國庫集中收付制度是指以國庫單一帳戶體系為基礎，將所有財政性資金都納入國庫單一帳戶體系管理，收入直接繳入國庫和財政專戶，支出通過國庫單一帳戶體系支付到商品和勞務供應者或用款單位的一項國庫管理制度。
一、國庫集中收入收繳及核撥業務的會計核算
國庫集中收入收繳分為直接繳庫和集中匯繳兩種方式。國庫集中收入收繳及核撥業務的會計核算國家沒有明文規定，就作者所在地而言先后經歷了三個階段。第一個階段：收入收繳國庫業務作為備查賬處理；核撥業務作為事業收入處理。第二個階段：收入收繳國庫業務納入單位總賬，設置應繳財政專戶款科目核算；核撥業務仍按事業收入處理。第三階段：收入收繳國庫業務回到第一階段，作為備查帳處理；核撥業務分兩種情況處理，預算內核撥回的資金視為財政撥款核算，財政專戶核撥回的資金專設財政專戶返還收入科目核算。上述三個階段的核算從財務控制角度來看都不夠科學，不夠嚴謹。建議如下：
(一)國庫集中收入收繳業務納入單位總帳統一核算
應繳預算款和應繳財政專戶款科目除按收入項目設置明細科目進行明細核算外，專設“應收欠款”二級科目核算各類收入欠款，與應收賬款科目相對應。單位繳入國庫的金額等于單位應繳預算款和應繳財政專戶款科目的借方累計額。這樣就形成了繳款單位或繳款人、收款單位、國庫三者之間和會計與出納兩者之間的相互制約，相互牽扯。有利于加強財務控制，防范財務風險。
(二)國庫核撥收入按繳入國庫總額確認收入，國庫集中資金作為支出處理
收入繳入國庫之后，有的地方財政先按一定比例集中資金，集中之后的余款再按進度核撥給預算單位。預算單位按實際核撥數確認收入，財政集中部分不作帳務處理。這樣，單位收入的全貌和收入繳撥的全過程均不能得到全面反映，不利于績效評價。因此，建議收入按繳入國庫總額確認。并在財政補助收入或撥入經費科目下設置“財政國庫核撥收入”二級科目核算繳入國庫單一帳戶核撥的資金；設置“財政專戶核撥收入”一級科目核算繳入財政專戶核撥的資金。地方財政按比例集中的資金視同納稅，作為支出處理，設置“國庫集中資金支出”科目進行單獨核算。
二、國庫集中支付業務的會計核算
國庫集中支付業務包括財政直接支付業務和財政授權支付業務兩種。財政直接支付是指由財政部門向中國人民銀行和代理銀行簽發支付指令，代理銀行根據支付指令通過國庫單一賬戶體系將資金直接付到收款人或用款單位，實行財政直接支付的支出包括工資支出、購買支出、中央對地方的專項轉移支付、轉移支出等
。財政授權支付，是指預算單位按照財政部門授權，自行向代理銀行簽發支付指令，代理銀行根據支付指令，在財政部門批準的預算單位的用款額度內，通過國庫單一帳戶體系將資金支付到收款人帳戶，實行財政授權支付的支出包括未實行財政直接支付的購買支出和零星支出。
(一)財政直接支付業務的會計核算
現行規定：預算單位提交《財政直接支付申請書》時不進行會計處理，收到代理銀行開具的“財政直接支付入帳通知書”時按入帳通知書中標明的金額確認收入和支出等。實際工作中，一方面，預算單位在工資中代扣的職工“五險一金”等款項的代扣代繳業務無法在會計核算中得到體現，其核算為：單位計算應發工資時。借：事業支出（應發數）；貸：應付工資（離退休費）等（應發數）；單位收到“財政直接支付賬通知書”時。借：應付工資（離退休費）等（應發數）；貸：財政補助收入或撥入經費（應發數）
另一方面，當直接支付的申請計劃與財政直接支付入帳通知書中標明的金額不相等時，將出現單位額度結余小于國庫集中支付大平臺額度結余的現象可通過設置“財政直接支付額度”科目解決，其核算如下：
(1)單位申請財政直接支付計劃時，憑財政批復的“財政直接支付計劃通知書”金額。借：財政直接支付額度；貸：財政補助收入等科目。
(2)計算應付工資時。借：應付工資等科目（應發數）；貸：事業支出（應發數）。
(3)實際支付時，憑發票和財政直接支付入帳通知書金額。借：應付工資等科目（應發數）；貸：財政直接支付額度（實發數）；貸：其他應付款——代扣醫療保險等科目。
(4)繳納五險一金時。借：事業支出（單位繳款數）；借：其他應付款——代扣醫療保險等科目（代扣個人繳款數）；貸：零余額賬戶用款額度（單位繳款數）；貸：財政直接支付額度（單位代扣數）
(二)年終預算結余資金的會計核算
如果財政直接支付業務的會計核算如前所述設置“財政直接支付額度”科目反映其計劃額度下達和直接支付過程，則年終預算結余資金的核算可按以下情況處理：
(1)年終額度結余的處理。借：財政應返還額度；貸：零余額賬戶用款額度（授權支付額度結余）；貸：財政直接支付額度（直接支付額度結余）。
(2)年終指標結余的處理。借：財政應返還額度；貸：財政補助收入。
(3)次年恢復額度和指標的處理。借：財政直接支付額度（直接支付額度結余加直接支付指標結余）；借：零余額賬戶用款額度（授權支付額度結余加授權支付指標結余）；貸：財政應返還額度。
三、結論
實行國庫集中支付減少了資金層層下撥的環節，消除了財政資金在各預算單位沉淀的現象，提高了資金利用率。但其核算存在財務控制缺陷，需做四個方面的思考： 預算單位繳入國庫的收入納入單位總賬，設置應繳預算款和應繳財政專戶款科目統一核算，取消備查帳。國庫核撥回預算單位的收入按繳入國庫總額確認，國庫集中的資金作為支出處理，設置“國庫集中資金支出”科目核算。國庫直接支付業務設置“財政直接支付額度”科目反映其計劃額度下達、額度支付和額度結余過程。年終預算結余資金的核算將授權支付結余和直接支付結余核算方法統一，減少上年財政直接支付指標結余支出與當年直接支付支出相混淆的現象。
