隨著改革開放的進一步加深，高校已經從服務型機構轉變為自主辦學的主體。為了更好地提升辦學實力，提高競爭實力，許多高校開始新建教學樓、購置科研資料和設備。在此背景下，高校的財務管理工作也越來越復雜，對高校財務內部控制也提出了更高的要求。為保障高校各項經濟活動的順利開展，保護高校資產，防范資產流失，提高資金使用效益，提高辦學效率，高校必須建立完善的財務內部控制，這樣才能充分發揮高校的資金使用效率。通過完善高校財務內部控制，有利于提高財務管理的整體水平，促進高校財務與教學、科研等工作共同發展。
一、我國高校財務內部控制的特點
1.范圍的廣泛性
高校的經濟活動非常廣泛，除了自身的財務工作，還有許多科研活動、附屬單位等財務工作也被納入高校的財務活動中，使得高校財務內部控制范圍具有廣泛性。由于高校財務內部控制制度的不完善，使得高校腐敗常常發生，基建項目、投資等業務控制薄弱。
2.內容的復雜性
由于高校內部經濟實體的多元化，高校經營活動非常復雜，既有科研業務的經濟活動，又有涉及教學、基建等經濟活動，還有生產性質的附屬單位，內控內容非常復雜。特別是近幾年，隨著市場經濟的不斷發展，高校內控環境欠佳，使得高校財務內部控制更是呈現內容復雜的特點。
3.資金來源多元化
隨著我國教育體制改革的不斷深入，高校資金來源已經不再是單靠國家財政撥款，在高校的各項資金來源中，有學生的學費、校辦企業的經營收入，還有各項委培費、貸款貼息和捐贈款項等。
4.資金使用的多渠道性
在資金使用方面，高校也不再是僅僅為科研活動提供經濟支持，現在的高校還會創辦高校附屬企業，開展各項投資、合資等經濟活動，資金使用的渠道已經拓寬到了教學科研、基建項目、企業投資、后勤等各方面。也正是資金來源的多元化和使用的多渠道性，使得我國高校財務內部控制越來越復雜，這就要求各高校的財務控制制度和信息化建設不斷完善。
二、我國高校財務內部控制制度的主要缺陷
1.財務內部控制的項目不夠全面
目前，各高校都在加大投資、擴大規模以加速發展。但高校的投資普遍缺乏全面控制意識，沒有把外延的擴張與內在質量的提高有機結合，缺乏創新，決策缺乏全面的監督、控制機制。
2.財務內部控制的范圍不夠廣泛
如高校往往強調對財政性經費的內部控制，而弱化對預算外，特別是創收經費等的內部控制；有些高校未將二級財務納入財務內部控制的范圍，或控制不嚴，監管不力等。對于這些對照制度無法解決的新問題，工作中“人”的因素取代了按章辦事，隨意性不斷加大，嚴重影響到財務信息的正確性、真實性。
3.對內部會計控制的監控力度需要加強
有些高校未設置專門的機構或人員對內部會計控制執行情況進行監督檢查， 而由內部會計控制執行部門自己進行監督檢查：各級財政部門對高校內部會計控制的建立及執行情況的監督檢查力度不夠等，導致了監控力度的欠缺，影響了內部會計控制在高等教育發展中的作用發揮。
三、強化高校財務內部控制的對策
1.確立正確的財務內部控制意識
高校財務內部控制薄弱的重要原因就是沒有確立正確的內部控制意識。當前，高校應著重確定三種內部控制意識，即預算控制意識、風險控制意識、內部報告控制意識。應樹立正確的預算控制意識。預算控制不是簡單的對預算編制的控制，而是包括預算編制、執行、分析及考核等在內的整體的、動態的控制。因此，高校不僅要按規定的標準編制預算，還應用一系列財務綜合分析指標，如支出預算完成率、人員支出比率、公用支出比率、經費自給率、設備利用率等，對工資總額及定員定額情況、資產、資金和辦學效益等進行分析，對各項資產的保管、使用等情況進行考核，切實管好、用好國有資產，提高資產使用效益。
2.建立健全財務內控制度，規范校內經濟秩序
高校應依據國家的法律、法規和財務規章制度，結合本校的實際情況科學地制定學校的各項財務規章制度。在制定這些制度時應注意以預防控制為主，事后控制為輔，防止違規和不法行為的發生；強調程序制約，對主要業務的控制，必須經過授權、批準、執行、記錄、檢查等控制程序，特別是對外投資、設備物資采購、大型基建及維修項目等；形成相互制衡和牽制機制。要明確各部門組織和崗位人員應承擔的職責范圍，規定追究、查處責任的措施與獎懲辦法。
3.加強預算管理，提高預算管理水平
高校預算是高等學校年度內所要完成的事業計劃和工作任務的貨幣表現，是學校日常組織收入和控制支出的依據，也是一個學校的規模和事業發展方向的綜合反映。加強預算管理，首先必須把財政布置的部門預算和學校內部綜合預算合二為一。其次，是要推行校級預算和所屬各級預算，克服預算內容不實、預算約束不強和預算執行不了的情況。另外還要完善部門預算的調整制度。最后是要建立預算的跟蹤、信息的傳遞與反饋、分析、評價制度，完善預算控制，提高資金的使用效益。
4.加強監督檢查財務內部控制
高校應設立專門機構或專門人員對高校財務內部控制執行情況進行監督檢查，建立健全監督檢查制度。財務內部控制是一項系統工程，相對獨立的專門機構或專門人員實行有效的監督檢查制度能較好地保證財務內部控制系統正常有序地運行。
高校財務控制體系是一個相互聯系、相互制約的體系，它涵蓋高校管理的各個方面，各高校要應真正地建立起適合自身特點的財務內部控制體系，并不斷地加以完善，提升管理工作水平，有效防范財務風險。
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