2012年1月1日開始執行的《醫院財務制度》對醫院開展成本核算提出了明確和全面的要求，在強調醫院加強成本管理的同時，對成本核算的一系列內容作出了明確規定，所謂的醫院成本核算體系是按實用的成本分類，按經營層次（單位）和醫療產出單位，建立不同層次、不同項目的目標成本計劃制度，并核算實際成本，以加強成本管理。建立醫院成本核算體系必須具備各項財務管理、經濟管理和醫療產出管理的基礎工作條件，并與財政管理政策相適應，因此需要經過逐步改革和完善的過程。成本核算是按照《醫院財務制度》有關成本費用開支范圍的規定，依據醫院管理和決策的需要，對醫療服務過程的各項耗費進行分類、記錄、歸集、分配和分析，提供相關成本信息的一項經濟活動，目前以科室成本核算和醫療服務項目成本核算為主，今后應逐步創造條件，建立科室成本、醫療服務項目成本、病種成本，以及日/床醫療成本和門診人次醫療成本等標準成本和實際成本核算的方法和制度。但是醫院成本核算在實際操作中依然存在以下難點：
一、 醫院經濟管理薄弱，造成核算工作難度大
雖然新制度對成本核算的內容作出了明確的規定，但是由于目前醫院的統計工作正由“封閉型”轉向“開放型”，隨著醫院成本核算內容、范圍及服務對象都有較大地拓展和延伸，醫院財務、物資管理部門統計各種收支數據、物資資料的方法比較簡單，造成進行成本核算的數據資料統計不全面，無法滿足新制度中對成本核算的要求，使核算工作難度加大，不能完全真實反映醫療活動的財務狀況和經營成果。
二、 現有醫療定價制度，使醫療成本存在不可比性
醫院各醫療項目成本情況復雜，目前執行的部分基本醫療服務收費標準方面明顯低于成本，使得醫療收入與成本、直接成本和間接成本不配比，醫療成本在項目和病種方面不易測算和比較；同時醫療服務項目成本的特殊性造成同一項目不同醫院成本費用差異很大，很難準確確定每個項目成本費用，又因醫療服務項目成本是一種動態成本，同一醫療服務項目成本費用都要因人而異，在醫療服務過程中消耗工時、設備、材料都會有所不同，這些成本問題使醫療成本的不可比性增大。
三、 醫療服務的不可預知性，使醫療成本核算存在多變性和不確定性
每個醫療服務項目的提供，都會因就醫者對醫療服務項目的需求時間、適應程度、醫療服務方式選擇及個體差異不同，從而使醫療服務的成本有所不同。一項新技術的應用同樣可以改變一個醫療項目的成本結構，既可使其效率提高、成本降低，也可因其投入過高使成本增加，這種醫療成本的不可預知性，使醫療項目成本的測算、分攤和評價存在多變性。
四、醫療服務對象的多樣性，造成成本核算的復雜性
醫療服務行業作為一種特殊行業，醫療服務對象多樣，醫療服務項目多達上萬項，由于醫務人員的專業性，使就醫者往往處于被動。在醫療服務活動中，醫療服務項目及服務量的主動權不在于就醫者，而在于醫務人員，這就使得同一種疾病針對不同病人來說，因其診治方式、病情程度不同亦可使醫療服務項目成本發生變化。在現有的政治經濟環境和內部管理環境條件下，醫院為增強和提高核心競爭力，滿足群眾日益增長的醫療服務需求，醫院會不斷努力提高醫療技術水平，引進和使用新設備、選擇適宜的新技術，通過增加醫療服務項目和擴大服務量來彌補醫療項目收入的減少，這樣勢必增加成本核算的復雜性，難以反映各項業務實際成本的發生情況，如果醫院不能很好的進行成本核算，那么醫院管理者的決策失誤不僅會導致醫療服務的虧損，而且會造成醫療服務總成本的失控和社會衛生資源利用的不合理。
五、醫院信息管理系統開發滯后阻礙了醫院成本核算的進程
醫院信息管理平臺不完善或不健全，各部門計算機網絡系統建立不配套或不兼容，電子信息化系統下設置的成本項目編碼未能實現與會計科目的銜接，使各種成本數據無法歸集，信息資料傳遞手段落后，許多數據處理只有通過手工處理才能使用，根本不能適應現階段醫院成本核算的需要。
隨著三年醫改的不斷推進，醫藥衛生體制改革的不斷深入，醫院管理既要滿足廣大人民群眾的需要，又要適應市場經濟體制的變化，成本核算是成本管理體系中的核心部分，解決好核心部分的難點，其他部分的難點也就迎韌而解了。公立醫院應完善HIS系統，提高醫院各項工作的效率和質量，積極建立科學的管理機制，培養管理人才，樹立和培養全員、全過程參與的成本意識，各負其責，有效地提供成本核算資料，利用規范的操作方法分析、計算、分攤各項收支，用向心性和以整化零的辦法處理資料不完整，由粗到細循序漸進，將成本核算與績效評價相結合，提高醫院的經濟效益和核心競爭實力。在成本核算的基礎上，建立公立醫院新型財政補償方案，使公益性醫療服務虧損得到足額補償，為國家制定合理的醫療服務價格的制定和基本醫療保險結算制度的建立提供依據。
