以往多年的發展路徑表明，產業引導基金若想取得預期效果，還有很長路的要走。目前我國引導目標實現較好的產業引導基金多集中于發達地區，優質項目多、產業投資市場相對完善為其成功提供了條件。但二、三線城市產業投資市場尚未建立，運用好產業引導基金就更具有挑戰性，需要提前做好功課，對設立、運作到投后管理等各個階段的關鍵問題都要有較好的把握。
一、產業基金的設立
1.根據本地的產業基礎和經濟結構特點，選擇符合地方發展的產業方向進行扶持。政府引導與市場需求是產業引導基金發展的基礎。不考慮本地特點，盲目跟從熱點產業投資會導致基金管理公司在實際操作過程中選擇“不婚”甚至“假婚”，使引導基金的引導作用被架空。
2.產業引導基金的設立應圍繞企業生命周期介入“五個節點”。在企業初創階段實施天使投資，解決企業初創期“貧血”問題；在成長階段實施創業投資，幫助企業引入新興產業或擴大再生產；在成熟階段實施技改投資，幫助企業提高生產效率；在企業出現危機時實施并購重組投資，為收購方提供資金輔助收購；在科研成果轉化時實施產業化投資，發掘科研成果的市場價值和企業成長價值。
3.引入基金投資組合策略解決基金引導目標與商業資本目標間沖突。政府在成立引導基金的時候，可以在規模、專業方向等方面考慮差異化組合。不僅組織較大規模的綜合性投資基金，也可以根據本地的產業發展布局，有針對性地組建規模5億元以下的專業性投資基金，1億元左右的天使投資基金，并通過單個項目的投資額控制，達到促使其投資扶持產業的目的。這樣一來，可將引導基金的政策目標進行具體分解，并據此尋找理念和專業較為契合的管理團隊，盡可能地將引導基金的政策目標和專業管理團隊的理念靠近，減少兩者之間的沖突，對引導基金投資收益又形成一定保障。
二、產業引導基金運作
1.針對產業投資業發展程度不同，選擇不同的運作管理模式。對產業投資發展處于初期階段的地區可采用“補償基金+股權投資”的模式，嘗試引導社會資本進入產業投資領域。該模式將引導基金分成兩部分，一部分作為引導基金，另一部分作為補償資金。為解決投資公司融資問題，提高投資公司資本運作能力，投資公司可用補償基金做信用擔保向銀行貸款。對產業投資發展處于成長階段的地區可采用“引導基金+擔保機構”的模式。打造融資平臺，擴大融資規模。這種模式是在第一種模式的基礎上，引入擔保機構，并將創投公司作為風險項目公司的投融資平臺。對于產業投資發展處于成熟階段的地區可采用母基金的模式，更大倍數地實現財政資金的放大效應，發揮其最大功能。
2.推行市場化機制運作。目前多數地方產業引導基金的目的是帶動本地經濟發展，而不是發展產業投資業，因此，市場化運作方式可選擇重慶模式，將基金交由第三方專業的管理公司管理。
三、產業基金的投后管理
產業引導基金委托給專業的管理公司經營的情況下，為避免政府資金面臨的道德風險問題，政府應成立監管機構，資金委托給銀行進行托管，構成一個“政府監管機構-專業管理公司-托管銀行”的初步監管流程。在此基礎上，財政部門應當對產業引導基金預算進行審查和監督，檢查產業引導基金資金使用。產業投資企業備案管理部門應當督促產業引導基金加強制度建設，引導其所參股的產業投資企業主要投資扶持產業，構成一個“財政部門——備案機構”輔助的體外監管系統。
