良好的政府公共財政管理需要相應的政府財務信息作為支持。它要求政府會計不僅要提供有關財政資金預算執行情況的信息，還應當提供反映政府財務狀況及其變動情況、財政資金使用情況以及政府受托責任履行情況等方面的信息，以便為政府高效管理和決策提供有效服務，但多年的實踐顯示現有的預算會計制度改革并沒有達到預期的目標，不能適應不斷變化的客觀環境的需要，存在著大量的不足與弊端，具體表現在以下幾個方面：
一、有關政府會計的法律法規體系建設不完善
一方面雖然我國在1995年正式頒布了《預算法》，但實際執行情況不是很理想，依法理財、依法進行支出預算管理的氛圍尚未真正形成。有的地方不按法定程序隨意調整預算，支出預算追加頻繁；一些部門和單位不按規定執行預算和財政制度，擅自擴大開支范圍，提高開支標準，改變支出用途。政府財政預算約束力度比較低，政府部門單位財務權力監督力度小，公共財政支出膨脹程度比較嚴重。
另一方面在規范具體會計行為的會計準則上，我國目前只有《事業單位會計準則》，還沒有一個統一的適用于總預算會計、行政單位會計和事業單位會計三者的會計基本準則。這對我國進一步完善政府會計制度體系帶來了不利影響。有關部門在制定種類繁多的政府會計制度時，沒有一個統一的框架和基本的指導原則。久而久之，各種政府會計制度的內容總是缺乏前后一貫、首尾統一、渾然一體的體系，使政府會計改革重新走回各自為政的老路。
二、預算會計體系按組織類別劃分使得各分支相互割裂缺乏整合
現行預算會計按組織類別劃分為總預算會計、行政單位會計和事業單位會計三個分支，三個分支采用不同的會計科目組織會計核算，客觀上形成了相互分割、互補銜接的“三張皮”格局。這種預算會計體系一方面導致三個分支記錄的會計信息失去了可比性和統一的口徑；另一方面導致無法形成政府整體的財政預算信息，以致實施財政監督、管理財政風險、評估財政狀況和可持續性這類關鍵職能幾乎完全落空。
三、收付實現制的政府會計基礎存在局限性
以收付實現制為基礎的局限性主要表現為：
1.收付實現制無法全面準確地記錄和反映政府的負債狀況。由于收付實現制是以現金的實際收付為確認當期收入和支出的依據，財政支出只包括以現金支付的部分，并不能反映當期已經發生但尚未用現金支付的政府債務，使得這部分債務成為隱性債務，由此帶來的后果是政府會計披露的政府債務遠遠低于實際存在的政府債務規模，不能完整、真實地反映政府的財務收支狀況和營運業績，從而對宏觀經濟決策、健康運行產生錯誤導向，不利于防范和化解政府的財政風險。
2.不能全面、客觀的反映政府資產狀況。政府部門增加的資產不管是流動資產還是固定資產，不管其使用年限都列入當年支出，同時增加固定資產和固定基金。固定資產在使用期內保持不變，不提取折舊，也不能進行成本核算。除非固定資產進行清理，資產價值才能反映在賬面上，不利于國有資產的管理。再如，政府用結余資金購買國債按取得時的實際成本入賬，除非到期或賣出，其債券收益不在賬面反映，不能體現公允價值，造成政府財務報告不能全面、客觀的反映政府資產的現狀。
3.收付實現制不利于正確處理年終結轉事項，造成會計信息不實。在收付實現制基礎上進行的總預算會計核算中，存在因跨年度支出而出現結余不實的問題。在年度預算執行過程中，各級財政部門經常會遇到預算已經安排，但由于各種原因當年無法支出的問題，這在收付實現制下，處理起來比較困難。有些地方的做法是“列支出，掛暫存”，這與收付實現制的核算原則明顯不符，審計部門也對此提出異議，現在又改為結轉支出的辦法，這樣一來就造成當年結余不實。今后隨著政府采購和國庫集中支付制度的推廣，類似的問題將更加突出。
四、缺乏完善的政府財務報告制度
政府作為社會公共資源的受托者，必須通過披露財務信息以提高政府管理績效，實現公眾及相關利益者對政府的監督，解除其財務受托責任。但迄今為止，我國還沒有一份能夠全面、完整、系統地反映政府財務狀況的政府財務報告。
首先，政府財務報告內容不完整。政府會計報告應提供預算執行情況、政府財務狀況和政府運營績效三方面的信息。而我國的財務報告內容以預算執行信息為主，體現的財務受托責任面過于狹窄。預算收支報表只是簡單羅列了現金收支項目和金額，即使是收支情況也未能與預算項目協調配合，難以充分反映預算收支的執行結果。且缺乏政府活動成本費用的信息，沒有全面反映政府資產和負債的增減變動以及價值存量等財務狀況，因而不能滿足使用者評價政府受托責任履行情況的需要。總之，我國目前還沒有編制一份真正意義上的全面、完整的政府財務報告。
其次，政府財務報告缺乏公開性。依據我國現行的法律法規，不論是行政、事業單位的預算會計報告，還是總預算會計的預算報告，都不用提交人民代表大會審議。各級財政部門在將本級及匯總的下一級的預算會計信息進行匯總后，只是將部分信息反映在預算執行情況報告中并提交各級人民代表大會審議。公眾只能間接了解政府財務狀況。
