正確處理單位財務管理與會計核算的關系
現階段會計集中核算工作依據的是“財務管理”與“會計核算、監督”相分離的原則，但“分離”不能造成“脫節”。實施會計集中核算后，會計核算中心行使的只是日常會計核算和監督職能，單位財務會計人員原有的籌集資金，正確執行經財政部門批準的經費預算和財務計劃，管理本單位的財產物資，制定本單位具體財務管理辦法；參與單位業務活動計劃制定，當好領導的參謀和助手等職能不變。從客觀上講，實行會計集中核算后，注銷了單位的銀行賬戶，會計核算和監督的職能從原單位分離出來交由會計核算中心異地統一行使，容易造成財務管理與會計核算、監督的脫節。為防止兩者脫節，在目前會計核算中心職能未做大的情況下，要求單位財務人員在單位負責人領導下，除做好本單位的報賬工作外，還要繼續搞好經費預算管理、固定資產管理，做好財務收支活動的分析、總結；根據會計信息為領導提供決策依據等財務管理工作。同時核算中心要注重同試點單位的聯系，加強對賬與盤點工作，切實做到賬賬相符、賬實相符。并且隨著部門預算、國庫集中支付等項財政改革政策的出臺，試點單位財務管理工作更需進一步加強。從這種意義上講，實施會計集中核算后，試點單位財務人員肩上的擔子不是輕了而是更重了。有些部門和人員誤認為會計集中核算后單位財務工作全部交到核算中心了，財務人員沒有用武之地了，這種認識是不正確的。否則，將導致試點單位財務人員銳減、財務職能弱化的現象。如不及時予以糾正，將不利于單位加強經費管理，不利于各部門工作的正常開展，不利于保證國有資產的安全完整。
正確處理監督和服務的關系
實行會計集中核算后，財政監督的職能發展到了一個新階段。首先，使單位內部會計監督轉變為剛性較強的外部監督。會計集中核算后，雖然在資金的使用上各單位責權不變，但失去了直接控制和使用資金的權利，所有業務開支須在會計核算中心核報，一切業務置于核算中心的監控之下，束縛了一些人的手腳，給鋪張浪費等腐敗現象亮了紅燈。其次，會計集中核算實現了財政部門對財政資金支出的全程監督。實行會計集中核算后，會計核算中心可以通過對試點單位全部經濟活動中每筆具體會計收支事項合規性的核報，實現對單位開支標準、部門預算、收支兩條線等多種財政政策執行情況的監督，從而達到對單位財務管理全過程的監控。
會計集中核算使會計監督的職能在深度和廣度上發展到一個新的水平，有利于從源頭上遏制財政資金擠占、挪用、截留、浪費等違紀違法現象的發生。但會計核算中心的根本宗旨是為試點單位提供優質高效的服務。為把這個根本宗旨落到實處，一是在實際工作中要始終堅持全心全意為試點單位服務，寓監督于服務之中，在服務上狠下功夫。二是要努力提高工作人員的業務素質。三是要保證資金運行安全完整。四是要采取“走出去、請進來”的方法，廣泛認真聽取試點單位領導及工作人員對中心工作的意見和建議，不斷改進工作，進一步提高工作水平和質量。
正確處理現行開支標準與實際支出的關系
在會計集中核算實踐中，比較突出的矛盾之一是現行行政事業單位開支標準與具體繁雜的實際支出有較大差距，如何把握好既堅持規章制度，以達到節約經費，提高資金使用效益的目的，又實事求是地處理好實際開支的報銷問題，以保證試點單位正常業務活動的開展，這是對中心工作人員業務素質和職業判斷能力的嚴峻考驗。一方面，作為實踐產物的制度和標準總是滯后于實踐本身的發展，如果對超出標準的開支一律不予報銷，則有可能影響各部門、各單位行政任務的完成和各項事業的發展；另一方面，沒有規矩不成方圓，統一財務制度開支標準是行政事業財務工作中正確處理事、人、錢、物四者之間關系的主要依據和標準。如果對超出規定的開支只要單位審核后就一律報銷，這不僅違背了財務制度，放棄了會計監督，而且還可能助長不正之風和腐敗現象，最終也不利于各部門、各單位行政任務的完成和各項事業的發展。因此，處理好執行制度與實際支出的關系尤為重要。
關于會計核算中心的職能定位和發展趨勢
1.會計集中核算有利于部門預算改革的執行。
部門預算改革的主要內容是：制定科學合理、符合實際的定員定額標準，改進和完善預算支出科目體系，細化預算編制。預算單位所有的收支都嚴格按規定標準和相應的科目列入預算，實行預算內外資金統管。預算一經審核批準，財政部門和預算單位都要嚴格遵照執行；財政部門對各部門實行從預算編制、預算下達、資金撥付到資金使用的全過程監督管理，并注重追蹤問效。實行部門預算，各預算單位則必須建立集中統一的財務管理體制，將原來分散的、多頭管理的資金統一集中編制一本預算，統籌規劃，統一安排。在行政事業單位實行會計集中核算制度，建立集中、統一、高效的會計核算體制，雖然各預算單位的財務自主權、資金使用權和領導簽字權不改變，但其原先多頭開設的賬戶被取消，所有資金將納入由會計集中核算中心統一開設的賬戶，所有開支在單位審核的基礎上再經會計核算中心審核入賬，從而保證了各預算單位開支符合財務會計制度和部門預算，有多少錢辦多少事，專款專用，防止資金相互擠占、挪用。
2.會計集中核算符合財政國庫管理制度改革方向。
國庫集中收付制度包括預算收入集中入庫和預算資金集中支付兩方面。實行會計集中核算，統一開設賬戶，相應設置總會計、資金會計、統管會計等會計崗位，負責各單位現金、轉賬、匯兌等資金結算和經費撥入、支出、往來款項的收付等業務。專項業務支出按照限額審批程序審批后，集中在核算中心支付。日常零星開支建立備用金制度，各單位憑發票到核算中心報銷。通過實行會計集中核算，能夠全方位、全過程掌握和監督各單位每筆資金的流向、流速、流量，從根本上杜絕在預算執行中的克扣、截留、挪用等現象，從而逐步建立起“統一收付、統一核算、統一管理”和“單一賬戶”的國庫集中收付制度形式。
另外，會計集中核算亦是國庫集中收付制度的有效補充。這是因為：（1）國庫集中收付制度解決了預算資金收付環節的控制問題，可以從源頭上控制預算資金的使用方向。但是如何保證對使用財政性資金數額較大的單位和項目，真實、準確地了解其資金需求，參與預算編制的全過程，以及對財政資金到位后的日常管理和監控問題，僅依靠國庫集中收付制度還不能完全解決。通過會計集中核算，一是可以使財政監管深入到預算編制的各環節，具體參與和了解預算編制及用款情況，從根本上提高預算的科學性和準確性。二是實行會計集中核算可以加強對預算單位日常的財務管理，提高財政資金的使用效率。（2）國庫集中收付制度改革是一項復雜的系統工程，涉及到財政管理體制，同時還需要建立一套先進的財政收付信息系統和銀行支付制度，會計集中核算先進的計算機網絡系統，以及與銀行在同一大廳辦公的優勢為國庫集中收付制度的建立奠定了堅實基礎。.改革目前會計集中核算的模式和方法，適時實現轉軌。
為適應上述三大職能的需要，現行會計集中核算的模式和方法急需改革。首先，應開設核算中心總賬戶及試點單位的零余額賬戶，以適應國庫集中收付的需要，實現財政資金的統一調度和管理之目的。其次，是逐步實現具體日常會計核算向財政監督、財政宏觀調控轉軌。會計核算中心目前行使日常會計核算和監督的職能，會計核算中心依法對試點單位的負責人負責，承擔著賬務處理、會計檔案的保管、向社會和管理部門提供會計信息的任務。從實際運行情況看，會計核算中心整天忙碌在報賬記賬的具體事務中，監督管理的職能尚未得到充分發揮，背離了當初成立核算中心的初衷；單位會計檔案的大量集中存放，帶來了大量的管理問題，既不利于審計部門審計，也不利于調動單位籌集資金的積極性，同時也把核算中心擺在了矛盾的旋渦中。為盡快擺脫這種被動局面，合計核算中心應由辦理具體日常會計核算業務向會計審核和監督轉軌。即各單位將每筆經濟業務的原始單據拿到會計核算中心審核，核算中心認為開支合理合法，即加蓋審核專用印章，并從統一賬戶辦理支付手續，單據由單位拿回記賬。對單位會計核算業務的監管，核算中心可憑借先進的計算機網絡系統隨時了解各單位賬務處理的合規性。再次，是建立更加完善的核算中心網絡系統。這個系統除了滿足各試點單位的日常會計核算、財務管理需要外，同時可滿足會計核算中心的遠程預算指標控制、遠程查賬、國庫集中收付的需要。
