所謂的內部控制制度就是指某些單位為了提高自身的會計信息質量，保證其自身會計資料的準確性與可靠性，確保其所擁有資產的安全性與完整性，并在充分符合有關法律及法規的基礎上而制定的一系列會計論文相互協調的方法、措施和程序，即這些單位在其內部對會計業務、會計記錄和會計報告的可靠性有直接影響的經濟業務所實施的過程控制。
而事業單位作為社會主義市場經濟體系中的一個獨立群體，其所建立的內部控制制度有著極強的行政單位的性質，長期以來習慣于用其經驗來代替內部控制制度，但是隨著事業單位體制改革的延續，大部分事業單位原先在經驗基礎上建立的內部控制制度已經逐漸不能適應其改革的需要，而有些單位雖然對原先的內部控制制度進行了一定程度上的改革，但是由于其缺乏一定的約束力從而使得其實際的執行效果并不是很理想，并且在某些重大事項的決策上及預算的執行方面出現了巨大的漏洞，從而使得事業單位對其內部控制制度必須進行全面徹底的改革。
一、事業單位內部控制制度的存在意義
事業單位為了充分保證其會計資料的真實與完整，提高其會計核算的質量，規范其會計業務流程及行為的合理性，維護并有效的運用其所擁有的資產而制定了一系列的內部會計控制制度，并以此來促進其單位各項方針和政策的有力執行。由于事業單位的內部控制制度貫穿于事業單位所從事的經營管理活動的各個方面，因此可以說為了有效地加強對其所從事的經營活動的管理，有效地應對事業單位體制改革之后的新局面，必須要根本上對事業單位現有的內部控制制度進行大力的改進，建立健全適應改革后新情況的新的內部控制制度。
二、事業單位現有的內部控制制度存在的問題
（一）對內部控制制度認識不夠及觀念偏差。
在很長一段時期以來，大部分事業單位的領導層普遍對其自身單位的內部控制制度存在認識上的偏差，這使得大部分事業單位的內部控制制度普遍存在著其制度不夠健全，業務不夠規范的弊端，使得內部控制制度的作用無法得到充分的發揮。而有些事業單位雖然也根據其自身的特點建立了內部控制制度，但是實質上并不加以認真執行，其建立的目的僅僅是為了應付檢查，走一些形式而已；還有些事業單位的領導層認為內部控制制度僅僅與本單位的財務部門相關，對其并不加以詳細的過問，從而無法對其形成有效的激勵與監督。
（二）會計核算制度及其流程不規范不合理。
一些事業單位的會計核算制度及流程長期以來存在著不規范不合理的狀況，并且一直未能得到有效的解決。例如在原始憑證的審核上，某些事業單位對原始憑證的審核不夠嚴格和規范，對那些沒有領導簽字、沒有單位蓋章、摘要不夠細致、發票內容籠統的原始憑證不加以盤問及追究，使得這些在內容上填寫不全的原始憑證照樣可以發揮其應有的作用。而在固定資產的賬務處理上，一些事業單位也存在著種種弊端，例如某些固定資產只是以賬面的形式存在，而在實際上卻已經不存在了，而有些固定資產并沒有被入賬，但實際上卻處于正在被使用的過程中，從而形成了固定資產的賬外形式。
（三）會計信息被無意有意的操縱造成失真。
事業單位的會計信息往往會出現失真的情況，這些情況或許是出于無意的，但是在大部分的情況下都是出于某種目的的。例如，一些事業單位為了解決其自身存在的資金不足的問題，往往通過采取隨意處置固定資產、惡意偷稅逃稅等方法來達到其目的，而這就要求本單位的會計人員通過辦理違法的會計事項而進行有目的的會計處理及核算，以及向主管部門或社會機構提供不真實的會計信息來實現。這些行為會使本單位的會計信息質量得不到應有的保證，并使得這些單位會由于會計核算口徑的不統一致使會計指標的可比性極差。
三、事業單位的內部控制制度中存在問題的改進措施
（一）健全法律法規來保障監督體系的有效。
如果要加強或改善事業單位的內部控制制度，就必須首先從健全事業單位的內部稽核制度入手，而這又被分為體系上的和制度上的。所謂體系上的健全就是指要建立健全明確的各級稽核崗位和稽核人員責任制，從而達到對各種憑證稽核工作的有力執行；而制度上的健全就是指要對其責任做到相應的明確，凡屬財務人員所執行的審核必須被充分的監督，一旦被財政部門和審計部門查出為不符合規定或違法，其根據情節的嚴重性必須被相應的懲處，而懲處的方式或許是經濟上的，也或許是行政上的，并在事后責令財務人員負責追查所出現問題的相應原因。
（二）根據成本效益原則完善內部控制制度。
各個事業單位在制定內部控制制度時應充分考慮本單位的實際情況，要充分做到對所制定制度可行性的負責。在制定其內部控制制度時，要充分考慮控制投入成本和控制產出效益的配比關系，針對那些在業務處理過程中發揮作用大、影響范圍廣的關鍵控制點要做到嚴格的控制。而對于那些只在局部發揮作用、影響范圍較窄的控制點，所投入的人力及物力要有所控制，其設立只要能起到監控作用即可。此外，一定要防止由于控制點設立過多而造成的單位經營管理活動不能正常運轉情況的發生。
（三）通過加強內部審計來改善其內控制度。
事業單位建立健全內部控制制度另一重要措施就是要加強其內部審計工作的執行力度，并使之規范化和制度化。從某種意義上說，健全內部審計制度是強化內部會計監督，提高會計信息的準確性和可靠性的有效手段，而實施內部審計也是事業單位進行內部控制的基本內容和方式之一，它的主要審計對象是原始憑證、記賬憑證、會計帳薄、會計報表等等，其主要目標是對內部控制制度的執行情況進行檢查，監督其單位內部各項規定的落實及執行情況，以便及時向上反饋及時改進，從而達到事半功倍的效果。
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