國際學術界將那些把科技創新作為基本戰略，致力于大幅度提高科技創新能力，從而形成日益強大競爭優勢的國家稱之為創新型國家。稅收制度創新的目的就是要改變不適應市場經濟發展的現狀，更好地服務于經濟建設。推動稅制創新，就是要調整、完善相關的稅收政策，并使同一稅種內部及不同稅種之間保持協調；就是要充分發揮稅收對經濟運行結構的調節，以減免稅來激勵勞動，鼓勵儲蓄，擴大投資。改善供給。同時，在微觀經濟中調節生產和消費，有利于產業結構的合理化。
一、完善產業結構優化和循環經濟發展的稅收政策
按照污染者付費原則，OECD國家普遍實行了征收環境稅的政策，包括空氣污染、水污染、噪音污染、固體廢物污染等方面的征收。建國以來。我國GDP增長了10多倍，而每增加1億元GDP所需投資則高達5億元。根據我國首次發布的綠色GDP核算結果，2004年全國環境污染造成的經濟損失為5118億元，占當年GDP的3.05％。我國第三產業占GNP比重較低。不到40％，而發達國家是60％～70％。現代化后進國家趕超領先國家的一個重要途徑就是采用“部門不平衡發展戰略”，需要有潛力的主導產業，通過以創新為基礎的主導部門與其他部門復雜的關聯互動產生擴散效應來推動產業結構轉換，從而加速經濟增長。
(一)生態稅制上。完善現行環保稅制，研究開征環保稅
大力發展循環經濟、綠色經濟，建設資源節約型和生態保護型社會。根據礦藏的品質來確定資源稅稅率。在減免稅項目中包括對能源礦藏的勘探開發費用的抵扣。對企業為防止開采而破壞環境的支出予以抵扣，對保護礦工生命安全的支出的抵扣等。提高單位計稅額，實行彈性差別稅率，使資源的價值和稀缺性在稅收補償中得到體現，促進資源的合理開采和節約利用，提高資源利用效率和資源輸出地的財力。支持西部大開發。對技術含量高、資源回收或綜合利用、開發利用替代資源。對清潔生產繼續給予稅收鼓勵。在合理劃分資源等級的基礎上，對重點礦山和品目的資源變化情況進行監控。并據此對稅額進行相應調整。對利用資源科技，以資源回采率和環境修復率作為確定稅率的重要參考指標，根據資源產品在不同時期的價格適當調節稅率，為資源開采企業發展提供緩沖的空間。對鐵、煤、石油等非再生金屬和非金屬礦產品實行定額稅率和比例稅率相結合的復合計稅辦法。對“綠色產業”如風能、太陽能、地熱、潮汐和水能資源等新能源及可再生能源產品實行零稅率。對符合一定生態標準的生產企業，在城鎮土地使用稅、房產稅方面給予一定的減免優惠；對以清潔能源為動力，符合節能技術標準的車輛，給以適當比例的車輛購置稅減征優惠。消費稅擴圍，應考慮將多套住房、高檔家具、高檔服裝、主要大氣污染源、高級高能耗娛樂消費、電池、煤炭、一次性產品以及一些限制類的建筑材料等納入其中，并提高稅率。在我國能源含稅價和價格含稅率均大大低于世界平均水平的情況下，逐步提高成品油等能源稅價，在能源制約的大環境下出臺燃油稅。對一些關鍵性的、價格高性能優、環保節能經濟和社會效益異常顯著的重大設備和產品。在一定期限內實行加速折舊和所得稅稅收抵免及某些增值稅減免優惠。為保證征收鏈條的完整，增值稅擴圍可先將循環經濟產業鏈企業、環保產業調整、產品更新、調整產品結構、工藝設備改造、通信設備、計算機、信息傳輸等作為轉型試點，營業稅其他項目短期內可保留，相應發生的投資允許抵扣進項稅額，并給予所得稅抵免。對從事生態節能技術開發、轉讓業務和與之相關的技術咨詢、技術服務業務取得的收入免征營業稅，稅基與增值稅相協調。
(二)調整產業布局的稅收政策
企業所得稅可設置累進稅率來促進地區產業的合理分布，為保護西部環境。在鼓勵企業環保生產行為的同時，更要突出預防和懲罰污染環境的行為。根據不同地區、不同產業實行差別稅率，對東、中、西部地區從事鼓勵類產業的收入實行低稅率，對從事限制類產業的收入實行高稅率，這樣就促使一些不利于東部而利于西部地區發展的產業向中西部轉移。而逐步退出的是那些在各地區都不利的產業。通過加大稅收留成比例來促使資金投入到中西部地區的基礎建設中，并且對西部地區公路國道、省道建設用地可比照鐵路、民航用地免征耕地占用稅。對國產的重大技術裝備、對適合集約化發展的產業和一些制造業。應實行累退稅率，促使資源向大型企業集中。使產業向重工業和采礦業集中的中西部、東北地區轉移。推進重大技術裝備國產化，使制造業成為技術創新最為活躍的行業，并且促進產業在區域間的合理布局。
