第一，制度適用范圍存在局限性?，F行《醫院會計制度》明確規定該制度“適用于中華人民共和國境內的各級各類公立醫療機構”。隨著衛生經濟體制改革的不斷深入，一大批民營醫院、慈善醫院、外資醫院等多種形式的非公有制醫院應運而生，而非公有制醫院會計核算目前尚無制度規定。
第二，部分會計核算原則不明確。一未明確謹慎性原則。謹慎性原則是指會計人員在存在經濟活動不確定性因素的情況下做出職業判斷時，應保持必要的謹慎，不得多計資產或收益，少計負債或費用，但也不得設置秘密準備，謹慎性原則是對歷史成本原則的修正。目前醫院經濟事項的不確定性日益明顯，有必要引入謹慎性原則，合理計提各項資產的減值準備。二未規定實質重于形式原則。實質重于形式原則指會計主體應按照交易或事項的經濟實質進行核算，而不應僅僅按照法律形式作為會計核算的依據。目前醫院會計核算中，托管、資產重組等新經濟事項不斷涌現，只有在實質重于形式的原則下判斷事實并在會計信息上予以反映，才有利于醫院會計信息使用者進行決策。三未明確劃分收益性支出與資本性支出。資本性支出的效益可以在幾個連續的會計期間發揮作用，收益性支出的效益只在當期發揮作用，二者并不相同。而支出核算作為醫院會計核算中的重要內容，對其進行合理地劃分則有利于真實反映醫院的財務狀況與經營成果，同時也可以避免隨意列支造成的收支結余不實。
第三，醫院會計信息披露過于簡單。現行醫院會計信息披露過于簡單，其主要原因在于一般情況下會計報表使用者僅限于醫院及上級部門?，F行醫院財務報告的局限性主要表現為會計信息的及時性不夠且內容不完整；財務報表項目的貌似確定性掩蓋了其本質的不確定性；重法律形式輕經濟實質；重貨幣性信息輕非貨幣性信息；重硬性資產輕軟資產；重財務資輕財務核心能力，重歷史輕未來等。隨著多種所有制形式醫療機構的涌現，除政府部門以外，不同方面的人員獲取會計信息的側重點不同，各方面要求醫院披露的會計信息不斷增多，醫院內部決策對會計信息的依賴性也越來越強，都希望從會計信息中了解醫院的經營狀況，發現其中的問題，以便盡早作出對策。
現行醫院會計制度的完善措施如下：
第一，在現行醫院會計制度中補充營利性醫院會計制度。《關于城鎮醫藥衛生體制改革的指導意見》中明確指出，醫療機構分為非營利性和營利性兩類進行管理。非營利性醫院執行《醫院會計制度》和《醫院財務制度》，而營利性醫院的會計核算參照執行企業會計制度和有關政策。而在實際操作中，照搬企業會計核算方法是不科學的，也是不可取的。由于缺乏詳細、規范的核算辦法，營利性醫院的會計核算實際上處于混亂的狀態，不利于醫院的內部管理和政府部門的監督。因此，建議在醫院會計制度中補充營利性醫院的會計制度，以適應多種形式下醫院會計核算的需要。
第二，全面遵循企業會計核算原則。為了加強對醫院的會計核算，解決醫院發展中的新問題，特別是解決凈資產不實、總資產虛增的問題，應該全面遵循企業會計核算原則，包括嚴格劃分收益性支出與資本性支出，以準確計算和反映醫院的財務狀況和運營成果；針對醫院經營環境的現狀，借鑒企業會計核算的謹慎性原則，計提各項資產減值準備。現有醫院會計核算應該與時俱進增加反映時代要求和經營要求的一般原則，如重要性原則、實質重于形式原則等，以利于醫院強化風險意識，提高職業判斷的準確性。
第三，充分考慮面臨的各種風險。謹慎性原則是經濟活動不確定性對醫院會計核算的內在要求。在市場經濟的大環境下，由于競爭以及未來市場價格的波動，醫院各種資產都存在著減值風險，故對于醫院的藥品、庫存材料、固定資產等均應按照謹慎性原則計提資產減值準備。醫院風險的另一方面表現在未考慮醫療事故可能導致經濟賠償的財務風險，一旦發生嚴重的醫療事故，就會導致巨額經濟賠償，必然嚴重影響醫院工作的正常進行。醫院實施謹慎原則，合理估計存在的風險，就能及時防范與化解風險?，F行醫院會計制度中資產以原始價值記賬，不因市場波動而變化，難以真實地反映資產的市場價值，因此，有必要引入庫存物資跌價準備、長期投資跌價準備、短期投資跌價準備、固定資產減值準備、無形資產減值準備科目，正確反映資產價值。
第四，改進醫院會計信息披露模式。美國注冊會計師協會財務報告特別委員會發表的《改進企業財務報告——顧客導向》特別報告指出，完整的企業財務報告體系應包括以下內容：財務和非財務數據；管理當局對財務和非財務數據的分析；前瞻性信息；有關高級管理人員變動情況的信息；經營活動的背景資料。在改進醫院會計信息披露模式過程中應借鑒上述內容，不斷完善會計報表體系，加強財務分析，以更好地滿足不同層面對會計信息的需求。
