一、現行的會計集中核算管理的不足
現行的會計集中核算管理是近年來為加強財政監督，從源頭上預防和治理****而采取的一項制度創新措施。會計核算中心的職責：以會計集中核算為手段、以單一賬戶為基礎，融會計核算、監督、服務于一體的會計委派形式。是在行政事業單位資金所有權、使用權、財務自主權不變的前提下，取消單位的銀行賬戶、會計和出納，通過會計委托代理記賬，對單位集中進行會計核算和實行會計監督。
這些年推行會計集中核算管理的實踐證明，這種管理模式在加強單位資金的集中管理、提高會計核算水平、推進廉政建設方面確實發揮了一定的積極作用。但由于其自身地位及管理范疇的局限性，也存在著管理上許多不足之處。
1.會計集中核算缺少法律依托，不能真正發揮對本單位財政支出的監管作用
按照我國《會計法》規定，各獨立核算單位均是會計主體，而會計核算中心只是會計代理機構，主要負責記賬、算賬、報銷工作，不能對本單位財務管理發揮更大的作用。從財務活動監管的角度看，會計集中核算基本上只起到事后監督的作用。
會計核算中心與預算單位財務的職責分工難以劃清，不利于單位間工作協調
實行會計集中核算制后，會計核算中心負責核算報銷等業務，預算單位雖然仍保留著會計人員崗位，只負責按預算向會計核算中心下達撥款計劃，只花錢不記賬，其會計核算職責和監督職能都移交給會計核算中心承擔。預算單位和會計核算中心之間在會計信息資料的統計、分析口徑上會產生不一致，預算單位不能及時準確地掌握會計信息，削弱了其財務管理職能，造成財務管理與會計核算的脫節。
此外，實行會計集中核算，不能從根本上解決財政資金大量沉淀在單位賬戶中、撥付環節多、預算外資金繳納不及時等資金使用效率低的問題。會計集中核算制存在的以上不足，不能單獨依靠提高服務、制定管理辦法、加強部門間協調來解決，必須通過進行財政體制改革，才能徹底加以解決。
