一、 積極開展多式聯運業務
受全球金融危機的影響，目前我國物流企業單一功能的貨運代理業務量急劇下滑，在此情況下，物流企業應加強聯合，利用對方的設備資源積極開展多式聯運業務，為客戶提供滿意的服務，從而提高市場競爭力。《國家稅務總局關于試點物流企業有關稅收政策問題的通知》規定，物流企業申請為自開票納稅人后，其從事聯運業務的收入可以在扣除支付給其他物流企業的運費后，按差額繳納稅款。
二、利用機構設置和轉讓定價進行納稅籌劃
2007年8月30日國家稅務總局下發的《關于保稅物流中心（B型）試點期間適用稅收政策的通知》規定，物流中心內生產性外商投資企業減按15%的稅率征收所得稅，其中，經營期10年以上的，從開始獲利年度起，第1年和第2年免征企業所得稅，第3年至第5年減半征收企業所得稅。根據這一規定，若物流企業集團的母公司和子公司的稅率相同，企業集團應調整機構設置，把子公司變更為分公司，由母公司匯總繳納所得稅。這樣可以將母公司和子公司的收入和費用進行互補，從而降低物流企業集團的整體稅負水平。若物流企業集團的兩個關聯企業存在不同的稅率，企業集團應利用關聯交易的轉讓定價進行稅務籌劃。具體籌劃方法如下：
（一）利用機構設置進行納稅籌劃若物流企業集團中母、子公司的稅率相同，企業把子公司變為分公司，使其喪失獨立納稅資格，就可以由母公司匯總納稅，避免出現集團內各公司稅負嚴重不均的現象，減少整個企業集團的稅收負擔。
（二）利用轉讓定價進行稅務籌劃。若物流企業集團存在兩個稅率不同的關聯企業，稅率高的企業可將利潤轉移到稅率低的關聯企業，從而減輕整個企業集團的稅負。新企業所得稅法在為企業進行轉讓定價提供機遇的同時，也加強了對企業轉讓定價的管理。轉讓定價運用的是否合理，關鍵在于要保證轉讓價格后的關聯企業的利潤達到同行業平均水平。
三、選擇合理的固定資產折舊方法
一般情況下，物流企業應盡可能采用加速折舊法，這樣既可以使企業前期折舊費用加大，應納所得稅減少，獲得資金時間價值所帶來的稅收利益，又可以盡快收回固定資產資金，加快資金周轉。
四、 納稅籌劃時應注意的問題
一是申請成為自開票納稅人。物流企業開展聯運業務之前，應申請成為自開票納稅人。國家稅務總局的文件規定，物流企業必須申請成為自開票納稅人后，其聯運業務才能按差價納稅。
二是堅持納稅籌劃的合法性。無論物流企業開展什么形式的稅務籌劃，都必須劃清合法與違法的界限。
