PE目前主要的組織形式有三種：公司制、信托制和有限合伙制。由于監管部門未放行信托PE企業IPO項目，信托公司以PE方式參股企業的投資方式因無法上市，難以實現預期中的高額回報，可謂有進無退，所以《合伙企業法》頒布之前PE是以公司制形式為主的，隨著有限合伙制PE的不斷發展，公司制已經不再是PE的主流模式了，而是公司制與有限合伙制并存，這兩種組織形式孰優孰劣應從多方面去進行權衡。
一、稅收比較
有限合伙制PE只需要征收一次稅收，即個人所得稅，根據財稅[2008]159號《財政部國家稅務總局關于合伙企業合伙人所得稅問題的通知》：合伙企業生產經營所得和其他所得采取“先分后稅”的原則。具體應納稅所得額的計算按照《關于個人獨資企業和合伙企業投資者征收個人所得稅的規定》（財稅[2000]91號）及《財政部國家稅務總局關于調整個體工商戶個人獨資企業和合伙企業個人所得稅稅前扣除標準有關問題的通知》（財稅[2008]65號）的有關規定執行，提高了合伙企業投資者本人的費用扣除標準，這個通知還在合伙企業向其從業人員實際支付的合理的工資、薪金支出、合伙企業撥繳的工會經費、發生的職工福利費、職工教育經費支出、業務招待費支出、廣告費和業務宣傳費扣除標準等方面采取了與公司法類似的規定。以應納稅所得額10萬為例，應繳納個人所得稅100000*35%-14750=20250元，綜合稅率為20250/100000=20.25%，隨著收入額的增高，最高稅率近35%。
而公司制PE則需要承擔雙重稅負：一重是公司正常運營獲取利潤時要繳納25%的企業所得稅，第二重是公司稅后利潤在分配給股東時，個人投資還要按照股息、紅利、財產轉讓所得繳納20%的個人所得稅。不考慮稅收優惠等因素，綜合稅率為25%+（1-25%）*20%=40%；但是目前國家關于公司制PE創業投資基金的稅收優惠政策比較成熟，根據《中華人民共和國企業所得稅法》第二十六條企業的符合條件的居民企業之間的股息、紅利等權益性投資收益屬于免稅收入，這樣公司取得的被投資企業的股息、紅利不需繳納第一重企業所得稅，股東分配最終只需承擔20%的第二重稅收，綜合稅率為20%；第三十一條創業投資企業從事國家需要重點扶持和鼓勵的創業投資，可以按投資額的一定比例抵扣應納稅所得額。根據《關于促進創業投資企業發展有關稅收政策的通知》（財稅[2008]65號）：創業投資企業采取股權投資方式投資于未上市中小高新技術企業2年以上(含2年)，凡符合條件的，可按其對中小高新技術企業投資額的70％抵扣該創業投資企業的應納稅所得額。目前國家關于創業投資基金的稅收優惠政策，僅針對公司制創業投資基金，合伙企業不適用本法。故合伙制創投企業不能享受此法所規定的優惠。在這樣的稅法框架下，若一家公司制PE在投資時較好地綜合運用國家給予的鼓勵性的稅收政策，綜合所得稅率會低于15%，仍會傾向于公司制的組織形式。
不過，不同地區針對有限合伙PE和公司制PE又有相應的特殊優惠政策。如北京市、天津市、蘇州、深圳等地對有限合伙PE自然人有限合伙人和自然人普通合伙人取得的投資收益或股權轉讓收益，稅率采用20%。此外，新設立PE可根據具體地區、公司不同稅賦水平及投資方向和可以享受的稅收優惠綜合考慮確定哪種組織形式進行注冊設立。例如，類似社保基金這樣的免稅主體如果投資到有限合伙制的PE將獲得按投資協議分配的全部收益，而如果投入到公司制的PE則在分配之前就需要扣除PE機構本身的所得稅。
二、股東收益與所承擔風險分析
公司制PE要求同股同利，《中華人民共和國公司法》第三十五條 股東按照實繳的出資比例分取紅利；公司新增資本時，股東有權優先按照實繳的出資比例認繳出資。但是，全體股東約定不按照出資比例分取紅利或者不按照出資比例優先認繳出資的除外。
而有限合伙制的PE在收益分配上很靈活。《中華人民共和國合伙企業法》第三十三條規定：合伙企業的利潤分配、虧損分擔，按照合伙協議的約定辦理；合伙協議未約定或者約定不明確的，由合伙人協商決定；協商不成的，由合伙人按照實繳出資比例分配、分擔；無法確定出資比例的，由合伙人平均分配、分擔。PE行業為了激勵基金管理人(GP)，根據行業慣例，有限合伙制的PE可以在合伙人之間的協議中約定收益分配方式，通常會給予基金管理人15%—25%的基金利潤分成，而只要求管理人(或公司)投入1%—2%的基金份額。當然很多情況下，投資者會要求投資利潤率超過一定水平(一般為8%)之后，再計算管理分紅。鼓勵富人作為有限合伙人(LP)，“能人”作為一般合伙人(GP)參與企業經營，較好地將“能人”和“富人”有機地結合起來，有利于最大程度上降低風險、擴大融資規模以及加強激勵約束，從而成為風險投資機構的一種新型的企業組織形式。
公司制PE和有限合伙制PE在承擔責任與風險方面也有所不同：
《中華人民共和國公司法》第三條規定：公司是企業法人，有獨立的法人財產，享有法人財產權。公司以其全部財產對公司的債務承擔責任。有限責任公司的股東以其認繳的出資額為限對公司承擔責任；股份有限公司的股東以其認購的股份為限對公司承擔責任。
《中華人民共和國合伙企業法》第二條規定：有限合伙企業由普通合伙人和有限合伙人組成，普通合伙人對合伙企業債務承擔無限連帶責任，有限合伙人以其認繳的出資額為限對合伙企業債務承擔責任。
有限合伙人（LP）只在其認繳范圍內承擔有限風險，普通投資者的收益可以得到更好的保護。而作為普通合伙人（GP）的基金管理人要對合伙企業債務承擔無限連帶責任。
有限合伙企業至少應當有一個普通合伙人。基金管理人正是有限合伙企業的唯一普通合伙人。但是，雖然基金管理人取得高收益的同時要承擔無限連帶責任的高風險，卻有很多有限合伙企業的普通合伙人采用各種方式來規避無限責任，如先注冊有限公司，再以有限公司形式加入有限合伙企業作為普通合伙人，這樣即使承擔無限責任，也是以該有限公司為限承擔有限責任，即也是僅承擔了有限責任，所以并沒有承擔高風險卻享有了高收益，因此在選擇普通合伙人時，出資者要盡量對普通合伙人（GP）的資金實力、股東背景以及行業信譽進行詳細分析，避免損害有限合伙人的權益。
三、資金成本比較
資金的使用是每個出資者所關心的重要問題之一，公司制PE有注冊資本和繳付期的規定，公司成立后一段時期內需繳足注冊資本金。《中華人民共和國公司法》第二十八條規定：股東應當按期足額繳納公司章程中規定的各自所認繳的出資額。股東以貨幣出資的，應當將貨幣出資足額存入有限責任公司在銀行開設的賬戶；以非貨幣財產出資的，應當依法辦理其財產權的轉移手續。股東不按照前款規定繳納出資的，除應當向公司足額繳納外，還應當向已按期足額繳納出資的股東承擔違約責任。第二十九條規定：股東繳納出資后，必須經依法設立的驗資機構驗資并出具證明。
而有限合伙制PE采用“承諾出資”制，《中華人民共和國合伙企業法》第十七條規定：合伙人應當按照合伙協議約定的出資方式、數額和繳付期限，履行出資義務。
以非貨幣財產出資的，依照法律、行政法規的規定，需要辦理財產權轉移手續的，應當依法辦理。也即PE沒有公司注冊資本的嚴格約束，只需要在設立時約定承諾投資規模。只有在確定投資某一個項目時，基金管理人會通知所有的有限合伙人按承諾認繳基金份額和項目總投資額計算并交付資金，由基金管理人集合資金后進行投資。每一個投資項目均如此操作，直到基金規模用盡為止或基金到期。在沒有確定投資項目之前，PE不保留資本金。任何資金都是有成本的(例如機會成本)，PE的“承諾出資制”最大限度地減少了資金成本，避免了資金的浪費；另一方面合伙人可以直接將基金權益賬戶中的資金退出，這種操作性良好的資金募集和退出的運作方式能夠有效提高PE的運營效率。
四、經營期限比較
公司制假設公司可以“永續經營”，而有限合伙制按照契約的規定有一個經營期限，一般為10年左右，這種不能永續經營性可以為市場提供一個簡單可行的淘汰機制，如果管理人不能經營好一個合伙制的基金，它就會被市場淘汰。
通過以上四個方面的分析，出資人可根據自身具體情況以及PE擬設立地點綜合分析決定PE采用哪種組織形式進行注冊登記。
