然經過了20年的探索與實踐，也取得了一定成效，但從現實情況看，我國的住房公積金仍存在較大缺陷，究其根源，更多是體制相悖、法制不嚴及制度設計所致。
1.制度設計上的缺陷與法律含糊導致繳存面狹窄，繳存比例差距較大。一是我國在設計勞動和社會保障制度之初，僅將三險(養老保險、醫療保險、失業保險)確定為強制繳存，“一金”(住房公積金)為用人單位和勞動者之間商定繳存，不屬于強制繳存范疇。雖然按照《住房公積金管理條例》，住房公積金屬強制性繳納，單位不辦理住房公積金繳存登記或者不為本單位職工辦理住房公積金賬戶設立的，住房公積金管理機構有權力責令限期辦理，逾期不辦理的，可以按《條例》的有關條款進行處罰，并可申請人民法院強制執行，但按照《條例》設計的象征性罰款致使違法成本很低，不足以震懾拒絕參與公積金的單位，事實上也沒聽說哪個單位因不參加住房公積金而被處罰。正是這種事實上的非強制性，導致公積金繳存兩極分化。截至2011年，住房公積金繳存覆蓋面約為全國城鎮職工的75%，但繳存覆蓋主要集中在黨政機關、事業單位和國有企業，在非公有制企業中，住房公積金繳存的覆蓋面僅為20%，這意味著80%的民營企業職工沒有住房公積金覆蓋，在制度設計上就缺乏解決普通民眾住房剛需的機制。二是由于未規定繳存比例的上限，加上不同地區、不同行業、不同企業的收入差距拉大，各個地方繳存比例也五花八門，比如在北京公積金繳存比率是12%，上海市7%，廣州8%，而福州只有5%。差距較大的繳存比例加劇了各地各行業的苦樂不均，擴大了收入差距。不僅如此，也正是因為未規定繳存比例的上限，一些壟斷性國有企事業單位大幅度提高職工個人住房公積金繳存比例，借以獲得同比例的國有資金配套，再利用虛假購房合同套現，變相濫發獎金，侵吞國家財富，人為地擴大了貧富差別，少數跨國集團外資企業也提高管理層個人的繳存比例，借以逃避稅收。
2.非盈利機構掌管與行政化管理導致資金使用效率低。住房公積金需要自我平衡，保值增值，但卻由屬于事業單位的政府非營利機構管理，這顯然不符合市場主體要求，從而出現了公積金收益少、管理低效和作用邊緣化等問題。一是與商業資本相比，住房公積金投資渠道較少，大多僅限于購買國債或存入國有商業銀行的定期存款，常常是滯后于物價指數步伐，甚至不如“余額寶”賺錢多，保值增值壓力很大。二是公積金使用不透明，繳存者對公積金投資去向不知情，少數地方政府甚至挪用住房公積金，同樣侵害了繳存者利益。三是行政化管理所導致的貸款條件繁瑣、苛刻與低效，難與商業信貸競爭。由于手續繁雜，貸款到位慢，對市場變化不如商業銀行反應快，造成住房公積金在信貸市場競爭中日益被動。比如公積金貸款限額多年不變，而房價卻一路上漲，迫使許多購房者只能放棄公積金貸款而選擇商貸，而一些低收入者因湊不齊首付也無法使用公積金。而且，由于保證金條件的制約及貸款到位效率低，一些開發商也不愿接受住房公積金貸款，導致住房公積金住房融資地位出現邊緣化傾向。
3.使用上的無差別導致住房公積金難以為更多的群體解決住房問題。我國住房公積金在使用上（提取公積金和公積金貸款）并無傾向中低收入群體的規定，致使公積金解決多數人剛需住房的作用不明顯。具體來說，一是對提取公積金購買什么類型什么目的的住房沒有任何限定（如只能購買經濟適用房或支付基本住房房租）；二是無論收入高低，使用公積金貸款都是同一個利率，一些低收入者即便繳納了公積金，卻因無法逾越購房首付門檻，買不起房，而高收入者卻可以利用公積金的低利率買房投資獲利或改善住房條件。本來，建立住房公積金的初衷是為了解決廣大城鎮職工基本住房需求，但按目前的狀況，不僅這一目的難以達到，反而容易出現公積金使用上的“劫貧濟富”。
4.地區差別與地方利益導致公積金區間不流通，吸引力不強。與養老金和醫療保險一樣，我國各地住房公積金同樣僅限于在本市使用，彼此之間不能流通、調劑、統籌、結算、提現和貸款，造成一些地區公積金供不應求，需要嚴格控制貸款額度；而另一些地區資金又大量閑置，使用效率很低。在當今人力資源大范圍流動的情況下，區間不流通業已成為住房公積金的一個死結，不僅嚴重制約其融資作用的發揮并弱化了其吸引力，也妨礙了人力資源的自由流動。
5.功能定位錯誤導致公積金加劇了房地產市場的不穩定。按照國家的政策初衷，公積金系用于解決基本住房需求。然而現實中，一些地方政府卻把公積金當成了推升房價的政策工具。比如住房公積金對購房者購買剛需購房還是改善購房，購買商品房、豪華別墅還是保障性住房均無限定，其結果更多是助推了房價上漲，而并未真正為解決大眾住房剛需發揮作用。在最近房地產市場風雨飄搖的窘境下，北京、上海、廈門、廣州、杭州、武漢、長沙等地有的簡化了住房公積金提取手續，有的降低了住房公積金的提取和使用門檻，目的都是為了“救市”，這種偏離公積金本來作用的錯誤定位很容易加劇業已存在的房地產不穩定。
