事業單位的會計制度是為了監督單位的經濟業務和財務情況，我國事業單位會計制度已經實行了十幾年，一直在不斷的改革和發展，但還是存在不科學的地方，而一個事業單位要想在市場競爭中站穩腳跟，完善的會計制度是必不可少的，必須通過規范合理的會計制度來實行單位的管理，以滿足單位發展的需要。
一、事業單位會計制度的缺陷
(一)會計理論不全面
目前我國的事業單位會計制度主要適用于國有事業單位，明顯已經不能適應經濟的發展，逐漸發展起來的民辦或其他非國有事業單位不能進行全面的會計核算，這是會計制度的適用范圍問題。另外就是會計要素的不全面，事業單位會計準則所劃分的會計要素與企業的有部分差別，確切的說，事業單位的會計要素沒有企業的全面，企業會計要素中的利潤在事業單位中能找到與之相對應的內容，但卻不屬于會計要素的組成部分。
(二)制度不一
現在我國的事業單位已經分為了國有和民間兩種，《事業單位會計準則》和《事業單位會計制度》主要應用于國有的事業單位，而《民間非盈利組織會計制度》，顧名思義是適用于民間事業單位，同樣是事業單位，卻要采用不一樣的會計制度，造成信息的交流溝通阻礙，兩種事業單位不能采用統一評判標準，無法對其經營狀況進行比較，影響到全面管理。
(三)核算問題
現有的兩種主要記賬基礎分別是收付實現制和權責發生制，目前事業單位采用收付實現制，但該會計記賬基礎主要是適用計劃經濟下，由國家提供事業單位的資金的情況。進行核算時固定資產不計提折舊，這與企業的核算不一致，而且也影響到信息的真實性，固定資產的價值反應的還是其歷史成本，而現值與歷史成本肯定存在不同程度的差異，最終導致單位的凈資產和成本與事實不符，不能準確的進行經營成果的確認。
(四)會計報表問題
目前事業單位的會計制度只對資產負債表和收入支出表的編制做出要求，而不要求編制現金流量表，通過現金流量表的分析能更準確的掌握事業單位的財務狀況，了解單位現金的來龍去脈和現金收支構成，評價單位的經營狀況，并預測單位的未來發展前景，但事業單位沒有編制現金流量表，也就不能動態的反映單位的現金流量，無法獲得現金流量表提供的功能。而且資產負債表的項目也不夠科學，現在的資產負債表既包括了靜態類的資產、負債項目，也包括動態類的收入、支出項目，兩類性質不同的項目表現在同一張報表上，會造成信息的混亂，不利于通過報表來分析事業單位經營狀況。
二、事業單位會計改革的方向
(一)解決報表問題
首先是應加入現金流量表，作為反映單位動態經營活動的重要手段，是事業單位會
計內容不可缺少的。另外就是要修正資產負債表的缺陷，資產負債表應該要包含資產、負債及所有者權益，以“資產=負債+凈資產”為編制依據，全面的反應事業單位的財務狀況，去除收入和支出兩類，避免信息混亂和重復，也能相應減少會計工作量。
(二)完善會計制度
國有和非國有事業單位應該有一個統一的會計準則，同樣是事業單位，應該互通有無，共同提升，這要求兩者的信息溝通要順暢。兩者的信息應該是經過同一標準進行獲取和統計的，信息的表達方式也是相同的，這樣才具有可比性，才能準確的反映兩者的差異，而且信息的來源程序一致才能保證其溝通的順利。根據現在的經濟發展現狀，國家應研究出一套完善的會計制度，使國民事業單位不分家，都能適用，這樣才能達到上述的效果。必須承認的是國有事業單位和民間事業單位有一定區別，需要通過調整政策和會計制度，來很好的融合兩者，是其在總體上采用相同的會計制度，在細節上反映出自身的特點。
(三)轉變記賬基礎
目前事業單位主要采用的收付實現制具有簡單易操作的特點，反映單位的經營情況也比較直觀，但其缺陷也隨著社會的改革深入而日益明顯，通常一些大的項目的實施與貨款的到位存在時間間隔，給單位造成賬實不符的情況，這樣就不能準確的反映其經濟狀況，導致會計信息失真。而權責發生制不僅能解決上述問題，還能全面的揭示出單位的負債，并盡量避免因隱性負債而帶來的隱藏的問題，做到有效的提供會計信息，使單位在瞬息萬變的市場環境中準確的定位自己，以風險導向的內部控制也越來越重要，這為權責發生制的運用提供了空間，采用權責發生制作為記賬基礎可以說是市場需要，也是單位自身發展的需要。
(四)合理借鑒經驗
事業單位會計制度的改革是一項長期性的工作，若要保持與時俱進就必須不斷的改革和完善，可以跨時間和空間進行合理的經驗借鑒，國際上有很多成功的范例，可以通過多種方式進行學習，當然，并不是所有成功的方法都能在我國的事業單位中產生同樣的效果，要結合我國的特殊國情，以及事業單位本身的特點，進行選擇性的借鑒，達到不斷完善事業單位會計制度的目的。
