1、統一內外資企業所得稅制度，改變內外資企業適用兩套所得稅制度的狀況；
2、統一并適當降低企業所得稅稅率，除符合規定的小型微利企業外，內資企業和外商投資企業均適用于25％的稅率；
3、統一和規范稅前扣除辦法和標準，對原企業所得稅制度下內外資企業不同的扣除辦法，新企業所得稅法進行了規范，包括工資的扣除標準、捐贈的扣除標準、研發費用的扣除標準等；
4、統一稅收優惠政策，實行“產業優惠為主、區域優惠為輔”的新稅收優惠體系，新稅法實行了過渡期政策，考慮到新企業所得稅法對原來享受稅收優惠的企業的影響，新企業所得稅法對于新法公布前符合條件的“老企業”規定了優惠延續性條款等等。
“兩稅”合并，是我國建立和完善社會主義市場經濟體制的需要，是健全和完善稅制體系，不斷加強和充分發揮稅收宏觀調控作用的需要。一個完善的稅制體系必須具有統一的流轉稅制度和所得稅制度，1994年我國稅制改革統一了內外資企業流轉稅制，統一內外資企業所得稅制度成為完善我國稅制體系的一項重要任務和必然要求。統一內外資企業所得稅制度是我國稅制改革和建設史上的一件大事，是我國稅制逐步走向完善的重要標志之一。
“兩稅”合并，是我國實施區域均衡發展的重要戰略。改革開放以來，我國通過推行差別性的稅收政策實施了區域非均衡發展戰略。經過20多年的實踐，區域非均衡發展戰略取得了巨大的成就，促進了我國經濟整體上的高速增長和人民生活水平的顯著提高，使沿海地區經濟高速增長、結構升級優化、體制創新加快，推動了改革開放的深入與市場經濟體制的建立，為實現區域協調發展戰略創造了條件。國外區域發展經驗也表明，區域間的發展水平相似，市場間的隔離度就小，區域分工與貿易機會就會增大；推動區域均衡發展有利于促進區域之間形成優勢互補、分工協作、相互促進、良性互動的協調關系。
因此，“兩稅”合并，實行統一的內外資企業所得稅制度，有利于促進區域均衡發展。從這個角度看，“兩稅”合并，對經濟發達地區而言，挑戰與機遇并存。
一方面，新企業所得稅法實行“產業優惠為主、區域優惠為輔”的新稅收優惠體系，無論是經濟發達地區，還是經濟欠發達地區，都可以結合自身優勢和特點充分利用新的稅收優惠體系發展國家鼓勵發展的產業，而從長期看，經濟欠發達地區的發展有利于經濟發達地區的更大發展；
另一方面，新企業所得稅法在稅率和減免稅方面給予了經濟特區過渡期，充分考慮了經濟特區在區域均衡發展中的特殊作用和地位，因為區域均衡發展仍然需要經濟特區發揮其先發優勢。“兩稅”合并，是為了建立一個公平、合理、有序的競爭環境。為吸引外資，促進改革開放，在一定時期對內外資企業實行不同的企業所得稅制度，讓外資企業享受一定的稅收優惠政策是必要的。
當前，我國經濟社會情況以及面臨的國際經濟環境發生了很大變化，國際競爭日趨激烈，我國經濟發展不僅需要外資企業的發展，同樣需要內資企業的發展，內資企業正逐漸融入世界經濟體系，繼續實行不同的內外資企業所得稅制度，使內資企業處于不平等競爭地位，不利于內資企業的發展，影響公平競爭市場環境的建立。此外，對外資的利用水平也應不斷提高層次。“兩稅”合并，有利于建立一個公平合理的競爭環境，使內外資企業在平等的環境中競爭。
對深圳經濟發展的影響分析
從辯證的角度看，“兩稅”合并對深圳經濟發展既有有利的一面，又存在一定的不利影響，但不會對深圳經濟發展造成大的沖擊。短期內，“兩稅”合并可能會降低深圳對一部分產業和企業的吸引力，但從長期來看，對深圳經濟發展是利大于弊的，有利于深圳產業結構的進一步優化調整，有利于深圳提升利用外資的質量與效益，有利于深圳城市競爭力的增強。
（一）對深圳稅收收入的影響。由于企業經營績效的不斷提高，“十五”期間深圳企業所得稅收入增長較快，年均增長速度達到近20％，其稅收收入地位不斷提高。“兩稅”合并對深圳市稅收收入的影響主要取決于經濟發展總體情況、企業經營情況以及企業數量的變化情況。從長期看，“兩稅”合并對深圳市稅收收入將是正向影響，即有利于深圳市稅收收入增長。
（二）對深圳吸引外資的影響。綜合考慮各方面因素，深圳對外商投資企業的綜合吸引力不會因“兩稅”合并減弱，“兩稅”合并將推動深圳利用外資的水平走向更高層次。
首先，外資進入一個地區，看重的是它的市場潛力以及良好的經營環境等，這是外資考慮的首要因素，而企業所得稅稅率的高低，只是一個次要因素。對于深圳來說，吸引外資的根本原因在于以下方面：優越的地理位置、巨大而有潛力的市場、日漸完善的市場經濟體制、年輕而有活力的城市等等。世界銀行經濟學家威勒和莫迪的研究表明，跨國公司在實現全球化擴張的過程中，最關心的因素是基礎設施、現有外資狀況、工業化程度和市場容量等，而不是優惠政策。
其次，新企業所得稅法規定對新稅法公布前已經批準設立的老企業，按照當時的稅收法律、行政法規規定享受低稅率優惠的，在新稅法實施后5年內，逐步過渡到新的稅率。在過渡期內深圳外資企業仍可享受一定的稅收優惠。這給企業較為明確的預期，為外資企業提供了調整的空間。
再次，從1994年統一內外資流轉稅制的結果看，深圳近10多年引進外資并未受影響。1994年稅制改革對內外資企業流轉稅制進行了統一，即內外資企業實行統一的流轉稅制，將1994年稅制改革前對外資企業實行的工商統一稅和對內資企業實行的營業稅、產品稅、增值稅進行了統一，不區分企業是否為外資，對內外資企業統一實行增值稅、消費稅、營業稅。從流轉稅制統一的結果看，內外資企業流轉稅制的統一并沒有對深圳吸引外資造成沖擊。
最后，“兩稅”合并主要造成兩方面的外資減少：一部分是假外資。“假外資”是內資實行“稅收套利”的產物，是對稅率最敏感的外資，一旦稅率升高，這些資本一定會立刻撤離；另一部分就是那些專門享受稅收優惠的專業戶，它們主要是一些低端的加工企業，它們的減少也不會對深圳經濟產生沖擊，因為它們并不是深圳經濟的主體部分，并且，這部分產業的減少也有利于深圳實現產業結構的調整。
（三）對深圳產業發展和產業結構調整的影響。
—對深圳產業結構調整的影響。新企業所得稅法是深圳加速產業結構調整的契機。稅率的提高，企業稅負的增加，對于不具備競爭優勢的勞動力密集型、產品附加值低、環保和資源代價較大的一般加工制造企業，它們將逐步向深圳市以外的地區轉移，有利于深圳提高資源集約化利用水平，集中發展電子信息、精細化工、生物醫藥、新能源新材料等優勢產業和新興產業，加速產業結構的優化調整，加快推進發展模式的根本轉變。
—對深圳各產業發展的影響。稅率的提高和稅收優惠政策的變化，必將給深圳各產業的發展帶來影響，對深圳的各產業來說，可分為基本不受沖擊與有一定不利影響兩類。
基本不受沖擊的產業有：一是高新技術產業。高新技術產業將繼續享受國家的各種稅收和產業優惠政策，整體稅負水平較低，同時深圳市高新技術產業在技術、環境、制度、產業配套能力等方面優勢明顯，“兩稅”合并后對高新技術產業的總體影響不大。二是房地產業。“兩稅”合并后有利于房地產內外資企業在公正、公平的基礎上從事經營活動，有利于提升內資企業競爭力。受到不利影響的產業主要是傳統制造業。“兩稅”合并后深圳傳統制造企業的稅負將明顯提高，在成本升高、利潤空間減少的情況下，一部分制造企業的發展將受到一定的不利影響。
制定相應的發展策略
（一）實施適應性戰略，提升深圳城市競爭力。針對“兩稅”合并，深圳應及時調整城市經濟發展思維，充分利用通過二十幾年發展所積蓄的城市競爭優勢和經濟實力，創新深圳經濟發展模式，實施經濟發展適應性戰略，即適應企業所得稅制度改革的要求，從新企業所得稅法框架下尋找對深圳經濟發展的有利因素，在充分利用深圳現有的競爭優勢的情況下，提升深圳城市競爭力。
（二）著重抓好新企業所得稅法的宣傳解釋工作，做好新企業所得稅法實施前的準備工作。稅務部門及政府其他相關部門應采取多種有效形式和措施宣傳解釋新企業所得稅法，確保深圳企業能正確掌握和理解新企業所得稅法的主要內容，防止和避免社會上對新企業所得稅法的非良性宣傳，使企業能適應“兩稅”合并的改革要求，制定有利于自身發展的戰略和應對措施。稅務部門還應按企業性質和行業對深圳的“老企業”進行統計、調查和摸底等，做好實施前的其他各項準備工作。
（三）充分利用新企業所得稅法的過渡性政策，盡量減少實行新企業所得稅法對深圳企業產生的不利影響。根據新企業所得稅法相關規定，符合一定條件的深圳“老企業”可以享受過渡期稅收優惠政策。
（四）利用新的稅收優惠體系，調整和優化產業結構。新企業所得稅法中規定了一些產業優惠政策，主要包括：對國家需要重點扶持的高新技術企業，減按15％的稅率征收企業所得稅；對符合條件的小型微利企業實行20％的優惠稅率；企業購置用于環境保護、節能節水、安全生產等專用設備的投資額，可以按一定比例實行稅額抵免；企業綜合利用資源，生產符合國家產業政策規定的產品所取得的收入，可以在計算應納稅所得額時減計收入；企業為開發新技術、新產品、新工藝發生的研究開發費用，可以在計算應納稅所得額時加計扣除等等。
深圳市應充分利用新企業所得稅法中的產業優惠政策，調整、優化產業結構。
一是大力發展高新技術產業，堅決淘汰高消耗、高污染的低端產業。經過20多年的發展，深圳產業結構中科技含量高的產業比重增加較快，同時傳統的勞動密集型產業的地位下降迅速，到目前已經形成了以電子及通訊設備制造業等高新技術產業為主導的優勢產業群，深圳應進一步發展高新技術產業，推動并加快產業融合，鼓勵企業自主創新，努力發展循環經濟，將高能源消耗、污染嚴重的產業淘汰出去。
二是加快發展高端服務業。高端服務業是現代服務業的核心，具有高科技含量、高附加值、低資源消耗、低環境污染等特征。目前，深圳城市經濟發展已到了一個新的高度、新的層次和新的階段，應適應新的形勢，加快發展高端服務業，推進產業結構優化升級，促進產業鏈和價值鏈向中高端攀升，實現在資源約束條件下城市經濟發展新的突破。
三是引導新興產業集群。深圳具有一定的經濟基礎、社會基礎，已形成的產業網絡、社會網絡便于新興產業集群找到切入點；深圳具有一定的知名度，其品牌虛擬價值對于新興產業集群中的企業而言是一種公共商品，是一種無形資本和額外收益。深圳應利用這些優勢，采取各種有效措施引導新興產業集群的形成。
