數據安全性差
目前，大量的計算機數據都集中存儲于磁、光介質中，一旦發生火災、水災、被盜之類的事件，就可能導致全部數據丟失或者毀損；而磁、光介質的保存對環境的要求較高，不僅要防水、防火，還要防塵、防磁，而且對溫度還有一定的要求，從而增加了數據的脆弱性。
輸入差錯的嚴重性
在信息處理過程中，“垃圾進，垃圾出”，即如果輸入數據出 錯，以后的處理環節再正確，也只能輸出錯誤的信息。另外，計算機會計信息系統的輸入過程較手工系統多了一道程序，即需將人類可讀的數據轉換為機器可讀的代碼形式，這一環節無論采用聯機系統還是采用批處理系統都可能產生一定的錯誤，由此使得計算機會計信息系統輸入方面的補償控制更加必要。
程序被非法調用篡改
計算機完全依靠程序進行操作。離開了程序，性能再好的計算機也像沒有拐杖的盲人一樣。對程序的控制這一在手工系統中不曾有的控制手段在計算機系統中卻至關重要。如果對任何人接近計算機系統缺乏控制，則未經授權的人員也可以上機操作，改動程序。同時對于經批準接近系統的操作人員加以限制也非常重要。在歷史上，無論國外還是國內，操作人員利用工作之便篡改程序達到非法目的的事件一直屢見不鮮。
現狀與要求不相適應
目前，存在的一個普遍現象是計算機專業人員往往不懂會計與審計知識，而用戶又對計算機知識知之甚少。系統的開發過程只能由用戶提出具體要求，由計算機專業人員進行相應設計。由于用戶和審計人員知識背景的差異，往往造成理解上的障礙，使得設計出來的計算機系統不能滿足用戶的需要。
