一、政府采購管理體制問題
我國目前政府采購管理體制主要有兩種類型：一類是部門管理制，另一類是委員會制。比如，深圳和安徽采取了部門管理制，規定財政部門是政府采購的主管機構。財政部門作為政府采購的主管部門，一定程度上有利于對政府采購的管理，符合國務院機構改革關于一項行政事務宜由一個主管部門管理的精神，避免了多頭管理。但是，各種矛盾和沖突集中在財政部門，不利于政府采購活動的開展，從而妨礙了政府采購制度的順利推行。上海采取了委員會制，將有關部門吸納到委員會，共同參與政府采購政策的制定，便于協調和化解部門之間的矛盾，這有利于政府采購制度的建立和推行。
加強對權力的約束與控制，是社會轉型時期制度創新的重點。因此，推行政府采購制度的目的不僅僅在于提供一套完整的操作規范，而且還必須對權力的行使進行約束并輔之以有效的監督，完善內部機制和健全外部機制。政府采購的管理體制實行委員會制可能比較適合這個時期的法制發展的特點。此外，在建立政府采購制度的初期，實行委員會制也有利于協調各部門的矛盾和沖突，能有效地克服舊體制的弊端，從而有助于這項制度的確立。實行部門管理制則有利于政府的工作效率，降低政府運作成本。實行委員會則有可能降低工作效率，增加政府投入，加大政府運作成本。
無論采取哪種管理體制，都應將政府采購政策的制訂與執行分開。管理機構與采購機構的分離以及采購機構與中介機構的分離，各自的權利義務的明確，彼此之間可以形成一種制約機制。從各地的情況來看，采購主管部門與采購政策的制定、采購計劃的審批，而且還負責組織實施具體的采購活動。另一種情況是，成立政府采購機構的地方，政府采購主管部門與采購機構關系密切，相當于該部門的下設機構。這種現象的存在，對政府采購制度的推行有負面的影響，造成了一種不公平的利益分配機制，如果任其自由發展，政府采購制度可能失去原有生命力。這是我國推行政府采購制度中必須引起重視并應予妥善解決的問題。
當前，我國通過新的政府機構改革三定方案已經明確了由財政部預算司作為國家政府采購的綜合管理部門，但并沒有明確規定其他各部委與政府采購管理部門之間的關系。現實情況是：由財政部承擔全國政府采購的管理和監督工作，大部分靠財政撥款執行的全國重大項目規劃審批管理由國家發展計劃委員會負責，政府采購領域的對外談判，以及如何使我國有關政策與WTO《政府采購協議》和APEC的政府采購工作進程相銜接，由對外貿易經濟合作部負責，而產業政策則由國家經濟貿易委員會制定。在理順政府采購管理體制上，既要明確管理部門的職責，又要體現效率優先，兼顧公平的原則。同時，應當更好地體現一項行政事務由一個行政部門管理的原則，建議在政府采購法的制定過程中，能夠很好地考慮建立高效的政府采購管理體制的問題，明確機構職責和功能定位，使我國的政府采購活動真正建立在法律規范的基礎上。
二、政府采購模式的選擇問題
政府采購有集中采購、分散采購以及集中與分散相結合的采購模式。我國除廣東省采取分散采購的模式外，各地政府采購制度都采取了集中與分散相結合的采購模式。
集中采購和分散采購各有利弊。第一，集中采購的優勢在于可以形成合力，如果運用得當，不僅可以調節社會供求總量，促進產業，產品結構的優化，還可以增強政府對的調控能力。第二，集中采購具有規模效應，可以節約采購成本，有利于形成社會對采購活動的監督。集中采購實行分批采購，雖具有較強的時間性和計劃性，但有時不利于行政機關開展政務的需要。分散采購用于小額采購和經常性采購，能夠滿足政府機構經濟性活動的需要。第三，在建立政府采購制度的初期，以集中采購為主、分散采購為輔的采購模式，可能更有利于這項制度的確立和完善。集中采購能夠獲得最優惠的價格，從而節省開支，使財政性資金發揮最大的效用，而且由于事權的集中，有助于提高工作效率，節約采購成本。此外，在地域遼闊、法制基礎薄弱的國家中，集中采購模式有利于形成有效的部門監督和社會監督機制，從而使政府采購制度步入良性的發展軌道。而實行分散采購模式不利于對政府采購活動的監督，使政府采購制度流于形式，難以建立起真正的政府采購制度。
從我國目前的實際情況看，宜實行集中采購與分散采購相結合的采購模式，但集中采購應當控制在適當范圍，否則，從事集中采購的機構就可能成為第二個機關事務管理局，不僅加大了政府的運作成本，亦與政府采購的宗旨不合。一般說來，以下幾類采購可以適用集中采購：一是大宗物品的采購，即消耗量大的低值易耗品，如紙張等；二是單位價值較高的物品，如汽車村算機、空調、復印機等；三是一定采購限額以上的服務；四是一定限額以上的工程采購。
我國地區間經濟發展極不平衡，國家在建立政府采購制度時應充分考慮我國各地的差異，對政府采購模式僅作原則性的規定，或者采用多種采購方式共存的局面，以便各地根據各自的情況，選擇合適的采購模式。
三、政府采購機構的設立、定位及其與相關部門的關系問題
如前所述，各地基本采取了集中采購與分散采購相結合的模式，為實施集中采購，分別設立了專門的采購機構。例如，上海設立政府采購中心進行集中采購，深圳設立專門從事招標組織工作的政府采購機構，安徽則設立省級政府采購中心負責省級集中采購。但是，這些采購機構的地位和性質，存在較大的差異。
在建立政府采購制度過程中，對采購機構的定位是一個爭議焦點。一種意見認為，采購機構與財政部門應當是代理關系，采購機構代理財政部門進行采購活動。而且，在實際操作中，采購機構與財政部門之間的代理關系，很可能轉變成為行政隸屬關系，從而違反了政府采購制度的初衷。
另一種意見認為，采購機構是政府授權的機構，是名副其實的獨立法人，依法享有權利，承擔義務，獨立進行采購活動。采購機構以自己的名義與供應商簽訂合同；在供應商發生違約時，采購機構依法追究供應商的違約責任；采購機構發生違約時，依法向供應商承擔違約責任。這樣采購機構定位準確，與財政部門的關系清楚，各自的權利義務明確，有利于提高采購效益與效率。
但是，采購機構與使用單位之間的關系是各地建立政府采購制度中沒有解決的問題。這主要表現在發生產品質量和售后服務問題時，使用單位能否直接向供應商提出退換產品或者直接要求供應商提供售后服務。我們認為，政府采購制度應當明確使用單位有權直接要求供應商退換產品、提供售后服務，以減少中間環節，降低成本，從而符合政府采購的效益與效率原則。此外，供應商與使用單位之間關系的明確，也使得采購機構與使用單位之間的權利義務趨于明朗化。實行政府采購制度后，由于政府采購的相關業務管理部門與專業劃分明確的行業主管部門有部分交叉、重疊，這就使他們覺得管理權受到了削弱，影響了其管理職能。政府采購所涉及的行業管理部門的權限問題，其實，兩者是從不同的角度、不同的職責范圍、不同的管理要求和不同的管理方式履行各自法律法規所賦予的行政權力。
四、政府采購市場的培育問題
在實行政府采購制度中出現的種種問題及受到的種種牽制，很大程度上是由政府采購市場發育方面的因素造成的。培育政府采購市場要從市場的需求主體、市場的供給主體和市場中介三方面同時著手。
第一，從政府采購市場的需求主體看。目前我國政府部門內部都設有后勤服務機構，政府的物質需求由本部門后勤服務機構內部提供。雖然近年來我國已在逐步改革，實施機關服務實體與機關脫鉤，但效果還沒有完全體現出來。政府采購市場的需求主體仍然欠缺，仍然不完善。因此，在解決政府采購需求主體時，要從改革我國傳統的政府部門內設服務機構著手，結合機構改革，繼續加快推行相關服務實體與機關稅鉤，將這些機關服務實體推向市場。只有這樣，市場化的政府采購需求主體才能形成并完善。
第二，從政府采購市場的供應主體看。目前能為政府部門提供產品、服務、工程的供應商，特別是國內的供應商，政府采購意識不強，對政府采購制度的規定、要求和程序不夠了解。有些甚至還沒有接觸過招標投標。還有極個別的供應商仍然象過去一樣，通過非競爭渠道獲得采購合同。這些都反映出我國政府采購市場的供應主體不太成熟。因此，除了要靠供應商不斷地參與政府采購活動來積累經驗外，政府采購部門要加強宣傳、培訓，提高供應商對政府采購制度和法規的了解。另一方面，對供應商實行資格認證或準入管理也十分重要。這一工作應由中央統一進行，避免各地制定不同的準入標準以形成新的地方保護主義。
第三，從政府采購市場的中介組織看。我國的招標中介機構大都是以行業、部門劃分業務范圍，中介的公正還需要進一步的提高沛場化的服務意識也需要進一步加強。而且，目前相關的中介機構主要面向企業，能面向政府或者通曉政府采購法規政策的中介機構還很少。這是政府采購市場中介代理發育不充分的體現。因此，一方面要強化中介機構的市場意識，通過改革逐步規范中介機構與其主管部門的關系，打破部門和行業界限；另一方面要通過政府采購中介代理資格認定以及開展相關培訓，使中介機構按政府采購的要求加強自身建設。
早在1993年底烏拉圭回合談判結束后，即形成了WTO《政府采購協議》（以下簡稱《協議》），《協議》是WTO協定附錄4中的四個單項貿易協議之一。已于1996年1月1日正式生效。根據《協議》的性質及其加入條件，一國在申請加入WTO的過程中可不必簽署《協議》，應當先加入WTO，然后自行決定是否加入《協議》。但是，我國在申請加入WTO的談判過程中，一些發達國家都極力希望我國簽署《協議》。并將簽署《協議》與其他加入WTO的強制性條件綁在一起，作為我國加入WTO的附加條件。歐盟表示，我國可先加入《協議》，并先享受協議的權利，后承擔義務。亞太經合組織也要求包括中國在內的各成員國制定貿易投資自由化單邊行動計劃，對包括政府采購在內的十五個領域擬定出具體的自由化目標和措施。美國則把我國作為談判加入《協議》的重點對象。
發達國家迫切希望我國加入《協議》的主要原因，是想進入我國數額巨大而且前景廣闊的政府采購市場，并進一步占領我國的政府采購市場。一旦我國加入《協議》，締約方便可名正言順地進入我國的政府采購市場。從發展趨勢看，我國對外開放政府采購市場是不可避免的，我國政府采購市場對外開放的實際時間可能會大大加快。同時，加入《協議》是我國融入國際經濟社會的重要舉措，既會使其他締約方進入我國的政府采購市場，也可使我國政府采購的立法步伐，建立完善的政府采購配套制度，熟悉國際操作慣例，才能使我國的政府采購市場受法律保護，取得更大實效。
