事業單位結余是指事業單位在一定期間各項收入與支出相抵后的余額，一般在年終結賬時一次性核算。實際工作中，有的單位年終核算時制作會計憑證不是將收入和支出結轉“結余”科目，而是將收入和支出相對轉，結余或透支掛往來款項，從而使做出來的財務報表雖然收支平衡，但實際上財務報表不能正確、完整地反映核算單位收支及結余的真實情況。現根據《事業單位財務規則》規定，談談事業單位結余及其分配的具體核算。
一、事業單位結余的會計核算
事業單位的結余按資金用途不同分為經常性收支結余和專項資金收支結余。經常性收支結余按資金獲得渠道不同又分為事業結余和經營結余。
（一）事業結余的核算“事業結余”科目核算
事業單位在一定期間除經營收支以外各項經常收支相抵后的余額。貸方登記收入轉入數，借方登記支出轉入數。本科目平時一般不核算，只在期末（一般在年末）轉賬時，將“財政補助收入”、“上級補助收入”、“附屬單位繳款”、“事業收入”、“其他收入”等科目余額轉入本科目貸方，會計分錄如下：
借：財政補助收入
上級補助收入
附屬單位繳款
事業收入
其他收入
貸：事業結余
將“撥出經費”、“事業支出”、“上繳上級支出”、“銷售稅金”（非經營業務）、“對附屬單位補助”、“結轉自籌基建”等科目余額轉入本科目借方，會計分錄如下：
借：事業結余
貸：撥出經費
事業支出
上繳上級支出
銷售稅金（非經營業務）
對附屬單位補助
結轉自籌基建
本科目貸方余額為當期實現的結余，借方余額為當期需要彌補的差額。年度終了，單位應將當年實現的結余全數轉入“結余分配”科目，結轉后，本科目無余額。
（二）經營結余的核算“經營結余”科目核算
事業單位在一定期間各項經營收入與其相對應支出相抵后的余額。貸方登記收入轉入數，借方登記支出轉入數和結轉結余分配數。本科目平時一般不核算，只在期末（一般在年末）轉賬時，將“經營收入”科目余額轉入本科目貸方，會計分錄如下：
借：經營收入
貸：經營結余
將“經營支出”、“銷售稅金”（經營業務）等科目余額轉入本科目借方，會計分錄如下：
借：經營結余
貸：經營支出
銷售稅金（經營業務）
本科目貸方余額為實現的經營結余，借方余額為經營虧損。年度終了，單位應將實現的經營結余全數轉入“結余分配”科目，結轉后本科目無余額。需要注意的是：如出現經營虧損，“經營結余”科目借方余額不能結轉到“結余分配”科目，只能掛在“經營結余”科目，需用以后年度的經營收益來彌補。
（三）專項結余的核算
專項結余是專項資金收支相抵后的余額，事業單位的專項結余分已完工項目專項結余和未完工項目專項結余。事業單位的未完工項目專項結余，結轉下年繼續使用，無需進行會計處理；事業單位的已完工項目專項結余，報經同級財政部門或項目財務主管部門審批后，分三種情況處理：一是給項目組的物質獎勵要增列專款支出；二是留給單位的直接轉入事業基金；三是收繳財政部門或項目主管單位的沖抵撥入專款。
事業單位的已完工項目專項結余不在年末集中進行轉賬，而是在專項項目完工并結清收支后，根據財務管理的要求以書面材料向同級財政部門或項目財務主管部門報批后進行轉賬。
（1）核銷支出核算：
屬本單位直接實施的專項項目，會計分錄為：
借：撥入專款
貸：專款支出
由所屬單位實施的專項項目，會計分錄為：
借：撥入專款
貸：撥出專款
（2）項目結余的核算：
經相關部門審核批準，對項目組有突出貢獻人員給予物質獎勵，其獎勵支出要增加專款支出額度，會計分錄為：
借：專款支出
貸：現金（銀行存款）
經相關部門審核批準留給單位，會計分錄為：
借：撥入專款
貸：事業基金——般基金
經相關部門審核批準上繳原撥款單位，會計分錄為：
借：撥人專款
貸：銀行存款
二、事業單位結余分配的會計核算
事業單位當年實現的結余，按規定可進行分配。事業單位應設置“結余分配”科目，下設“應交所得稅”和“提取專用基金”等明細科目，核算當年結余分配情況。被限定用途的結余，應按限定用途轉入相應的基金賬戶，未被限定用途的結余轉入事業基金。根據規定事業單位專項結余不參與結余分配。
（一）結余轉入結余分配
年度終了，將“事業結余”和“經營結余”科目的余額轉入“結余分配”科目，會計分錄如下：
借：事業結余
經營結余
貸：結余分配——未分配結余——事業結余
結余分配——未分配結余——經營結余
（二）結余進行分配
事業單位當年實現的結余（不含專項結余），應當按下列程序進行分配：一是有所得稅繳納業務的事業單位計算應交所得稅；二是按核定比例提取職工福利基金。
會計分錄如下：
（1）根據稅法規定，屬應納稅所得，按規定的稅率計算繳納應交所得稅。
計提時，
借：結余分配——應交所得稅
貸：應交稅金——應交所得稅
解交時，
借：應交稅金——應交所得稅
貸：銀行存款
（2）按財政部門核定的比例提取職工福利基金。
借：結余分配一提取職工福利基金
貸：專用基金——職工福利基金
（三）未分配結余轉作事業基金
在事業單位的資金運動過程中，事業基金起的是“蓄水池”的作用，用來調節年度之間的收支平衡，因此，按提取職工福利基金后的余額全部轉作事業基金。如果收入大于支出，則繼續轉增事業基金，如果支出大于收入，則用以前年度的事業基金彌補其差額。在確定年初預算時，如支出安排出現缺口，也可以直接安排一部分事業基金用于彌補差額。進行上述分配后，對于當年未分配結余，應全數轉入“事業基金——般基金”科目，年終結賬后，該科目應無余額。會計分錄為：
借：結余分配——提取事業基金
貸：事業基金——般基金
如單位當年“事業結余”出現負結余，則“結余分配”科目出現借方余額，經批準后可用事業基金彌補。會計分錄為：
借：事業基金——般基金
貸：結余分配——未分配結余一事業結余
