從理論上講，分稅制財政體制能夠成功運行的一個基本要求，是各級政府有自己的主體收入，用自己的財力辦自己的事情。當前體制采取的財力層層上劃，然后再通過大規模的縱向轉移支付解決地方財力缺口的做法，一定程度上會使地方政府逐步增強對上級政府的依賴。因此，完善分稅制財政體制，解決基層財政的實際困難，核心是確立一級財政，并使這級財政擁有能夠基本滿足自己需要的自主財力，再輔之以一定的轉移支付財力，這樣才能做到自己的事情自己辦。
財權與事權的統一，是分稅制財政體制正常運行的又一基本要求。從現在的發展趨勢看，一是中央財政的職責重大，如保持國民經濟的持續穩定發展，促進區域經濟協調發展，發展高等教育、尖端科技和高新產業，全國性的環境保護，江河湖泊的治理等，中央財政必須要有強大的財政調控能力。分稅制體制實施之后的10多年間，逐步提高了中央財政收入占全國財政收入的比重，符合中央財政的財權和事權相對稱原則。但同時需要注意的是，我國長期實行的是城鄉分離的社會經濟體制，“二元結構”非常明顯。結果是隨著社會主義市場經濟的發展，公共財政提供公共服務時在城鄉與區域之間存在著一定的非均等化。因此，我國今后要實現城鄉社會經濟協調發展，在廣大農村，財政在供給公共產品方面要彌補歷史的欠賬和滿足新的公共需求，如提供農村社會保障，提高農村醫療衛生條件等，由此，基層財政的任務是非常巨大的。
新公共管理改革的理論中提倡的“扁平化”理念可以被我們的財政體制改革所借鑒。目前，我國實行的是五級財政體制，從運行的情況看可以發現存在一些值得注意的問題：一是由于財政層次過多，影響了各級財政主體收入體系的形成；二是由于財政層次過多，影響了各級財政的事權劃分和職責的確立。這種情況影響了分稅制財政體制正常運行，也是導致基層財政困難的主要原因之一。從目前的情況來看，已經開始實行的取消鄉鎮財政，實行鄉財縣管以及取消市級（地級市）財政對縣級財政的管理，實行省級財政直接管理縣級財政的改革，效果是比較明顯的。這樣一來，全國的財政級次變為三級，即中央、省（市、自治區）和縣（地級市、縣級市）。縣級財政成為基層財政，一方面可以減少因為層級過多造成的漏損，另一方面也增強了中央和省級財政的調控能力。所以，完善目前的分稅制財政體制，要增加縣級財政的主體稅種，擴大稅收分享中縣級財政分享的比例，使縣級財政成為真正獨立的一級財政，充分發揮其基層財政應有的作用。
按照公共財政和城鄉一體原則繼續改革農業財稅制度
公共財政改革的目標之一就是在廣大農村建立與城鎮無差別的公共服務體系，實現基本公共服務的均等化。農村的許多公共產品，如基礎設施、教育、社會保障等，不僅在屬性上與城市公共產品是一樣的，而且許多公共產品的受益范圍不局限于農村居民，甚至城市居民的受益還要大于農村居民的受益。因此，在供給的方式上也應該采取相同的政策。但現在在公共產品的供給上，存在較大區別，農村的公共產品主要由農民自己負擔。這種厚此薄彼的公共產品供給政策，必然造成城鄉居民發展機會的不均等。所以，要加大對農村公共產品的供給力度，尤其是目前農村的義務教育、醫療衛生、養老救濟等急迫需要的公共產品，要逐步納入全國統一的公共產品供給體系，以逐步縮小城鄉差別，實現城鄉社會經濟的一體化發展。
需要注意的問題是，在我國現行的財政支出政策體系中，財政與農業的關系，主導的觀念是財政支農。而事實上這一理念與發展社會主義市場經濟的要求是不一致的。在社會主義市場經濟條件下，無論國有經濟，還是集體經濟、個體經濟或者私營經濟，都是市場經濟的活動主體，都有義務按照國家統一稅法的規定，積極主動地向國家納稅，同時也有權利享受國家向社會成員提供的公共產品與服務。因此，不能再按照不同的產業和不同的社會群體來制定不同的財政政策。其實，隨著社會主義市場經濟的發展，我國的財政政策已逐步從區別性的政策走向共同性的政策，如增值稅的轉型、統一企業所得稅、全面開征個人所得稅、財政支出逐步退出一般競爭性領域等。所以，隨著經濟的發展，今后我國農民應該和城市居民一樣同等地享受經濟發展帶來的由國家財政提供的各種社會福利，這就必然要求徹底拋棄帶有區別性的財政支農觀念。
目前，我國實行的農村稅費改革，其主要目標是減輕農民負擔，規范農村分配關系，遏制農村“三亂”現象的發生。從實現我國城鄉經濟的協調發展和建立公共財政體制的目標出發，還必須繼續深化農業財政稅收制度改革。首先，應加大公共財政對農業“一般服務支持”的力度。借鑒國外的先進經驗，重點扶持農業基礎設施建設、農業科研、教育和推廣體系建設，同時提高市場信息服務水平，對農業合作組織的發展予以引導和支持。其次，切實解決好鄉村債務問題。要制止鄉村新債的發生，有計劃、有步驟地推進農村債務化解工作，這是解決好基層政府困難的關鍵所在。第三，進一步加快城鄉稅制一體化改革進程。按照科學發展觀的要求，以建立和諧稅收為近期的目標，秉承有利于農業循環經濟、可持續發展的思路，切實減輕農民負擔，尤其是間接的負擔。必須對城鄉居民實行同等的稅收優惠政策，妥善處理農業生產資料的稅收優惠政策，加大對經濟欠發達農村地區的稅收扶持。從長期來看，在借鑒各國經驗的基礎上，逐步建立起一個包括貨物和勞務稅、所得稅、財產稅在內的城鄉統一的新稅制。
