獨立性
獨立性是審計免疫系統的首要特性，也是使審計免疫系統區別于其他免疫系統的獨特特性。它是審計免疫系統的生命線，是保證審計免疫系統職能發揮的根本保證。獨立性能否發揮、發揮到什么程度，直接決定審計免疫系統職能能否發揮以及發揮的程度。
總體來看，在國家經濟社會體系中，由于本身的職責與使命，審計本身是一個超越部門利益局限的監督部門。相比各微觀主體和行業系統如金融、工業、農業、商業等部門，審計在很大程度上具有獨立性，在部門利益上具有較高的超然性。
從獨立性的現實保證來看，我國國家審計的獨立性主要體現在兩個方面。首先是法律地位上的獨立性。我國《憲法》第九十一條規定“審計機關在國務院總理領導下，依照法律規定獨立行使審計監督權，不受其他行政機關、社會團體和個人的干涉”，從而在國家最高法律的層面賦予了審計的獨立地位。《審計法》也對審計機關的權限從實際履行的層面作出了諸多保障。這些都為審計的獨立性提供了法律保證。其次是經濟上的獨立性。目前我國在中央國家審計系統內，通過“八不準”等審計廉政制度和紀律的推行，審計機關在經費上已不依賴于被審計單位，基本切斷了與被審計單位的經濟聯系，從而從經濟上保證了審計的獨立性。
在實際審計工作中，充分保證、發揮審計獨立性的關鍵，主要在于審計廉政建設的加強和“八不準”等審計廉政紀律的嚴格執行。
綜合性
審計不是國家經濟社會體系中唯一的免疫系統，而是一種綜合免疫系統或總免疫系統，甚至是免疫系統的免疫系統。從整個經濟社會體系來看，在審計免疫系統之外，還存在各種類型的內部免疫系統和行業、系統免疫系統。在每個微觀主體（機構主體）內部，都有內部規章制度、內部管理和監督機構等（包括內審、紀檢監察機構等），這些在一定程度上發揮內部免疫的功能。在一些系統或行業內，同樣存在類似的免疫系統。
審計免疫系統的綜合性類似于在看病方面，作為一個綜合醫生，在醫治病人時，不僅關注其本身的病情，及時進行對癥治療，更要關注其內部醫生、固定醫生對該病人的健康的維護、病患的預防、病癥的醫治等情況，力爭從根本上保證病人肌體的健康。
在審計中，充分發揮免疫系統的綜合性，就要有高度的宏觀性、全局性意識，善于從經濟社會發展的全局、總體的高度出發去考慮問題、開展工作、確定重點。同時，善于在審計與其他部門的聯系中去發揮審計的職能，將其他免疫系統納入到審計免疫系統中來，正確看待審計與公檢法等國家其他職能部門、系統、單位的關系，并且妥善處理這些關系。
系統性
審計免疫系統的系統性，包括關注對象的系統性和關注方式的系統性。在關注對象上，具有普遍性的特點，要對國家經濟社會體系、各個審計對象進行普遍關注。在關注方式上，主要是指在審計過程中，在對風險、問題進行關注時，更加注重“面”上的情況，注重從普遍性、體制性、制度性、機制性的角度去看待、分析、研究問題產生的原因以及相應的對策。
審計免疫系統就像一個雷達，對國家經濟社會進行持續的掃描、關注，時刻關注各種異常情況的出現、重大問題的產生、重要風險的狀況等。審計免疫系統的系統性，還類似于在醫生看病時，對病人的病癥，不僅僅著眼于該病癥本身的治療，還要關注是為什么會得這種病，病人的工作、生活習慣、環境等方面是否還存在一些易于導致這些病產生的必然性的因素，如何更好的保證以后不再患病。
在實際審計工作中，要善于從個別的、“點”的風險和問題上跳出來，把個別的、“點”的風險、問題與更大范圍、更為普遍的面結合起來，將問題與原因結合起來，將問題與體制、制度、機制等結合起來進行分析和研究，并相應地提出解決問題、改善管理、完善制度和為宏觀決策提供參考的意見和建議。
預防性
審計免疫系統的預防性，是指通過日常的持續性的監督、檢查，通過對各種潛在風險、問題的及時防范、化解，通過對各種體制、制度、機制的適當完善、優化，從而防止、避免各種重大風險的爆發、各種嚴重后果的出現和重大損失的形成，避免經濟社會動蕩。
隨著現今經濟社會的發展，規模的日益龐大、復雜程度的不斷增加、變化速度的持續加快、影響經濟社會運行的因素日益擴充，經濟社會體系中潛在的風險越來越大。如果有些風險得不到及時的控制、化解，一旦集中爆發，將對經濟社會體系的運行造成重大甚至是致命性的影響。“千里之堤，潰于蟻穴”。在這種情況下，防微杜漸、防患于未然，顯得尤為重要。
在目前的審計實際工作中，審計免疫系統預防性的發揮在某種程度上還不夠充分。重事后查處、輕事前預防，重既成風險、輕潛在風險，重“救火”、輕防火的情況還比較明顯，影響了審計免疫系統職能的發揮。要更好地發揮這種特性，就要大力增強審計的前瞻性，有規劃、有準備、有預見地做好審計工作，同時要更加重視對各種潛在性風險、流動性風險的關注和管理。
懲罰性
對于經濟社會體系中存在的各種重大風險和問題，必須及時予以反映、揭露并查處，包括嚴肅追究有關人員的責任，這就是審計的懲罰性。在現實經濟社會中，即使經過預防，經過普遍關注、制度完善，也會出現各種各樣的風險和問題，出現各種各樣違法犯罪、失職瀆職的人員，必須予以處理，以防止風險和問題的再次發生。
懲罰性是一種過程性和手段性的特性，是免疫系統職能發揮的內在要求和必要手段，是審計免疫系統權威性的體現和保證，在某種意義上也是對審計其他特性的保證。國家審計是我國行政執法機關之一，根據憲法和法律賦予的職權，審計機關可以通過直接處罰、揭露問題、參與查處等多種方式，發揮懲罰性的作用。
需要指出的是，對審計免疫系統而言，審計的懲罰性是與建設性密切相關的。懲罰本身不是目的，而是手段。所謂“懲前毖后、治病救人”，必須適當地進行“懲前”，才能有效地“毖后”，才能更好地治病救人。在這方面，就像醫生對待腫瘤一樣，如果經過預防仍然未能防止其惡化，或出于各種原因沒有及時發現其發生和擴張，那就必須堅決果斷地予以切除。
為了更好地發揮審計的懲罰性，在審計過程中，要注重發揮審計的監督作用，要有“問題”意識。審計對各種風險的揭露，對各種體制制度機制的分析研究等，均要以問題為切入點，才能更好地發揮免疫系統的職能。
建設性
通過揭露、查處經濟社會運行中的各種重要風險和問題，尤其是各種體制性、制度性、機制性的問題和缺陷，并促進風險的化解、問題的解決及制度的完善，國家審計能夠從根本上、總體上、長遠意義上推動經濟社會的可持續發展，這就是審計的建設性作用。
建設性是審計免疫系統的終極特性，是根本目標，是審計免疫系統上述特性的體現和發揮。從實現手段來講，主要通過監督來實現，通過預防性和懲罰性來實現。懲前毖后的最終目的不是懲前毖后本身，而是為了治病救人，為了推動風險和問題的解決、制度體制機制的完善，促進公平、責任和價值觀的維持。這就像醫生給病人打針、動手術、切除腫瘤、消除病毒等，對病人的不良習慣和環境進行改善的目的，是促進病人的及時康復和持續健康，而不在于治療本身。
要充分發揮審計的建設性，在審計過程中，要適當增強審計的服務意識，在審計監督中充分發揮審計的服務作用。要警惕并摒棄那些審計特權思想，以及為審計而審計、為問題而問題、為查處而查處等不良思想傾向。要通過上報審計簡報信息、發布審計公告，為國家的經濟社會決策提供、提出改善經營管理的意見建議等多種方式，充分發揮審計的建設性作用。
