補充養老保險、醫療保險是政府以政策指導和政策優惠為導向，由用工單位和員工共同出資，以資金積累和運作增值為主要特征，以提高出資單位員工養老待遇為主要特點的社會保險。繳納補充養老保險、醫療保險涉及企業所得稅和個人所得稅問題。
企業所得稅處理
《中華人民共和國企業所得稅法實施條例》中規定，企業為投資者或者職工支付的補充養老保險費、補充醫療保險費，在國務院財政、稅務主管部門規定的范圍和標準內，準予扣除。《關于補充養老保險費補充醫療保險費有關企業所得稅政策問題的通知》（財稅〔2009〕27號）規定：“自2008年1月1日起，企業根據國家有關政策規定，為在本企業任職或者受雇的全體員工支付的補充養老保險費、補充醫療保險費，分別在不超過職工工資總額5%標準內的部分，在計算應納稅所得額時準予扣除；超過的部分，不予扣除。”例如，振興股份公司2009年為職工實際支付的工資、薪金總額為500萬元，均系合理的工資、薪金支出。該企業2009年按工資、薪金支出總額的7%為職工支付補充養老保險費、按3%支付補充醫療保險費，即支付補充養老保險費35萬元，支付補充醫療保險費15萬元。
按財稅〔2009〕27號文件規定，該公司在計算應納稅所得額時允許稅前扣除的補充養老保險費和補充醫療保險費限額均為25萬元（500萬元×5%）。補充養老保險超標10萬元（35萬元－25萬元），補充醫療保險不超標，可以扣除15萬元。因此，該公司2009年應調增應納稅所得額10萬元（35萬元－25萬元）。但需注意兩項分別在限額內扣除，不可合計使用。
個人所得稅處理
依據《中華人民共和國個人所得稅法》及財稅字〔1997〕144號文件規定：“企業和個人按照國家或地方政府規定的比例提取并向指定金融機構實際繳付的住房公積金、醫療保險金、基本養老保險金不計入個人當月的工資、薪金收入，免征個人所得稅。超過國家或地方政府規定的比例繳付的住房公積金、醫療保險金、基本養老金，應將其超過部分計入個人當月的工資、薪金收入，計征個人所得稅。”國稅函〔1999〕615號批復中也明確：“對職工取得的補充養老保險金應全部計入發放當月個人的工資、薪金收入，合并計征個人所得稅。”即根據現行規定，基本養老保險、醫療保險可在稅前扣除，但是單位為職工繳納的補充養老保險和補充醫療保險必須在稅后扣除。
例如，北京市某企業職工劉某于2009年8月取得工資5000元，該企業還為劉某繳付超過規定比例的醫療保險金、基本養老保險金3000元，則劉某2009年8月份應當繳納的個人所得稅（工資、薪金）計算如下：（5000＋3000－2000）×20%－375=825元。
