一是促進信息化管理網絡建設。增加財政投入，逐步建立覆蓋全縣的新型農村合作醫療信息網，增加資金運作的透明度，降低管理成本，確保數據準確，避免人工審核報銷的弊端。從2006年7月1日開始，農民在縣內門診住院醫藥費可實行實時刷卡報銷。
二是加強資金運行管理。設立專用賬戶，實行財政專戶儲存，專款專用，利息計入合作醫療資金。實行收支兩條線、資金封閉運行；縣鄉農醫辦嚴格執行管理制度，規范報銷程序和審批制度；每月實行網絡和村務公開欄公布，每年通過千島湖報刊公布，接受社會監督；配合審計部門進行基金審計，保證資金安全。
三是協助加強對定點醫療機構的管理。積極協助相關部門加強對規范診療行為、控制醫療費用等方面的監督管理，嚴格各項補助資金的審核撥付，提高醫療機構的自我約束和自我管理能力。
