新修訂的《醫院會計制度》充分體現了醫院的公益性特點，強化了醫院的收支管理和成本核算，在醫療藥品收支核算、醫療成本歸集與控制、會計科目和財務報告體系等方面，凸顯了一系列重大創新。
分別適用醫療單位，按服務單位規范適用范圍新《醫院會計制度》按照規定，只適用于我國境內各級各類獨立核算的公立醫院，包括綜合醫院、中醫院、專科醫院、門診部（所）、療養院等。它的適用范圍不包括城市社區衛生服務中心（站）、鄉鎮衛生院等基層醫療衛生機構。企業事業單位、社會團體及其他社會組織舉辦的非營利性醫療機構可參照《醫院會計制度》。
確立以“權責發生制”為主的核算基礎新《醫院會計制度》改變了過去以收付實現制為其會計核算基礎的會計基礎，提出了以權責發生制為主的核算基礎，兼有收付實現制會計核算方式的核算基礎。
提出以“資產、負債、凈資產、收入和費用”等為醫院會計五要素醫院會計要素原為“資產、負債、凈資產、收入和支出”等五要素。新《醫院會計制度》改為“資產、負債、凈資產、收入和費用”等五要素，“費用”要素的改變，決定了醫院會計核算不僅有取得收入的事實，也有成本補償的需要。即醫院會計核算對象有收入，也要有費用，要有成本補償機制。
建立醫療成本核算體系，實現成本控制目標借鑒企業會計改革成果，建立醫療材料生產成本、加工成本、固定資產建設成本、醫療業務成本等成本核算體系。
建立完善的會計科目體系，滿足醫院會計核算需要原《醫院會計制度》下，會計科目體系不完整，核算內容不全面，有關確認計量標準不明確。為此，新《醫院會計制度》建立了7類會計科目，包括資產類、負債類、凈資產類、收入類、費用類等會計科目。
改變長期資產攤銷模式，確定長期資產補償機制新《醫院會計制度》打破原有思維，提出固定資產計提折舊、無形資產攤銷等長期資產補償機制，要求醫院通過成本補償尺度，從收入中收回固定資產及無形資產損耗價值。這樣，既能反映醫院固定資產和無形資產投資規模及其損耗程度，又能反映其實際價值。
引入謹慎原則，反映受托責任觀念新《醫院會計制度》基于謹慎原則，要求醫院不僅要求對資產進行折舊或攤銷，甚至對一些資產要求計提減值準備，還要對因或有事項所產生的現時義務確認負債，并建立“預計負債”會計科目加以核算。
取消藥品加成核算，真實反映醫藥成本新《醫院會計制度》取消藥品加成核算，實行醫藥“零差率”，徹底破除“以藥補醫”、“以藥養醫”的舊機制，要求醫院按藥品實際成本作為醫療業務成本的部分進行會計處理，以便真實反映醫藥成本，為加強醫院成本控制，考核醫院成本管理水平，提供會計信息做好會計基礎工作。
完善醫院財務報告體系，提供相關會計信息新《醫院會計制度》規定的醫院財務報表由會計報表及其附注組成。醫院的會計報表包括資產負債表、收入費用表、現金流量表、預算收支表、基建投資表以及有關附表。上述這些醫院的財務報表按編制時間不同，分為年度財務報表和中期財務報表。
強化成本控制，建立成本報表體系新《醫院會計制度》打破思維定式，在“總說明”特別第十條規定，醫院財務情況說明書至少應當對醫院的下列情況作出說明，包括：業務開展情況；年度預算執行情況；資產利用、負債管理情況；成本核算及控制情況；績效考評情況以及需要說明的其他事項。其中，醫院財務情況說明書中對成本核算及控制情況的說明應附有成本報表。新《醫院會計制度》設計的成本報表體系構成有：醫院各科室直接成本表、醫院臨床服務類科室全成本表和醫院臨床服務類科室全成本構成分析表。
