根據現代內部控制理論，高校內部控制的目標是合理保證辦學合法合規、資產安全、財務報告及相關信息真實完整，提高辦學效率和效果，保證高校實現持續發展。高校內部控制不但是會計系統的內部控制，而且包括整個高校管理體制內的控制。進入新世紀以來，我國高等教育事業迎來飛速發展，各高校相繼加大資金投入，提高資源配置效率，辦學風險隨之出現。高校應對風險采取相應的防范措施，必然要建立完善的內控制度。但是，當前高校內部控制的現狀與現代內部控制的要求存在一定的差距，一些內部控制方面的缺陷帶有普遍性。只有充分認識這些缺陷，制定相關對策，完善內控機制，才能提高高校經濟管理水平，保證高校國有資產安全。
一、我國高校內部控制現狀
進入新世紀以來，我國經濟社會各方面發生了很大的變化，高校作為我國科研和文化的前沿陣地自然也不例外。高校已經由原來的政府機構的附屬物，逐漸轉化為有較強自主能力和核算能力的實體，這不但順應經濟發展的大潮流，也從根本上激發了高校自身的主動性和創造性。但是，高校自身的變化也帶來了一系列的問題，其中高校內部的管理與控制成為了這些問題的中心。現階段，高校的辦學規模不斷擴大，收費及上級撥款大幅度增加，基本建設和教學設備采購顯著增多，高校領導機構和某些職權部門的權力不斷增大，而高校在管理和制度上的建設卻相對滯后。近年來發生在國內高校的相關腐敗問題都是由于內部控制薄弱、內部控制執行不力等原因造成的。高校的職務犯罪頻發，說明高校的內部控制狀況堪憂。
二、內部控制存在的問題
1.內部控制環境較差。目前我國涉及內部控制的法律法規相當有限，并且在執行過程中經常出現“有法不依，執法不嚴，違法不究”的現象。有的高校根本就沒有內部控制制度；有的高校雖有，但幾乎形同虛設。此外，內部控制意識薄弱，內部控制制度的具體執行者，從單位負責人到普通職工，不少人根本不知道什么是內部控制制度，了解內部控制的人就更少了。目前，有的高校出現的管理混亂，最重要的一個原因就是內部控制意識薄弱。
2.內部控制執行不力。這主要體現在兩個方面。一是內部控制存在漏洞，由于內部控制設計得不夠全面，沒有覆蓋所有部門和人員，沒有滲透到各個領域，授權不清，權責不明，存在管理漏洞，導致重復工作、效率低下等問題的存在。二是內部監督缺乏。內部控制是一個過程，這個過程是通過納入管理過程的各個環節完成的。由于高校普通的教職員工完全是以管理對象的身份來參與學校的各項教學活動的，所以他們便處于被管理和監督的位置。與此形成強烈對照的是，對于高校高層和中層領導的監督實際上處于真空地帶。由于缺少了內部監督，內部控制制度不能真正有效地運行。
3.資產管理存在缺陷。
（1）貨幣資金方面。高校貨幣資金內部控制主要是針對會計系統貨幣資金的安全管理，貨幣資金的安全管理主要體現在防盜竊、防貪污、防詐騙等方面。完善的內部控制制度是保證貨幣資金安全性的前提，特別是不相容職務不能同時由一人擔任。例如，出納與銀行對賬職能不能由同一個人擔任。但有的院校由于會計人員短缺，安排同一個人同時擔任出納和對賬工作，為貨幣資金安全帶來隱患。由于很多高校的院系都具備對外培訓等各種創收能力，高校貨幣資金的內部控制也應該包括對院系創收資金的安全監管。
（2）固定資產管理方面的內部控制缺陷。固定資產內部控制主要在采購、日常管理等環節。但很多高校在這兩個環節的控制不夠，造成諸如虛報價格、相關經辦人員吃回扣等現象屢見不鮮；其他如儀器設備重復購置、使用率不高，甚至閑置等問題比比皆是。
（3）設備采購招標管理方面的內部控制缺陷。目前，很多高校物資采購都采取了政府采購模式，雖然招標管理制度比較完善，但高校設備采購專業性很強，技術指標難以把握，市場行情也比較復雜，高校的采購人員在招標工作中的參與程度、參與形式較難把握。基建、大宗物資采購案件在高校腐敗案中常見諸報端。由于擴招、擴建的需要，高校近年來基本建設和物資采購工作急劇增加，有的高校每年用于基本建設和采購資金都達上億元，形成了較大資金量，成為腐敗案件發生的重點領域。
三、完善高校內部控制的措施
1.完善控制環境，加強高校財務內部控制。高校應改善內部控制環境，樹立人人參與內部控制意識，使全體員工自覺執行內部控制制度，主動向管理層報告工作中發現的內部控制相關缺陷，并提供改進內部控制的意見和措施；高層管理人員要積極參與內部控制制度的制定，認真執行內部控制制度。同時，高校更應關注財務內部控制，建立科學、嚴密的企業財務內部控制制度。高校要加強關鍵人員的管理，如院系負責人和財務負責人；要控制住關鍵環節，如采購程序、審批程序、交接程序等；要保管好關鍵物品，如財政收據、發票、支票及印簽等；要重點控制關鍵工作崗位，如銀行出納、現金出納等。
2.提高高校員工素質。人才是高校發展的靈魂，無論是教輔崗位還是管理崗位都應該配備合格的高素質的工作人員。內部控制系統要想發揮其應有的作用，不僅需要科學、完善地建立其控制制度，更重要的是嚴格執行，而執行好壞在很大程度上受執行人素質高低的影響。隨著高校辦學規模不斷擴大，人員的需要量也隨之增大，引進什么樣的人員，以及如何合理安排原有的人員，都將直接影響到高校的發展。加強人事管理，提高人員素質也成了當今高校內部管理的目標之一。內部控制是由人來設計和實施的，管理者和員工都是內部控制施行的主體和客體，并通過自身的工作直接或間接地影響著他人的工作和整個內部控制系統。所以，內部控制的有效實施關鍵在于每個管理者和每個員工都要清楚自己在學校中的作用和在內部控制中的位置和角色。只有每個人都明確自己的分工，與整個學校積極協調一致，才能高效推進內部控制的運行。
3.建立對支出的控制制度。高校的日常支出是非常頻繁的，尤其是一些費用支出，特別是各院系有一定的創收自主權，名目繁多的支出就更多了。每一筆費用支出看起來額度不大，可是累計起來卻也是相當驚人的，在這些費用之中不乏一些不必要的支出，造成了資金的浪費和國有資產的流失。比如招待費、電話費，都屬于應該嚴格控制的支出項目，如果在管理上松懈，就容易出現浪費現象，使這些資金成了個別人的消費資金，就會擠占正常的教學經費，使高校的發展受到影響。所以一定要嚴格支出控制，定期不定期地對相關支出進行審查，保證國有資產得到充分有效的利用。對那些浪費資金的行為要堅決地加以制止和糾正，必要時可以利用法律武器對這一行為進行制裁。
4.增強內部控制執行力。內部控制制度能否發揮其效能，執行是關鍵，因此一定要做到有法必依，執法必嚴，違法必究。各高校領導人要轉變思想觀念，充分重視內部控制制度的作用。要不斷提高員工的思想和業務素質，可以通過競爭上崗、公開招聘、崗位輪換等方式，選拔綜合素質高，業務能力精，管理能力強的人員從事內部控制關鍵崗位的工作。
5.建立財務風險管理機制。現階段高校的辦學規模越來越大，各種基礎設施的建設也越來越多，由于國家對于高校的財政撥款是有限的，不能完全解決高校建設資金需求的問題，這就使得高校不得不多渠道籌集資金，從而加大高校的財務風險。目前高校籌集資金的渠道基本是銀行貸款，通過貸款可以解決建設資金不足問題，但是，如果對貸款的風險估計不足或不充分，會使高校的財務狀況惡化，背上沉重的債務負擔，有時只能舉新債還舊債，造成惡性循環。不但沒有解決資金問題，而且還會阻礙高校的發展。因此，一定要建立財務風險管理機制，在籌集資金以前進行科學、合理的分析、論證。在保證資金使用量的同時，努力降低資金成本，避免舉債過多而造成閑置資金；對于每一筆資金在籌集時要做到有嚴格的論證和審批程序，做到高瞻遠矚，防患于未然。
6.建立和完善內部審計制度。內部審計是內部控制體系中的重要部分，它運用審計的方式對內部控制進行監督，是用于控制內部控制。建立和完善內部審計制度可以幫助管理人員找出控制工作中的缺點和弊端，從而促進內部控制的完善和發展；內部審計還可以發揮監督作用，保證資產的安全，避免浪費，揭露腐敗行為。高校可以采用多種內部審計形式，不但要有傳統的財務收支審計，更要引入領導干部離任審計、財政支出績效審計等形式，必要時可使審計工作外部化，聘請專業注冊會計師來進行相關審計工作，使內部審計真正發揮監督作用。
