為了進一步規(guī)范公立醫(yī)院的會計核算，提高醫(yī)院會計信息質量，財政部于2009年8月公布了《醫(yī)院會計制度》(征求意見稿)(以下簡稱新制度)，對現(xiàn)行制度進行了全面修訂，以便更好地配合醫(yī)療體制改革。
一、新制度主要變化
與現(xiàn)行制度相比，新制度的主要變化包括以下幾方面：(1)新增了與國庫集中支付、政府收支分類、部門預算、工資津補貼、國有資產管理等財政改革相關的會計核算內容；(2)為真實反映資產價值、合理確定醫(yī)療成本，規(guī)定計提固定資產折舊，折舊額分期計入相關成本費用；(3)為解決現(xiàn)行制度下醫(yī)院醫(yī)療和藥品收支不配比、成本核算體系不健全、科研教學經費核算混亂等問題，借鑒國際慣例，合并了醫(yī)療、藥品收支核算，規(guī)定管理費用不再分攤，完善了自制藥品和材料成本核算，明確了科教收支會計處理；(4)為兼顧預算管理需要，規(guī)定通過專設預算會計科目或采用備查簿方式提供預算會計信息；(5)將原來的“收入支出總表”改為“收入費用表”，增加了“現(xiàn)金流量表”、“預算收支表”、“基建投資表”及報表附注，進一步完善了報表體系。
二、制度總說明部分變化
(1)核算基礎：現(xiàn)行制度規(guī)定“醫(yī)院的會計核算除采用權責發(fā)生制外，均按照《事業(yè)單位會計準則》規(guī)定的一般原則和本制度的要求進行”，而在新制度中規(guī)定“醫(yī)院會計核算以權責發(fā)生制為基礎”。(2)提出了會計要素的概念“醫(yī)院會計要素包括資產、負債、凈資產、收入和費用”。(3)明細科目設置變化：新制度沒有如現(xiàn)行制度一樣規(guī)定“醫(yī)院對明細科目的設置可自行規(guī)定”，而是籠統(tǒng)地規(guī)定“在不影響會計核算要求和財務報表指標匯總，以及對外提供統(tǒng)一的財務報表的前提下，可以根據(jù)實際情況和需要自行增設、減少或合并某些會計科目，以及自行設置本制度規(guī)定之外的明細科目”。(4)報表種類的增減：刪除了“基金變動表”，增加了“現(xiàn)金流量表”、“預算收支表”，“基建投資表”。(5)制度修訂與解釋部門：現(xiàn)行制度由財政部與衛(wèi)生部共同解釋并修訂，而新制度中衛(wèi)生部并無對本制度解釋與修訂。
三、會計科目變化
會計科目設置方面。(1)編碼規(guī)則：會計科目編碼規(guī)則由“3-3-3”變?yōu)椤?-2-2”。(2)科目數(shù)量：現(xiàn)行制度會計科目為43個總賬科目，新制度為57個總賬科目及4個預算會計科目。變動如表1。
會計科目核算內容方面。(1)銀行存款：明確存入其他金融機構的款項也納入本科目核算；列舉外幣購入設備及物資、外幣兌換、期末外幣賬戶折算時的會計處理方法。
(2)其他貨幣資金：除保留現(xiàn)行制度中的外埠存款、銀行匯票存款外，增加了銀行本票存款、信用卡存款、信用證保證金存款，刪除了在途資金的表述。
(3)應收在院病人醫(yī)療款：明確了各類醫(yī)保病人在結算時會計處理：“結轉住院病人自負部分以外的應收醫(yī)療款或結轉病人結算欠費，按應收病人醫(yī)療款總額中扣除病人自負部分以外的金額或病人結算欠費金額，借記‘應收醫(yī)療款’科目，貸記本科目”。
(4)應收醫(yī)療款：核算內容除了門診病人和住院病人外，新增了“醫(yī)療保險機構”。
(5)其他應收款：核算內容新增了“應向職工收取的各種墊付款項、應收利息、應收利潤等”，主要是因為核算長期投資的需要。但“到期一次還本付息的長期債券投資應收取的利息”除外。
(6)壞賬準備：除了定期對應收醫(yī)療款計提準備外，新制度對其他應收款也要求計提準備。對壞賬準備計提方法、計提周期、核銷審批等做出了明確規(guī)定。
(7)藥品：醫(yī)院購入藥品由按售價核算改為按進價核算；明確接受捐贈的藥品在“其他收入”中核算；醫(yī)院在發(fā)出藥品時明確按“個別計價法”確定發(fā)出藥品的實際成本；明確了自制或委托加工藥品成本的范圍。
(8)庫存物資：新制度要求對高值耗材專門設置二級明細科目進行核算；對外購的其他材料、低值易耗品、自制或委托加工的低值易耗品或材料，明確了成本范圍；明確接受捐贈的庫存物資在“其他收入”中核算；明確基建工程中“購入的可直接使用的達不到固定資產標準的工具、器具，應當于基建工程完工交付使用時，按照工器具采購成本”在本科目中核算；規(guī)定了“庫存物資在發(fā)出時，應當根據(jù)不同類別物資的實際情況采用個別計價法、先進先出法或者加權平均法，確定發(fā)出物資的實際成本”；規(guī)定了醫(yī)院對外出售衛(wèi)生材料要按實際成本沖減醫(yī)療成本。
(9)委托加工物資：核算醫(yī)院委托外單位加工的各種藥品、衛(wèi)生材料等物資的實際成本。醫(yī)院自制的藥品與衛(wèi)生材料的生產成本通過生產成本科目核算。
(10)待攤費用：新增規(guī)定“如果某項待攤費用已經不能使醫(yī)院受益，應當將其攤余價值一次全部轉入當期費用”，與“長期待攤費用”的劃分標準是受益期限是否超過一年。
(11)長期股權投資：明確股權與投出資產之間的差額通過“其他收入”或“其他費用”核算；應收股利或處置股權時的收益通過“其他業(yè)務收入――投資收益”進行核算。
(12)固定資產：不再進行通用設備與專用設備的入賬標準劃分；統(tǒng)一定義為“指醫(yī)院持有的預計使用年限超過1年、單位價值在2000元以上、在使用過程中基本保持原有物質形態(tài)的有形資產”；規(guī)定醫(yī)院“根據(jù)固定資產定義，結合本單位的具體情況，制定適合于本單位的固定資產目錄、分類方法以及每類或每項固定資產的折舊年限、折舊方法，作為進行固定資產核算的依據(jù)”；明確經營租人與融資租入固定資產的會計處理方法；明確無償調入及接受捐贈在“其他收入”中核算；明確基建工程中的建筑安裝投資、待攤投資、設備(區(qū)分是否需要安裝)、直接購入現(xiàn)成房屋的會計處理方法；區(qū)分了固定資產更新改造與正常維護的不同會計處理方法。
(13)在建工程：核算內容是指“醫(yī)院的非基建項目資金進行建筑工程、設備安裝等發(fā)生的實際支出”。
(14)無形資產：明確了無形資產的定義“醫(yī)院為開展醫(yī)療活動、出租給他人或為管理目的而持有的且沒有實物形態(tài)的非貨幣性長期資產，包括專利權、非專利技術、商標權、著作權、土地使用權等”，商譽不再屬于無形資產。規(guī)定了無形資產的入賬方式及累計攤銷的會計處理。
(15)應付賬款：規(guī)定“醫(yī)院為在建工程和基建工程項目與施工企業(yè)結算發(fā)生的應付工程款，也在本科目核算”；核銷的應付賬款計入“其他收入”。
(16)其他應付款：調整了核算內容：現(xiàn)行制度列舉的“代扣代交的住房公積金、個人所得稅等”被刪除，新制度列舉的是“應付經營租入固定資產的租金、存入保證金等”。
(17)專用基金：調整了核算內容：現(xiàn)行制度中核算包括修購基金、職工福利基金、住房基金、留本基金等各種專用基金，新制度中僅“核算醫(yī)院按規(guī)定設置、提取的具有專門用途的凈資產，如留本基金等”，但也提到了可以“按規(guī)定提取其他基金”。
(18)財政補助收入：核算內容新增“科研補助”、“教學補助”。
(19)醫(yī)療收入：將“藥品收入”作為其明細科目核算；明確收入確認的條件是“在已提供醫(yī)療服務(包括已發(fā)出藥品)同時收訖價款，或者已提供醫(yī)療服務并預計很可能收到醫(yī)療款項時，按照規(guī)定的醫(yī)療收費標準計算的金額確認入賬”。
(20)其他收入：核算內容減少為“如財產物資盤盈、捐贈收入、確實無法支付的應付款項等”的收入。
(21)管理費用：將現(xiàn)行制度核算內容中的“借款利息(利息支出減利息收入)、匯兌損益以及相關的手續(xù)費等”調整到“財務費用”科目中核算，管理費用每期不再分攤。
(22)其他費用：將現(xiàn)行制度中的其他支出科目的核算內容納入到該科目核算，如“財產物資盤虧、毀損損失，捐贈支出”等。
