新醫改政策下，加強了醫院的公益性質，減少了醫院自身依靠醫療服務收入的造血功能，同時增加醫院管理事項的透明度，實行信息公開，此種環境下，醫院領導經濟責任審計也應改進。
對于醫院而言由于屬于財政補償收入的事業單位，對其經濟責任審計主要是合規合法審計。
在新醫改政策下，醫院經濟責任審計的主要改進措施有：
1、新醫改催動了醫院補償來源結構的變化，增添了新的審計內容。醫院在為廣大民眾提供醫療服務的過程中會產生系列成本及衛生資源的耗費，對此一般通過醫療服務收入、藥品加成收入及政府補助收入三部分收入進行補充。這三種收入的取得、核算及相關財務流程是審計工作的主要內容之一。新醫改政策明確提出了取消藥品收益的要求，并在合理調整醫療服務價格的情況下控制總體醫療服務收入，承諾強化財政補助。
2、在醫院公益性加強的背景下，醫院經濟責任審計重點應是合規性審計。政府對醫院領導人在緊抓醫療業務管理、推進醫院財務管理、落實完善各項管理機制等方面的要求會增加，針對醫院領導人的政策責任審計工作也相應隨之水漲船高。比如，審計人員在執行以往慣常審計程序之外，還應該關注醫改政策提出前后相關事項的改進或優化情況，如出現業績倒退或財政資金使用績效差即使沒有明顯違規違法也是執行政策不力的表現，籍此可以確認為該醫院領導人不稱職。
3、一是重點考量藥品執行價格及藥事服務的合規合理性。新醫改政策的關鍵特色在于禁止藥品加成以減輕醫院以藥養醫的依賴性，不過這種情況在一定時間內很難徹底改觀。所以，新醫改境遇下的醫院領導人政策責任審計工作應該強化審視醫院藥品實際售價和采購成本價之間是否一致，關注是否存在被審計對象及相關人員蓄意提高售價為自己或相關員工謀取私利的現象。另外，值得關注的還有將與藥品緊密相連的藥事服務問題，重點關注用藥方案本身的咨詢費、特定藥物運輸、調撥和儲存產生的費用等費用的合理與否直接影響到醫院公益性的落實。
二是重點考量財政補助落實到位的徹底性、及時性及合規性。減輕對藥品收入依賴的醫院在資金支撐方面將更多地依賴財政收入，對此新醫改政策也給予加大財政補助的支持和允諾。在這方面，有兩個容易出現問題的地方，一是財政補助收入增加容易滋生腐敗現象，尤其是給醫院領導私立“小金庫”提供空間;二是財政補助往往具有方向性特征，并非補助資金劃撥給醫院后隨醫院管理層隨意支配。對此，在醫院領導人政策責任審計工作中，應該注意審查財政補助收入的到位時間、實際額度、支付手續、應用方向及其他相關落實情況，在流程及技術等方面全力確保專款專用，杜絕腐敗滋生。
三是重點考量醫療服務價格的合法性、合理性。在新醫改形勢下，藥品收入受到嚴格禁止，財政補助的方向性比較強但靈活度不足，醫院正常運轉還得依靠經營自籌資金，普遍性和適用度較大的醫療服務收入，無疑會成為新境遇下審計工作的關注重點之一。具體而言，審計人員應該通過實施系列審計程序，審查其醫療服務收費管理體制的健全、執行情況及其本身的自我機制完善能力，邀請財經專家及信息技術專業人員協助審查是否建立有比較完整其相對實用的醫療服務成本預算體系，通過同業橫向對比考察是否存在采購成本過高、大型醫療設備檢查項目收費不合理的現象等等。
四是重點考量醫院內控體系的健全情況及具體作用的發揮情況。如上三方面的問題及醫院領導人政策責任審計因此增加的相關內容的徹底推進，重點考驗醫院領導人的兩種能力，一是與時俱進地構建醫院內控體系的能力，醫院領導人要根據新醫改的相關規定和精神適當的增加、修訂、刪除各種票據印制、技術服務收費標準、住院結算管理制度、門診收費管理制度、預算制度、采購制度、招標制度、全成本核算制度等系列規章制度，使醫院內控機制能跟進新醫改政策的形勢;二是充分利用新的內控機制推進貫徹新醫改政策的能力，換句話說是如上各種修訂、增訂后的規章制度及流程體系能否切實推進落實新醫改政策。對于第一種能力，審計人員可以通過業內橫向對比及內在邏輯歸因等兩個方面對比審視新醫改推進前后醫院內控機制的變化情況，并籍此給予審計意見;對于第二種能力，審計人員可以充分利用信息公開機制打造的監管主體及其監管結果，綜合其他各方面的數據信息，借助各種評價標準進行評定。
