《國家稅務總局關于房地產開發企業土地增值稅清算管理有關問題的通知》（國稅發〔2006〕187號）規定，自2007年2月1日起直接轉讓土地使用權的，納稅人應進行土地增值稅的清算。
在具體計算土地增值稅的扣除項目金額時，國家稅務總局關于印發《土地增值稅宣傳提綱》的通知（國稅函發〔1995〕110號）、《財政部、國家稅務總局關于土地增值稅一些具體問題規定的通知》（財稅〔1995〕48號）、《財政部、國家稅務總局關于土地增值稅若干問題的通知》（財稅〔2006〕21號）等文件中有詳細規定，納稅人應注意區分以下6種情況。
（一）對取得土地或房地產使用權后，未進行開發即轉讓的，計算其增值額時，只允許扣除取得土地使用權時支付的地價款、交納的有關費用，以及在轉讓環節繳納的稅金，不能依照《土地增值稅暫行條例實施細則》的規定，享受20%加計扣除的政策規定。這項規定的目的是抑制“炒”買“炒”賣地皮的行為。
（二）對取得土地使用權后投入資金，將生地變為熟地轉讓的，計算其增值額時，允許扣除取得土地使用權時支付的地價款、交納的有關費用，和開發土地所需成本再加計開發成本的20%以及在轉讓環節繳納的稅金。這里的生地是指不具有城市基礎設施的土地，熟地是指具有完善的城市基礎設施且土地平整，能直接在其上進行房屋建設的土地。
（三）對取得土地使用權后進行房地產開發建造的，在計算其增值額時，允許扣除取得土地使用權時支付的地價款和有關費用、開發土地和新建房及配套設施的成本和規定的費用、轉讓房地產有關的稅金，并允許加計20％的扣除。需要說明的是，計算土地增值稅時，按取得土地使用權所支付的金額與房地產開發成本之和加計20％的扣除規定僅適用于從事房地產開發的納稅人。
（四）對于以房地產進行投資、聯營的，投資、聯營的一方以土地（房地產）作價入股進行投資或作為聯營條件，將房地產轉讓到所投資、聯營的企業中時，暫免征收土地增值稅。對投資、聯營企業將上述房地產再轉讓的，應征收土地增值稅。但對于以土地（房地產）作價入股進行投資或聯營的，凡所投資、聯營的企業從事房地產開發的，或者房地產開發企業以其建造的商品房進行投資和聯營的，均不適用《財政部、國家稅務總局關于土地增值稅一些具體問題規定的通知》（財稅字〔1995〕048號）第一條暫免征收土地增值稅的規定。
（五）因城市實施規劃，國家建設的需要而被政府批準征用的房產或收回的土地使用權免征土地增值稅。
（六）未辦理土地使用權證轉讓土地也應依法繳納土地增值稅等相關稅收。《國家稅務總局關于未辦理土地使用權證轉讓土地有關稅收問題的批復》（國稅函〔2007〕645號）規定，土地使用者轉讓、抵押或置換土地，無論其是否取得了該土地的使用權屬證書，無論其在轉讓、抵押或置換土地過程中是否與對方當事人辦理了土地使用權屬證書變更登記手續，只要土地使用者享有占有、使用、收益或處分該土地的權利，且有合同等證據表明其實質轉讓、抵押或置換了土地并取得了相應的經濟利益，土地使用者及其對方當事人應當依照稅法規定繳納營業稅、土地增值稅和契稅等相關稅收。
房地產企業轉讓土地使用權，計繳土地增值稅時，可以扣除已繳納的稅款。這些稅款包括：轉讓房地產時繳納的營業稅、城市維護建設稅、印花稅。
（一）《財政部、國家稅務總局關于土地增值稅一些具體問題規定的通知》（財稅字〔1995〕048）號）規定，土地增值稅暫行條例細則中規定允許扣除的印花稅，是指在轉讓房地產時繳納的印花稅。房地產開發企業按照《施工、房地產開發企業財務制度》的有關規定，其繳納的印花稅列入管理費用，已相應予以扣除。其他的土地增值稅納稅義務人在計算土地增值稅時允許扣除在轉讓時繳納的印花稅。同時根據《財政部、國家稅務總局關于印花稅若干政策的通知》（財稅〔2006〕162號）規定，對土地使用權出讓合同、土地使用權轉讓合同按產權轉移書據征收印花稅。
（二）因轉讓房地產交納的教育費附加，也可視同稅金予以扣除。城建稅由于隨營業稅隨征，在實際繳納營業稅時，據實扣除。
（三）在營業稅的計稅扣除方面，根據《財政部、國家稅務總局關于營業稅若干政策問題的通知》（財稅〔2003〕16號）規定，單位和個人轉讓在建項目時，不管是否辦理立項人和土地使用人的更名手續，其實質是發生了轉讓不動產所有權或土地使用權的行為。對于轉讓在建項目行為應按以下辦法征收營業稅：（1）轉讓已完成土地開發或正在進行土地前期開發，但尚未進入施工階段的在建項目，按“轉讓無形資產”稅目中“轉讓土地使用權”項目征收營業稅。
（2）轉讓已進入建筑施工階段的在建項目，按“銷售不動產”稅目征收營業稅。在建項目是指立項建設尚未完工的房地產項目或其他建設項目。同時根據《國家稅務總局關于房地產開發企業土地增值稅清算管理有關問題的通知》（國稅發〔2006〕187號）規定，整體轉讓未竣工決算房地產開發項目的也應按規定進行土地增值稅的清算。
在計稅依據的確定上，財稅〔2003〕16號同時規定，單位和個人銷售或轉讓其購置的不動產或受讓的土地使用權，以全部收入減去不動產或土地使用權的購置或受讓原價后的余額為營業額。營業額減除項目支付款項憑證必須是發票或合法有效憑證。
