跟蹤審計是在借鑒全壽命管理理論的基礎上，對當前開展的竣工結算審計方式的大膽創新和突破，它強調要對項目建設的全過程進行實時監督，實現事前、事中和事后審計的有機結合，以強化審計對工程造價與質量的控制，真正做到“防患于未然”。
一、審計準備階段
第一，參與前期論證。為了更好地發揮審計在政府投資項目決策中的積極作用，審計機關應當主動出擊，前移審計關口，在項目立項論證階段就參與其中，以明確項目建設的意義、目標、要求等，收集相關資料，便于在項目建設期間開展跟蹤審計時更加有針對性。在有關主管部門下達年度或中長期政府投資項目建設計劃后，各單位進行初步論證、編制項目建議書時，審計機關就要主動參與，提供咨詢服務。
第二，成立審計小組。審計項目確定以后，審計機關要根據項目的性質和審計內容的要求落實審計人員，成立審計小組，確定組長，并進行合理分工。審計組長應當是資歷較深、具有豐富審計實踐經驗和較強的組織協調能力，且多次參與過大型工程項目審計工作的審計機關負責人；審計組成員應當從本級或下級審計機關以及其他業務部門抽調骨干力量；在必要的情況下，審計部門還可聘請相關專業領域的專家和技術人員參加審計組。
第三，制定審計方案。跟蹤審計是一項貫穿政府投資項目建設全過程的系統性工作，內容復雜多樣，要求各不相同，為了能夠順利完成審計任務，達到預期的目標和效果，在正式開展審計工作之前必須要制定詳細的審計方案，明確各項審計任務的重點和程序，以從容應對突發事件、有效控制審計風險、更好地發揮跟蹤審計的建設性作用。
二、審計實施階段
第一，進駐被審計單位。審計組應當按照審計通知書規定的時間進駐建設單位，一般應召開由建設單位領導和有關人員參加的進點會，首先由建設單位領導和相關部門負責人說明項目建設的相關情況；其次由審計組長說明審計的目的，并向被審計單位提出明確具體的要求；最后審計組長要回答被審計單位提出的問題，取得被審計單位的理解和支持。在聽取建設單位匯報的基礎上，審計組要索取有關的資料，開展實地調查，為審計工作的開展作充分的準備。
第二，分階段實施審計，收集證據資料。在簡單了解情況后，審計組應當迅速進入工作狀態，開始對政府投資項目的準備和實施情況進行跟蹤審計。了解開工前準備的進展情況；參與工程招投標的前期準備和招投標過程；參加被審計單位組織的工程例會以及與項目有關的方案認證、設計變更等會議，發表審計組看法和建議；監督工程物資設備的采購過程，審查采購物資的質量、價格和管理；不定期深入施工現場，掌握工程進度、監督工程質量，特別是對隱蔽工程、變更工程以及工程簽證進行審查，掌握相關的證據；對涉及付款的已完工程量進行審查核實，并簽署審計意見，監督工程進度款的支付；對建設資金的管理情況進行監督檢查，糾正違法違規行為；對監理人員的工作質量進行監督；參與工程竣工驗收。
第三，適時提出審計意見和建議。在跟蹤審計模式下，審計處理是按照“跟蹤審計、分期報告、迅速反饋、及時糾正”的原則進行的，即針對發現的問題要及時（定期或不定期）提出意見和建議。
三、審計終結階段
第一，出具總體審計報告。在對工程竣工決算進行審計后，即可提出最終的審計報告。內容包括：審計的目標、范圍和方法，審計的主要內容、發現的主要問題及后續處理建議，對政府投資項目建設全過程進行整體評價，并指出各個階段組織管理中存在的不足及今后的改進建議等。
第二，歸集相關資料。審計工作結束后，審計機關應當整理相關資料，建立審計檔案。審計檔案應當包括以下內容：前期參與項目論證的相關記錄資料、審計實施方案、審計通知書、審計工作底稿、期中出具的審計意見和建議書、審計決定、分期報告、總體審計報告以及有關證據資料等。此外，審計機關還應適時對前期審計工作進行總結，交流審計工作經驗、指出審計中存在的問題和不足，并就下一步如何改進跟蹤審計方式方法提出具體措施，形成研討材料，供其他審計人員學習參考。
第三，開展后續審計。審計報告下達一段時間后，為了考察被審計單位對審計決定和審計建議的落實情況，以及決定和建議本身是否正確、是否合理，審計機關還應適時進行審計回訪，對前期審計事項進行跟蹤檢查。審計人員可以采用突擊檢查、座談、問卷調查等多種回訪方式獲取被審計單位對審計決定和建議的采納、執行情況，同時聽取被審計單位對審計決定和建議執行中出現問題的匯報，及時對不合理的審計決定予以更改或撤銷。
四、項目后評價
項目后評價是在政府投資項目竣工投入使用一定時期后，再對項目的立項決策、設計施工等進行系統評價，以達到總結經驗、發現問題、吸取教訓、提出建議、改進工作，提高政府投資項目決策水平和投資效果的目的。由于部分工程質量、功能等方面存在的缺陷和問題只有在使用一段時間后才能得到充分暴露，其所產生的經濟效益才能充分體現出來，因此，必須要經過一個合理的使用期間后再進行評價，分析其是否為國家和地區經濟發展所必須，是否能滿足建設單位和人民群眾生產生活的需要，是否具備技術上的先進性、功能上的完整性和使用上的便捷性，其施工質量是否達到建設要求，從而科學評估項目的實際效益，促進政府投資項目管理體制的進一步完善。
