一、營業稅改征增值稅所造成的地方可用財力減少的問題
首先需要解決的一個問題是地方可用財力減少的問題。營業稅改增值稅是1994年分稅制改革的歷史遺留問題。在目前的分稅制體制下，營業稅是地方第一大稅種，營業稅改征增值稅后，中央分享75%，地方分享25%，營業稅又是地方政府收入，即便稅收收入不變，地方政府收入也會減少75%?；诂F實，中央決定試點期間原歸屬試點地區的營業稅收入，改征增值稅后收入仍歸屬試點地區，暫時擱置了在收入分配上的爭議，而優先考慮了增值稅制度變革目標，但這并不是長遠之計，當試點推向全國，或是要進行增值稅立法時，這一分享比例就不得不塵埃落定了，這是增值稅擴圍將要面臨的最大問題。而此時地方將缺乏能提供穩定收入的主體稅種，雖然從理論上，房產稅能擔當地方主體稅種的角色，但我國房產稅尚處于試點階段，短期內難以在全國范圍內普遍推廣，而呼聲很高的資源稅也不足以在全國范圍內擔任地方稅種的龍頭。或者按照現行試點的方案，改征增值稅后收入仍歸屬試點地區，那么理論上也存在地方財力小幅缺口彌補問題，是開征新的地方稅源，還是加大中央的財政轉移力度，還需要進一步討論。
二、擴大增值稅征收范圍所要差別規范的各類優惠政策
現行營業稅分交通運輸業、建筑業、金融保險業、郵電通信業、文化體育業、娛樂業、服務業、轉讓無形資產和銷售不動產九個稅目。那么，如果這些項目全面納入增值稅征收范圍后，是統一按現行的標準稅率17%征稅，還是另設一檔稅率？如果另設一檔稅率，稅率水平多高合適？從理論上說，增值稅是中性稅，它不會因生產、經營的內容不同而稅負不同，要求的稅率檔次相對要少。而營業稅是行業差別稅率，體現著政府對特定行業的扶持和引導。若要將增值稅的征稅范圍覆蓋至營業稅領域，則必然面臨這兩種理念的沖突。對此，如何注入產業優惠因子，在擴大征稅范圍的同時按不同稅率征收，以體現對不同行業的優惠策略。若進一步分析企業所得稅政策的特點，則發現企業所得稅的產業導向政策主要集中于優惠領域，而優惠的重點在“創新”和“環?！保热鐚ζ髽I從事環境保護、節能節水、公共基礎設施項目，購買研發設備，開發新產品、新技術、新工藝等給予優惠；稅率優惠重點則在于小型微利企業及高新技術企業，這些優惠政策具有普適性，但缺乏針對特定行業的優惠、引導政策。
三、擴大增值稅征收范圍所涉及到的政府間財政體制重構及解決縣鄉財政的問題
縣域經濟的發展狀況如何，直接關系到中國經濟和社會的整體發展狀況?，F行的分稅制是中央先行決定與省以下分稅，然后是省決定與市以下分稅。到后來，特別是農村稅費改革之后，基層政府失去了最重要的財源。目前其實就是要通過“省管縣”的財政體系的調整，來保障縣一級在公共服務和社會管理上的財力投入。財力是當務之急，用財政體制，保障縣一級在公共服務上的投入，約束縣一級財力的濫用。因此，當我們在研究如何改革和完善省以下財政體制的同時，更應該關注涉及營業稅轉征增值稅的整個財政體制的問題。
從收入的角度來說，五級政府架構違背了“分稅種形成不同層級政府收入”的分稅制基本規定性，使分稅制在收入劃分方面得不到最低限度的可行性，與分稅分級財政的逐漸到位之間不相容，而三級政府可以實現省以下財政收入的規范劃分，解決分稅分級體制和現在省以下理不清的財政體制難題；從支出的角度來說，市政府基于政績的需要，往往集中縣財力建設地級市，從而富了一個地級市，窮了諸多縣和鄉鎮，形成“市壓縣”、“市刮縣”的局面。而縣在市的行政壓力下，又將財政收支的壓力，通過層層分解，壓到了基層的廣大農村，進而使得越往基層地方政府的財政越是困難。因此，現有的財政體制沒能較好地對各級政府的事權進行劃分，進而導致了縣鄉兩級政府履行事權所需財力與其可用財力高度不對稱，必須削弱市級政府的財權甚至取消才能有效地緩解縣鄉財政困難。
在增值稅“擴圍”后，為了彌補地方財政收入的損失，一個思路是相應提高增值稅的地方分享比例。然而，這顯然會進一步加劇現行增值稅收入分享體制的弊病。鑒于此，希望能夠借著增值稅“擴圍”這一契機，重新構建我國政府間財政體制。這一體制不應僅僅著眼于提高地方的分享比例，而應該能更為科學、更為合理地在中央和省、省和市、縣之間劃分收入。但是，建立這樣一個新的體制對既有利益分配格局的沖擊也是顯而易見的，在這一體制中如何兼顧各方面的利益，從而獲取地方政府的支持，將是增值稅“擴圍”改革能否取得成功的關鍵。
四、擴大增值稅征收范圍所涉及到的國地稅之間的關系與征管問題
分設國、地兩套機構是推行分稅制的產物，在我國的稅收征管系統中，存在國稅和地稅兩套人馬，營業稅改征增值稅以后，如何協調兩套系統之間的關系也是這一次上海試點需要探索解決的問題。營業稅原來都是地方稅務局征的，現在如果一部分營業稅改成增值稅的話，到底是由國稅局還是地稅局征，在征收管理方面還需要協調一下。稅務機構“合二為一”，固然能夠從根本上降低稅收征管成本、減輕納稅人的負擔，避免“搶稅”矛盾，但稅務機構將要面臨的是減員，還有領導干部的重新配置安排問題也很棘手，這也許才正是國稅地稅合并的難點之所在。
再者，營業稅改征增值稅后，具體操作上如何實施？也需要嘗試著去解決。營業稅基本上是按營業毛收入征稅，不涉及進項扣除，使用普通發票核實收入即可。改征增值稅后，情況就會有明顯變化，納稅人既要如實核算收入和進項扣除額，還要規范使用增值稅專用發票，要比營業稅的管理復雜。以交通運輸業為例，它面向企業和個人的多，運費金額小、零星分散，涉及的發票多，屬于勞務服務，提供周期短，這便為征管核算帶來了一定難度。
