的企業所得稅稅率。
7、強化企業自主創新稅收政策的管理，提高企業自主創新稅收政策的執行效果。
（1）要強化中央政策的權威，規范地方政府稅收管理權力，嚴禁以創造投資環境為名出臺土政策、土法規，造成地區之間、企業之間的政策性差異；稅務機關應牢固樹立服務企業的意識，簡化征管程序，改進征管制度，提高征管技術水平，盡可能為納稅人提供納稅便利，切實降低企業納稅成本。推進“陽光稅務”工程，所有的稅收法律制度、稅收政策、稅收征管規程都一律通過政府稅務網公開，切實提高稅務執法的透明度，強化對稅務執法人員的制約和監督，防止因稅務部門與企業親疏而影響納稅多少，造成管理上的差異。
（2）建立企業自主創新稅收政策執行情況的績效評價制度，強化企業自主創新稅收政策執行情況的監管。稅務部門要對企業享受自主創新稅收政策的執行情況進行追蹤問效，以提高自主創新稅收政策的執行效果。對認真執行自主創新稅收政策，執行效果顯著的企業要進一步加大稅收政策激勵；而對稅收激勵政策只是作為避稅途徑而不是真正作為提高自主創新能力導致自主創新稅收政策執行效果差的企業要取消其繼續享受自主創新稅收政策的資格，并追繳以前年度享受自主創新稅收政策而少納的稅款。
