《財政部、國家稅務總局關于加強教育勞務營業稅征收管理有關問題的通知》（財稅〔2006〕3號）規定：各類學校（包括全部收入為免稅收入的學校）均應按照《稅收征管法》的有關規定辦理稅務登記，按期進行納稅申報并按規定使用發票；享受營業稅優惠政策的，應按規定向主管稅務機關申請辦理減免稅手續。各類學校均應單獨核算免稅項目的營業額，未單獨核算的，一律照章繳納營業稅。由此可知，民辦學校有辦理稅務登記、按期進行納稅申報、按規定使用發票、按規定申請辦理減免稅手續及按規定設置賬簿和記賬憑證、依法接受稅務檢查等義務。
下面就民辦學校常見涉稅問題筆者進行了總結。
一、未按規定辦理稅務登記及扣繳稅款登記學校的教育勞務實際上也是營業稅應稅勞務，只不過依法享受免稅的優惠政策。再加上學校也可能存在其他非免稅的勞務，因此，學校是理所當然的營業稅納稅人，故應按規定辦理稅務登記。
此外，學校在向教職工支付工資、薪金時應按規定代扣代繳個人所得稅，是法定的扣繳義務人，因此，也應辦理扣繳稅款登記。
二、未按規定申報繳納營業稅、城建稅、教育費附加
（1）免稅教育勞務收入未按規定繳納營業稅。常見的有：超過規定標準（物價局核定的標準）收取種費用、以各種名義收取的贊助費、擇校費等超過規定范圍的收費。
免征營業稅的教育勞務收入是指對列入規定招生計劃的在籍學生提供學歷教育勞務取得的收入，具體包括：經有關部門審核批準，按規定標準收取的學費、住宿費、課本費、作業本費、伙食費、考試報名費收入。
（2）存在其他營業稅應稅行為，未按規定納稅。少數學校存在出租辦公用房或營業用房等行為，未按規定繳納營業稅、城建稅、教育費附加等相關稅費。
（3）兼營免稅、減稅項目的，未單獨核算免稅、減稅項目的營業額，也未一并繳納營業稅。比如民辦學校同時從事非學歷教育，其取得的收入與從事學歷教育的收入未分開獨立核算，就應該一并繳納營業稅等相關稅費。
三、未按規定申報繳納房產稅、城鎮土地使用稅
《財政部、國家稅務總局關于教育稅收政策的通知》（財稅〔2004〕39號）對國家撥付事業經費和企業辦的各類學校、托兒所、幼兒園自用的房產、土地，免征房產稅、城鎮土地使用稅。
民辦學校，關鍵看它是否是企業辦的，如果不是，就不能免繳房產稅、城鎮土地使用稅。
四、未按規定申報繳納印花稅
《財政部、國家稅務總局關于教育稅收政策的通知》（財稅〔2004〕39號）規定：對財產所有人將財產贈給學校所立的書據，免征印花稅。
而對學校本身而言，沒有相關的印花稅優惠政策，應依照《印花稅暫行條例》的規定，依法申報繳納印花稅。
五、未按規定代扣代繳個人所得稅
（1）未按規定代扣代繳工資薪金所得個人所得稅。具體有：教師代課費、各種論文獎金、中秋節及教師節等節日福利、夏令用品、班主任津貼、假期值班補貼等未并入職工工資薪金所得計算個人所得稅。
（2）未按規定代扣代繳利息所得個人所得稅。部分公辦學校為了新建教學樓或其他需要，向職工集資，并按期向職工支付利息，往往未按規定代扣代繳個人所得稅。
（3）未按規定代扣代繳勞務報酬所得個人所得稅。部分學校偶爾聘請其他學校教師、社會知名人士等到學校講課，在支付給對方報酬時，對達到個人所得稅起征點的，很少代扣代繳個人所得稅。
六、未按規定申報繳納企業所得稅
《民辦教育促進法》第九條規定：民辦學校應當具備法人條件。也就是說，民辦學校只可能是企業所得稅的納稅人，而不會是個人所得稅的納稅人。
《民辦教育促進法實施條例》第三十八條規定：捐資舉辦的民辦學校和出資人不要求取得合理回報的民辦學校，依法享受與公辦學校同等的稅收及其他優惠政策。出資人要求取得合理回報的民辦學校享受的稅收優惠政策，由國務院財政部門、稅務主管部門會同國務院有關行政部門制定。
財稅〔2004〕39號規定，對學校經批準收取并納入財政預算管理的或財政預算外資金專戶管理的收費不征收企業所得稅；對學校取得的財政撥款，從主管部門和上級單位取得的用于事業發展的專項補助收入，不征收企業所得稅。
《國家稅務總局關于印發〈事業單位、社會團體、民辦非企業單位企業所得稅征收管理辦法〉的通知》（國稅發〔1999〕65號）規定：事業單位、社會團體、民辦非企業單位的收入，除國務院或財政部、國家稅務總局規定免征企業所得稅的項目外，均應計入應納稅收入總額，依法計征企業所得稅（具體規定了九項免稅收入項目）。
