在財權越來越集中的同時.政府的基本事權卻在下移。地方財政收入在總財政收入中的比重，1993年為78%，1994年實行分稅制后，即迅速下降，僅為44.3%，此后的十年間一直在這個水平徘徊。而地方財政支出的比重變化很小甚至增大，1990年為68%左右，2004年則微升至75%左右。
可以看出，通過分稅制改革，中央集中了大量的財政收入，約占財政總收入的50%～60%左右，與此同時，中央和地方的支出劃分幾乎沒有發生顯著變化，即分稅制沒有改變中央和地方的事權劃分格局。 在市場經濟條件下，義務教育、社會保障、公共衛生是政府必須承擔的最重要的職責，帶有非常強的外溢性特征，全國性的公共產品和服務理應由中央政府提供，政府的基本職能也必須依此來確定。如果由財力嚴重匱乏的基層政府來承擔，必然會導致這些基本公共服務的不足或嚴重不均等，并由此引發一系列社會問題。
正是由于各級政府財權與事權嚴重背離，分稅制就無法起到平衡地區差異的作用，更導致了地方政府財源縮減，促使其從預算外尋找收入來源.城市財政主要以出賣土地為自己籌集財政收入，越是東部地區.賣地收入占地方財政收入的比例越高，據周天勇先生的估計，2006年，全國各地的土地出讓金加起來有7000億元左右，大部分沒有進入預算。而縣鄉財政則只能靠收費和罰款來維持。由此，一種新的“二元財政”的格局開始形成。這是近年來我國地方政府行為出現的一個令人矚目的新變化。越是在農村，越是在農業地區.越是在經濟不發達地區，越是基層的小集鎮和小城鎮，對個體、中小企業的收費、罰款就越嚴重，甚至讓路政、交管、城管等上路收費和罰款，搜刮過路的汽車司機。2006年，地方政府各部門所收的預算外收費和罰款估計高達12000億元左右。而越是這樣做，縣鄉經濟就越是蕭條，投資少、創業難、就業機會少，甚至失去了吸收附近農村剩余勞動力的功能，出現了近年來剩余勞動力過度向大中城市轉移和流動的現象。財政部有關人士向《鳳凰周刊》透露，地方各級政府積累的顯性和隱性債務，目前已達到4000多億元。
有一種說法，認為分稅制確實把超過半數的財政收入集中到了中央政府的手里，但這并不能說明這些錢都被中央政府自己花了，實際上，其中60%到70%的錢是由地方政府支出的。地方政府的收入占整個財政收入約40%，其支出卻占到整個財政支出的60%到70%，中間的差額是由中央政府的轉移支付解決的。
問題在于，現行轉移支付存在著體制缺陷，轉移支付到了縣鄉這一級政府很難做到透明、規范。轉移支付中有相當一部分是通過專項補助進行的，至于補給誰、不補給誰，補助量的多少，既缺乏嚴格明確的規定，也不是嚴格依據事權而定；既沒有公開的預算，也不受人大的監督檢查，完全由官員個人負責操作，這就難以避免撥款的隨意性，也極容易造成縣鄉財政收入的不穩定、不公正。
應當明確，基層財政出現的困難和問題，并不是分稅制造成的，恰恰相反，是由于分稅制不到位。只有完全、徹底的分稅制才是我國財稅改革的科學與理想的模式。理順中央財政和各級地方財政的事權和財權關系，至少應遵循以下三個原則： 第一，合理劃分中央政府和地方政府的事權范圍，應該由中央負責的事（職責）就全部收歸中央，應該由地方負責的事（職責）就全部下放地方，真正做到各行其是，各負其責。這個問題許多學者都談過，筆者則強調它的法治性，即在科學劃分之后，要由人大常委會審議通過，成為國家的一項法律，不管是哪一級政府，決不能“越界”。
