隨著財政部、國家稅務總局《關于印發〈營業稅改征增值稅試點方案〉的通知》（財稅[2011]110號）和《關于在上海市開展交通運輸業和部分現代服務業營業稅改征增值稅試點的通知》（財稅[2011]111號）這兩個文件的出臺，上海的交通運輸業攜部分現代服務業即將率先起航，開啟我國第二次大型稅制改革的破冰之旅。
稅改后的基本規定
本次試點的交通運輸業納稅人：機構所在地在上海市行政轄區內的單位和個體工商戶，以及居住地在上海市的其他個人，從事使用運輸工具將貨物或者旅客送達目的地，使其空間位置得到轉移的業務活動，即提供陸路運輸服務、水路運輸服務、航空運輸服務、管道運輸服務的交通運輸業的單位和個人，為本次增值稅試點的納稅人（以下稱“試點交通運業輸納稅人”），應當按照試點方案的規定繳納增值稅，不再繳納營業稅。
（一）一般納稅人和小規模納稅人的劃分：試點交通運輸業納稅人分為一般納稅人和小規模納稅人。年銷售額超過500萬元的納稅人（不含其他個人）為一般納稅人，年銷售額未超過500萬元的納稅人為小規模納稅人。非企業性單位、不經常提供交通運輸服務的企業和個體工商戶可選擇按照小規模納稅人納稅。
按照國家統一的會計制度規定設置賬簿，根據合法、有效憑證核算的小規模納稅人能夠提供準確稅務資料的，可以向主管稅務機關申請一般納稅人資格認定，成為一般納稅人。年銷售額未超過500萬元的原公路、內河貨物運輸業自開票納稅人，應當申請認定為一般納稅人。
一般納稅人提供的公共交通運輸服務（包括輪客渡、公交客運、軌道交通、出租車），可以選擇按照小規模納稅人的簡易計稅方法計算繳納增值稅，但一經選擇，36個月內不得變更。
上海市原增值稅一般納稅人兼有交通運輸業務的，按照上述規定應當申請認定一般納稅人的，不需要重新辦理一般納稅人認定手續。
除國家稅務總局另有規定外，一經認定為一般納稅人后，不得轉為小規模納稅人。
（二）納稅義務發生時間：交通運輸業納稅人提供應稅服務并收訖銷售款項或者取得索取銷售款項憑據的當天；先開具發票的，為開具發票的當天。
收訖銷售款項，是指交通運輸業納稅人提供應稅服務過程中或者完成后收到款項。取得索取銷售款項憑據的當天，是指書面合同確定的付款日期；未簽訂書面合同或者書面合同未確定付款日期的，為應稅服務完成的當天。
（三）納稅地點的確定：試點交通運業輸納稅人以機構所在地作為增值稅納稅地點，其在異地繳納的營業稅，允許在計算繳納增值稅時抵減。非試點納稅人在試點地區從事經營活動的，繼續按照現行營業稅有關規定申報繳納營業稅。
（四）納稅期限：分別為1日、3日、5日、10日、15日、1個月或者1個季度。以1個季度為納稅期限的規定適用于小規模納稅人以及財政部和國家稅務總局規定的其他納稅人。不能按照固定期限納稅的，可以按次納稅。以1個月或者1個季度為1個納稅期的，自期滿之日起15日內申報納稅。
（五）增值稅起征點：試點交通運業輸納稅人增值稅起征點幅度如下：按期納稅的，為月應稅銷售額5000元～20000元（含本數）。按次納稅的，為每次（日）銷售額300元～500元（含本數）。個體工商戶和其他個人提供交通運輸服務的銷售額未達到起征點的，免征增值稅；達到起征點的，全額計算繳納增值稅。本起征點不適用于認定為一般納稅人的個體工商戶。
（六）交通運輸業營業稅改征增值稅后，為實現試點納稅人原享受的營業稅優惠政策平穩過渡，試點期間試點交通運輸業一般納稅人提供管道運輸服務，對其增值稅實際稅負超過3%的部分實行增值稅即征即退政策。
銷售額的確定和扣除原則
應稅服務提供方或者接受方在中國境內，納稅人在營業活動中有償提供交通運輸服務，取得的全部價款和價外費用為增值稅的計稅依據。即原則上以發生應稅交易取得的全部收入為計稅依據。價外費用，是指價外收取的各種性質的價外收費，但不包括代為收取的政府性基金或者行政事業性收費。
（一）一般計稅方法的銷售額不包括銷項稅額，采用銷售額和銷項稅額合并定價方法的，銷售額＝含稅銷售額÷（1+稅率）。
（二）簡易計稅方法的銷售額不包括其應納稅額，納稅人采用銷售額和應納稅額合并定價方法的，銷售額＝含稅銷售額÷（1＋征收率）。
（三）銷售額的特殊規定。由于交通運輸業繳納營業稅時對營業額有特殊的扣除規定：納稅人將承攬的運輸業務分給其他單位或者個人的，以其取得的全部價款和價外費用扣除其支付給其他單位或者個人的運輸費用后的余額為營業額。
（四）試點交通運輸業納稅人提供適用不同稅率或者征收率的應稅服務，應當分別核算適用不同稅率或者征收率的銷售額；未分別核算的，從高適用稅率。兼營營業稅應稅項目，未分別核算應稅服務的銷售額和營業稅應稅項目的營業額的，由主管稅務機關核定應稅服務的銷售額。兼營免稅、減稅項目的，應當分別核算免稅、減稅項目的銷售額；未分別核算的，不得免稅、減稅。納稅人提供應稅服務，開具增值稅專用發票后，提供應稅服務中止、折讓、開票有誤等情形，未按照規定開具紅字增值稅專用發票的，不得扣減銷項稅額或者銷售額。
（五）試點交通運輸業納稅人提供運輸服務，將價款和折扣額在同一張發票上分別注明的，以折扣后的價款為銷售額；未在同一張發票上分別注明的，以價款為銷售額，不得扣減折扣額。納稅人提供應稅服務的價格明顯偏低或者偏高且不具有合理商業目的的，或者發生相關規定應視同提供應稅服務而無銷售額的，主管稅務機關有權按照確定銷售額。
稅率及一般計稅方法
試點交通運輸業納稅人提供交通運輸業服務的稅率為11%。
（一）試點交通運輸業的一般納稅人提供交通運輸服務適用一般計稅方法計稅，其進項稅額、銷項稅額及應納稅額的計算：
進項稅額，是指納稅人購進貨物或者接受加工修理修配勞務和應稅服務，支付或者負擔的增值稅稅額。銷項稅額，是指納稅人提供應稅服務按照銷售額和增值稅稅率計算的增值稅額，即：銷項稅額=銷售額×稅率。
應納稅額，是指當期銷項稅額抵扣當期進項稅額后的余額，應納稅額=當期銷項稅額－當期進項稅額。當期銷項稅額小于當期進項稅額不足抵扣時，其不足部分可以結轉下期繼續抵扣。
（二）進項稅額準予抵扣的規定：
1.購買貨物、接受勞務或應稅服務（含交通運輸服務）的，從銷售方或者提供方取得的增值稅專用發票上注明的增值稅額，從海關取得的海關進口增值稅專用繳款書上注明的增值稅額，均作為進項稅額準予從銷項稅額中抵扣。
2.接受境外單位或者個人提供的應稅服務，從稅務機關或者境內代理人取得的解繳稅款的通用繳款書上注明的增值稅額。
3.接受試點交通運輸業小規模納稅人提供的交通運輸業服務，按照取得的增值稅專用發票上注明的價稅合計金額和7%的扣除率計算進項稅額：運輸費用金額×扣除率。
4.接受上海市以外其他納稅人提供的交通運輸業服務的，按照運輸費用結算單據上注明的運輸費用金額和7%的扣除率計算的進項稅額：運輸費用金額×扣除率。
運輸費用金額，是指運輸費用結算單據上注明的除不包括裝卸費、保險費等其他雜費以外的運輸費用（包括鐵路臨管線及鐵路專線運輸費用）、建設基金。
（三）不得從銷項稅額中抵扣的進項稅額：
1.用于適用簡易計稅方法計稅項目、非增值稅應稅項目、免征增值稅項目、集體福利，或者個人消費的購進貨物、接受加工修理修配勞務或者應稅服務；
2.非正常損失的購進貨物及相關的加工修理修配勞務和交通運輸業服務；
3.接受的旅客運輸服務；
4.作為提供交通運輸業服務的運輸工具以外的自用的應征消費稅的摩托車、汽車、游艇。
5.試點納稅人從上海市取得的2012年1月1日（含）以后開具的運輸費用結算單據（鐵路運輸費用結算單據除外），不得作為增值稅扣稅憑證。
6.試點交通運輸業一般納稅人會計核算不健全，或者不能夠提供準確稅務資料的；應當申請辦理一般納稅人資格認定而未申請的，應當按照銷售額和增值稅稅率計算應納稅額，不得抵扣進項稅額。
（四）適用一般計稅方法的試點交通運輸業納稅人，兼營簡易計稅方法計稅項目、非增值稅應稅勞務、免征增值稅項目而無法劃分不得抵扣的進項稅額，按照下列公式計算不得抵扣的進項稅額：
不得抵扣的進項稅額＝當期無法劃分的全部進項稅額×（當期簡易計稅方法計稅項目銷售額+非增值稅應稅勞務營業額+免征增值稅項目銷售額）÷（當期全部銷售額+當期全部營業額）
